转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 101 / 152 下载 TSV

上一页 101 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001844 Chr03 NC_080389.1:25341688-25341706promoter 内 3866-3884 bp - 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 25341823-25343163(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTAGTGGTTGATGTTG
SmilChr01G000452 Chr01 NC_080387.1:9194961-9194979promoter 内 3865-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9195097-9197295(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTAGTGGTTGATGTTG
SmilChr01G000489 Chr01 NC_080387.1:9955990-9956008promoter 内 3865-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9953698-9955872(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTAGTGGTTGATGTTG
SmilChr01G001126 Chr01 NC_080387.1:22863706-22863724promoter 内 3865-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 22861750-22863588(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTAGTGGTTGATGTTG
SmilChr02G001086 Chr02 NC_080388.1:19469998-19470016promoter 内 3865-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 19467098-19469880(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTAGTGGTTGATGTTG
SmilChr03G001907 Chr03 NC_080389.1:26690670-26690688promoter 内 3865-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 26690806-26691552(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTAGTGGTTGATGTTG
SmilChr03G002444 Chr03 NC_080389.1:38834856-38834874promoter 内 3865-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 38834992-38837166(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTAGTGGTTGATGTTG
SmilChr02G003853 Chr02 NC_080388.1:60299690-60299708promoter 内 3864-3882 bp - 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60298047-60299571(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATTCCAACTAACTCCAA
SmilChr04G001121 Chr04 NC_080390.1:16259978-16259996promoter 内 3862-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16258367-16259857(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTAGTGGTTGATGTTG
SmilChr01G004446 Chr01 NC_080387.1:62568816-62568834promoter 内 3858-3876 bp + 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 62568959-62571900(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTCATCAACCACTATAAC
SmilChr03G001339 Chr03 NC_080389.1:15628623-15628641promoter 内 3768-3786 bp - 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15628856-15634931(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTAGTGGTTGATGTTG
SmilChr04G003635 Chr04 NC_080390.1:52867487-52867505promoter 内 3754-3772 bp - 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 52865203-52867258(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGAACCCAACCACTATACA
SmilChr03G002652 Chr03 NC_080389.1:42175894-42175912promoter 内 3743-3761 bp - 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42176152-42177479(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGAAATGGTTGGCGCAT
SmilChr01G001928 Chr01 NC_080387.1:34451642-34451660promoter 内 3691-3709 bp + 292 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34449221-34451350(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTTTTGTGGTTGGTGCGG
SmilChr01G000197 Chr01 NC_080387.1:3384796-3384814promoter 内 3614-3632 bp + 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 3383132-3384427(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTAGTGGTTGATGTTG
SmilChr05G001506 Chr05 NC_080391.1:13806927-13806945promoter 内 3609-3627 bp - 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 13807319-13814489(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGTTGGTGGTTGGTTGAC
SmilChr02G001528 Chr02 NC_080388.1:28476525-28476543promoter 内 3606-3624 bp - 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 28476920-28477391(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATATTGTGGTTGGGTAGT
SmilChr01G001160 Chr01 NC_080387.1:23564558-23564576promoter 内 3552-3570 bp + 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 23565007-23582155(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTGCAACCACAACGCC
SmilChr03G003454 Chr03 NC_080389.1:52904672-52904690promoter 内 3545-3563 bp + 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 52905128-52906180(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTGCAACCACAACGCC
SmilChr05G001822 Chr05 NC_080391.1:18244036-18244054promoter 内 3516-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18238806-18243569(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATTTACAACCACCCTTAT
SmilChr01G003203 Chr01 NC_080387.1:50801753-50801771promoter 内 3512-3530 bp + 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 50802242-50806113(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATCCCAACCAACATATT
SmilChr02G001936 Chr02 NC_080388.1:34768735-34768753promoter 内 3503-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34767058-34768255(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GACGGTGTGGTTGAAAGGA
SmilChr02G003356 Chr02 NC_080388.1:54723696-54723714promoter 内 3438-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54724259-54726747(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTTTTTAACCACCTCCCC
SmilChr01G005491 Chr01 NC_080387.1:71834480-71834498promoter 内 3423-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 71833093-71833920(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAATTGGCGGTTGGAAATT
SmilChr02G001499 Chr02 NC_080388.1:28037137-28037155promoter 内 3327-3345 bp - 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 28037811-28041256(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGGAGGTGGTGGAGACCG
SmilChr03G002570 Chr03 NC_080389.1:40884248-40884266promoter 内 3323-3341 bp - 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40884926-40889097(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGAAGGTGGTGGAGGCGG
SmilChr04G002171 Chr04 NC_080390.1:35064297-35064315promoter 内 3323-3341 bp - 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 35059452-35063637(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATTTCAACCACACTATC
SmilChr02G004369 Chr02 NC_080388.1:66012931-66012949promoter 内 3274-3292 bp - 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 66010727-66012222(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCCAACAACCACCTATGG
SmilChr02G004373 Chr02 NC_080388.1:66079649-66079667promoter 内 3268-3286 bp - 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 66077448-66078934(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCCAACAACCACCTATGG
SmilChr01G001159 Chr01 NC_080387.1:23564558-23564576promoter 内 3257-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 23562783-23563832(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCGTTGTGGTTGCAAAAG
SmilChr02G002087 Chr02 NC_080388.1:37455525-37455543promoter 内 3253-3271 bp - 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 37456273-37458321(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATGAAGTGGTTGTAGTGA
SmilChr05G002578 Chr05 NC_080391.1:29004773-29004791promoter 内 3223-3241 bp - 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 29005551-29007083(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTAGTGGTTGATGTTG
SmilChr04G002028 Chr04 NC_080390.1:32989193-32989211promoter 内 3208-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 32989986-32991479(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGTCCTAACCACCACTTC
SmilChr03G000204 Chr03 NC_080389.1:2302313-2302331promoter 内 3068-3086 bp - 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2303246-2315523(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATAAGGTGGTTGTTGCAT
SmilChr01G004517 Chr01 NC_080387.1:63299473-63299491promoter 内 3046-3064 bp + 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 63300428-63304872(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCTGTCAACCACACCACC
SmilChr03G001495 Chr03 NC_080389.1:18243369-18243387promoter 内 3019-3037 bp + 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18238920-18242405(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATATAGTGGTTGAGTGTG
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SmilChr02G004210 Chr02 NC_080388.1:64363029-64363047promoter 内 2535-2553 bp + 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 64364495-64368110(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCCTCCCCCACCTTCCC