转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 101 / 138 下载 TSV

上一页 101 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002259 Chr05 NC_080391.1:24326432-24326446promoter 内 3900-3914 bp - 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24326533-24327573(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTACGGTCACAATTT
SmilChr08G001619 Chr08 NC_080394.1:13414528-13414542promoter 内 3892-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 13414637-13416081(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTGACTCGACCGTTA
SmilChr03G002886 Chr03 NC_080389.1:45519324-45519338promoter 内 3881-3895 bp - 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 45518729-45519218(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTTGCGTACCGTTG
SmilChr08G002466 Chr08 NC_080394.1:23489560-23489574promoter 内 3837-3851 bp + 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 23485530-23489410(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTGAAAAG
SmilChr07G002064 Chr07 NC_080393.1:18771064-18771078promoter 内 3730-3744 bp + 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 18771335-18774148(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTAGAAAACCGTTG
SmilChr05G000188 Chr05 NC_080391.1:1544573-1544587promoter 内 3663-3677 bp - 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 1500400-1544249(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCCTGATAACCGTTG
SmilChr02G002668 Chr02 NC_080388.1:46186562-46186576promoter 内 3638-3652 bp - 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 46186925-46187875(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCACGTCAG
SmilChr05G002346 Chr05 NC_080391.1:25436863-25436877promoter 内 3360-3374 bp + 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 25437504-25441311(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACTATTGGACCGTTT
SmilChr05G003127 Chr05 NC_080391.1:39905943-39905957promoter 内 3350-3364 bp + 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 39904125-39905306(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGTGACGG
SmilChr07G001620 Chr07 NC_080393.1:13600274-13600288promoter 内 3293-3307 bp + 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 13600982-13603404(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATGTTAATACCGTTG
SmilChr08G000017 Chr08 NC_080394.1:135260-135274promoter 内 3283-3297 bp - 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 131600-134556(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGTTCTCTACCGTTG
SmilChr02G001778 Chr02 NC_080388.1:32560213-32560227promoter 内 3204-3218 bp - 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 32561010-32566063(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTCTTCCA
SmilChr01G003589 Chr01 NC_080387.1:54433537-54433551promoter 内 3195-3209 bp + 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54434343-54437470(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTACTAGTACCGTTG
SmilChr07G004141 Chr07 NC_080393.1:53202483-53202497promoter 内 2955-2969 bp + 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53203529-53207576(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCAAAAGGACCGTTT
SmilChr07G004110 Chr07 NC_080393.1:52757591-52757605promoter 内 2923-2937 bp - 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 52752497-52756527(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCAAAAGGACCGTTT
SmilChr08G000013 Chr08 NC_080394.1:117687-117701promoter 内 2819-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 112386-116519(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTCTACT
SmilChr02G004461 Chr02 NC_080388.1:67036066-67036080promoter 内 2572-2586 bp + 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 67033231-67034651(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGCTAGGC
SmilChr05G004026 Chr05 NC_080391.1:54251462-54251476promoter 内 2559-2573 bp - 1428 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54252904-54255876(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAAAACAG
SmilChr02G004520 Chr02 NC_080388.1:67717530-67717544promoter 内 2533-2547 bp - 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 67712220-67716076(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGAATCTGACCGTAG
SmilChr01G000223 Chr01 NC_080387.1:3957285-3957299promoter 内 2456-2470 bp - 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3953812-3955754(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGTGTTCAACCGTTG
SmilChr01G002557 Chr01 NC_080387.1:43701488-43701502promoter 内 2413-2427 bp - 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 43698739-43699914(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTAGGTGACCGTTT
SmilChr04G003283 Chr04 NC_080390.1:49519414-49519428promoter 内 2345-2359 bp - 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 49515925-49517772(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTAATAGACCGTTA
SmilChr08G000300 Chr08 NC_080394.1:2103717-2103731promoter 内 2251-2265 bp + 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 2105467-2108306(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATAGACGACCGTTT
SmilChr02G001168 Chr02 NC_080388.1:21446973-21446987promoter 内 2165-2179 bp - 1822 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 21441617-21445151(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTGACCCGACCGTTA
SmilChr03G000019 Chr03 NC_080389.1:230373-230387promoter 内 1940-1954 bp - 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 226229-228326(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGGAGGAGACCGTTG
