转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002335; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025053-RA_Salv SmilChr03G002335 bZIP XP_057801256.1 MP00647 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9953 个结合位点 7133 个候选靶基因 第 100 / 143 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000744 Chr04 NC_080390.1:9126787-9126794promoter 内 3256-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 9123447-9126049(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr05G002086 Chr05 NC_080391.1:21841931-21841938promoter 内 3256-3263 bp - 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 21838022-21841193(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr07G000692 Chr07 NC_080393.1:4750868-4750875promoter 内 3256-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 4729254-4750130(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr05G001822 Chr05 NC_080391.1:18244310-18244317promoter 内 3253-3260 bp - 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 18238806-18243569(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr06G000517 Chr06 NC_080392.1:4266372-4266379promoter 内 3250-3257 bp - 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 4267123-4267229(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr04G000308 Chr04 NC_080390.1:2851891-2851898promoter 内 3249-3256 bp + 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 2852643-2853942(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr04G002500 Chr04 NC_080390.1:39936855-39936862promoter 内 3249-3256 bp - 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 39932962-39936110(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr02G003998 Chr02 NC_080388.1:62310203-62310210promoter 内 3245-3252 bp - 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 62303822-62309454(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr01G003940 Chr01 NC_080387.1:57743159-57743166promoter 内 3240-3247 bp - 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 57740197-57742405(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr05G003634 Chr05 NC_080391.1:48725604-48725611promoter 内 3240-3247 bp + 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 48726365-48729507(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr02G000794 Chr02 NC_080388.1:13110397-13110404promoter 内 3239-3246 bp - 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 13111159-13114865(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr03G000774 Chr03 NC_080389.1:8826384-8826391promoter 内 3237-3244 bp - 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 8824486-8825627(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr03G001399 Chr03 NC_080389.1:16607119-16607126promoter 内 3236-3243 bp - 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 16604416-16606361(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr03G002075 Chr03 NC_080389.1:31725410-31725417promoter 内 3234-3241 bp + 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 31726177-31727992(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr04G000981 Chr04 NC_080390.1:13222403-13222410promoter 内 3234-3241 bp - 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 13215837-13221643(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr04G001417 Chr04 NC_080390.1:23028859-23028866promoter 内 3234-3241 bp - 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 23029626-23032927(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr07G002128 Chr07 NC_080393.1:19421404-19421411promoter 内 3233-3240 bp - 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 19422172-19429007(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr02G001844 Chr02 NC_080388.1:33661765-33661772promoter 内 3232-3239 bp - 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 33657329-33661003(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr06G000592 Chr06 NC_080392.1:5108494-5108501promoter 内 3230-3237 bp + 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 5106813-5107730(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr06G002804 Chr06 NC_080392.1:40751824-40751831promoter 内 3219-3226 bp - 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 40748232-40751049(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr05G003105 Chr05 NC_080391.1:39520257-39520264promoter 内 3218-3225 bp + 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 39516735-39519481(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr01G003337 Chr01 NC_080387.1:52113500-52113507promoter 内 3214-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52114287-52114425(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr07G002747 Chr07 NC_080393.1:26994435-26994442promoter 内 3213-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 26991908-26993654(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr03G000042 Chr03 NC_080389.1:486731-486738promoter 内 3210-3217 bp + 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 481805-485947(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr06G000660 Chr06 NC_080392.1:5807255-5807262promoter 内 3210-3217 bp + 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 5805804-5806471(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr02G000974 Chr02 NC_080388.1:17037298-17037305promoter 内 3207-3214 bp - 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 17034660-17036511(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr01G002703 Chr01 NC_080387.1:45308572-45308579promoter 内 3195-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 45309378-45312842(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr02G002386 Chr02 NC_080388.1:41793440-41793447promoter 内 3195-3202 bp + 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 41794246-41799827(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr02G002215 Chr02 NC_080388.1:39384527-39384534promoter 内 3194-3201 bp + 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 39381185-39383727(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr05G003500 Chr05 NC_080391.1:46652284-46652291promoter 内 3191-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 46653094-46656656(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr04G002286 Chr04 NC_080390.1:37146127-37146134promoter 内 3188-3195 bp - 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 37136204-37145321(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr03G002812 Chr03 NC_080389.1:44586363-44586370promoter 内 3187-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 44587177-44590718(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr04G001616 Chr04 NC_080390.1:26935077-26935084promoter 内 3187-3194 bp - 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 26929571-26934270(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr03G001812 Chr03 NC_080389.1:24740888-24740895promoter 内 3186-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 24738227-24740080(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
SmilChr03G003347 Chr03 NC_080389.1:51786902-51786909promoter 内 3185-3192 bp + 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 51787718-51798385(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 TCACGTGT
SmilChr01G003185 Chr01 NC_080387.1:50607454-50607461promoter 内 3183-3190 bp - 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 50608272-50610918(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGA
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