SmilChr07G002808 Chr07 NC_080393.1:28083833-28083847promoter 内 1913-1927 bp + 2074 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 28079894-28081759(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCTTATTAT
SmilChr02G005184 Chr02 NC_080388.1:73148932-73148946promoter 内 1868-1882 bp + 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 73145483-73146813(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCACGTCAG
SmilChr02G003687 Chr02 NC_080388.1:58271699-58271713promoter 内 1761-1775 bp - 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 58273939-58274025(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGATCAG
SmilChr08G001573 Chr08 NC_080394.1:12944169-12944183promoter 内 1747-1761 bp + 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12939860-12941929(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGAGGCTG
SmilChr08G000458 Chr08 NC_080394.1:3291137-3291151promoter 内 1599-1613 bp - 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3285619-3288749(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGACGACCGTTA
SmilChr02G003836 Chr02 NC_080388.1:60039715-60039729promoter 内 1562-1576 bp - 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 60042154-60043220(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCACGTCAG
SmilChr04G003821 Chr04 NC_080390.1:54345093-54345107promoter 内 1379-1393 bp + 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54342415-54342485(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATGGTATA
SmilChr04G003820 Chr04 NC_080390.1:54345093-54345107promoter 内 1302-1316 bp + 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54342321-54342408(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATGGTATA
SmilChr03G003134 Chr03 NC_080389.1:48594536-48594550promoter 内 1168-1182 bp - 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 48580761-48591717(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAATATAGACGTTA
SmilChr03G002036 Chr03 NC_080389.1:30718436-30718450promoter 内 1142-1156 bp + 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 30721295-30721639(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCAGAGCTACCGTTG
SmilChr02G003311 Chr02 NC_080388.1:54357583-54357597promoter 内 1134-1148 bp + 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54360450-54361312(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATCTGAGACCGTTA
SmilChr07G000326 Chr07 NC_080393.1:2228944-2228958promoter 内 1112-1126 bp + 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 2220627-2226069(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCAGCATA
SmilChr08G000693 Chr08 NC_080394.1:5156470-5156484promoter 内 1031-1045 bp - 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 5159440-5160659(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTTCACCT
SmilChr03G003143 Chr03 NC_080389.1:48726160-48726174promoter 内 1020-1034 bp - 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 48720038-48723193(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACCAAAACCGTTG
SmilChr08G003346 Chr08 NC_080394.1:34852754-34852768promoter 内 996-1010 bp + 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 34855759-34856927(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGATCCAAACCGTTG
SmilChr06G001245 Chr06 NC_080392.1:12872836-12872850promoter 内 858-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12866229-12869707(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTGTAGAAACCGTTG
SmilChr03G000699 Chr03 NC_080389.1:7819894-7819908promoter 内 732-746 bp + 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 7810854-7816639(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGAACAGT
SmilChr07G001114 Chr07 NC_080393.1:8271725-8271739promoter 内 702-716 bp - 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8266267-8268440(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTGTGGCAACCGTTG
SmilChr01G004111 Chr01 NC_080387.1:59624912-59624926promoter 内 683-697 bp + 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 59628230-59631003(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TATTAGGGACCGTTT
SmilChr02G001319 Chr02 NC_080388.1:24530252-24530266promoter 内 628-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24525910-24526893(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCAAGTATACCGTTG
SmilChr02G000766 Chr02 NC_080388.1:12552319-12552333promoter 内 540-554 bp + 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12545363-12548872(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTGCAAGC
SmilChr05G004268 Chr05 NC_080391.1:56461025-56461039promoter 内 419-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56464607-56467849(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAGTTTATACCGTTG
SmilChr05G000599 Chr05 NC_080391.1:4510921-4510935promoter 内 360-374 bp - 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4505176-4507294(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGGCAAGGACCGTTG
SmilChr08G002391 Chr08 NC_080394.1:22676645-22676659promoter 内 351-365 bp - 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 22680295-22683738(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGTAAGAC
SmilChr02G002812 Chr02 NC_080388.1:48174619-48174633promoter 内 255-269 bp + 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 48178365-48180165(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATCTGAGACCGTTA