转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 101 / 121 下载 TSV

上一页 101 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002077 Chr01 NC_080387.1:36721911-36721925promoter 内 2516-2530 bp + 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 36723396-36724475(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGATTAGATCTCCA
SmilChr04G004103 Chr04 NC_080390.1:56001144-56001158promoter 内 2494-2508 bp - 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55993535-55999651(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATAGATCTTAG
SmilChr02G004329 Chr02 NC_080388.1:65566514-65566528promoter 内 2479-2493 bp - 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 65568036-65572115(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCGGGCTGC
SmilChr03G002656 Chr03 NC_080389.1:42235736-42235750promoter 内 2475-2489 bp - 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 42237262-42237342(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATAGATCTAGTTGT
SmilChr04G000012 Chr04 NC_080390.1:190170-190184promoter 内 2417-2431 bp + 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 191754-195795(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTGTAGATCTAAT
SmilChr01G002085 Chr01 NC_080387.1:36821464-36821478promoter 内 2416-2430 bp - 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 36818949-36819893(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGATTAGATCTCCA
SmilChr04G002985 Chr04 NC_080390.1:46261122-46261136promoter 内 2388-2402 bp - 1599 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 46262735-46265981(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCAAGATCTACATTC
SmilChr04G002695 Chr04 NC_080390.1:42397794-42397808promoter 内 2367-2381 bp + 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 42392802-42396174(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTCAGTTTT
SmilChr02G002535 Chr02 NC_080388.1:44076162-44076176promoter 内 2359-2373 bp + 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 44073279-44074534(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGAGATCTATAAAT
SmilChr03G002580 Chr03 NC_080389.1:41045677-41045691promoter 内 2332-2346 bp + 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 41033686-41044022(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATAGATCTAGTTGT
SmilChr02G004246 Chr02 NC_080388.1:64653988-64654002promoter 内 2271-2285 bp + 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 64655718-64657732(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCTAGATCGAGT
SmilChr02G004389 Chr02 NC_080388.1:66253132-66253146promoter 内 2243-2257 bp + 1744 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 66248834-66251388(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTCAATTT
SmilChr05G000881 Chr05 NC_080391.1:6978669-6978683promoter 内 2232-2246 bp - 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 6980438-6981893(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTACATTG
SmilChr01G003764 Chr01 NC_080387.1:56025561-56025575promoter 内 2137-2151 bp + 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56027425-56028951(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGACTTAGATCTCGA
SmilChr05G001707 Chr05 NC_080391.1:16301377-16301391promoter 内 2105-2119 bp - 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 16303273-16303841(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAGCTG
SmilChr05G000473 Chr05 NC_080391.1:3594356-3594370promoter 内 1976-1990 bp + 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 3596381-3596928(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAATGGGATCTGAT
SmilChr03G002202 Chr03 NC_080389.1:34655057-34655071promoter 内 1962-1976 bp + 2025 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 34657096-34658631(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATTGCAGATCTGCT
SmilChr03G000393 Chr03 NC_080389.1:4311240-4311254promoter 内 1931-1945 bp - 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 4313310-4314855(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTACAAAT
SmilChr01G004308 Chr01 NC_080387.1:61270200-61270214promoter 内 1883-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61261478-61268096(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGCTTGGATCTGAA
SmilChr01G004531 Chr01 NC_080387.1:63489331-63489345promoter 内 1869-1883 bp + 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63491463-63493123(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTTGGGATCTGAT
SmilChr01G000212 Chr01 NC_080387.1:3722930-3722944promoter 内 1817-1831 bp + 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 3725114-3727547(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGCTTGGATCTGAA
SmilChr03G000843 Chr03 NC_080389.1:9622962-9622976promoter 内 1813-1827 bp - 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9617494-9620788(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTCCTAGATCTGAA
SmilChr01G006142 Chr01 NC_080387.1:76924664-76924678promoter 内 1672-1686 bp + 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 76918324-76922349(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTAATTAC
SmilChr01G003072 Chr01 NC_080387.1:49566803-49566817promoter 内 1650-1664 bp - 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 49569154-49572987(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAACCAT
SmilChr01G005899 Chr01 NC_080387.1:74902393-74902407promoter 内 1650-1664 bp - 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 74896934-74900056(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACGTTGGATCTGAT
SmilChr01G000041 Chr01 NC_080387.1:657121-657135promoter 内 1556-1570 bp + 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 653350-654690(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAGCTG
SmilChr03G002718 Chr03 NC_080389.1:43204683-43204697promoter 内 1519-1533 bp - 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 43200851-43202215(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGCTTGGATCTGAA
SmilChr01G002701 Chr01 NC_080387.1:45298264-45298278promoter 内 1473-1487 bp - 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 45283580-45295750(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTCTAGATCTTAT
SmilChr04G002697 Chr04 NC_080390.1:42471408-42471422promoter 内 1394-1408 bp + 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 42474015-42475474(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCACCGAGATCTGGC
SmilChr03G001940 Chr03 NC_080389.1:27596126-27596140promoter 内 1341-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 27598786-27601570(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTTGCAGATCTGAC
SmilChr04G001549 Chr04 NC_080390.1:25589072-25589086promoter 内 1278-1292 bp - 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 25585530-25586363(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCTAAATCTGAA
SmilChr02G004087 Chr02 NC_080388.1:63146580-63146594promoter 内 1248-1262 bp - 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63149333-63150023(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAGCTG
SmilChr03G003107 Chr03 NC_080389.1:48203756-48203770promoter 内 1182-1196 bp + 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48206575-48209756(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGTGAGATCTGCA
SmilChr01G004498 Chr01 NC_080387.1:63085975-63085989promoter 内 1162-1176 bp - 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63079386-63083150(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCCTTAGATCTGAT
SmilChr02G002859 Chr02 NC_080388.1:48780018-48780032promoter 内 1159-1173 bp + 2828 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48772585-48777190(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAGCTG
SmilChr03G002208 Chr03 NC_080389.1:34780964-34780978promoter 内 1125-1139 bp + 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 34776289-34778102(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTATAGTC
SmilChr03G004386 Chr03 NC_080389.1:62064332-62064346promoter 内 1119-1133 bp - 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 62067214-62071808(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAGAGATCTAGTTCG
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SmilChr01G001676 Chr01 NC_080387.1:30958389-30958403promoter 内 1051-1065 bp - 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30953499-30955453(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAGGGCGGATCTGAT
SmilChr01G003248 Chr01 NC_080387.1:51211029-51211043promoter 内 1039-1053 bp + 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51205715-51208081(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAACGAA
SmilChr04G001647 Chr04 NC_080390.1:27397585-27397599promoter 内 1018-1032 bp - 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 27392443-27394616(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATATAAATCTGAA
SmilChr03G001224 Chr03 NC_080389.1:14130871-14130885promoter 内 1007-1021 bp - 2980 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 14127820-14127891(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTGTTAGATCTGCA
SmilChr03G001160 Chr03 NC_080389.1:13379902-13379916promoter 内 996-1010 bp - 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 13376123-13376911(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCCTTAGATCTGAT
SmilChr05G001145 Chr05 NC_080391.1:9583259-9583273promoter 内 977-991 bp + 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9586283-9593541(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTCTAGATCTTAT
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SmilChr04G000661 Chr04 NC_080390.1:7477422-7477436promoter 内 935-949 bp + 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 7471540-7474370(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGTGTA
SmilChr02G002899 Chr02 NC_080388.1:49256630-49256644promoter 内 934-948 bp - 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 49259697-49261085(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGTGTA
SmilChr02G001621 Chr02 NC_080388.1:30150654-30150668promoter 内 923-937 bp + 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30153732-30155286(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGGGTGGATCTGAA
SmilChr01G003041 Chr01 NC_080387.1:49396624-49396638promoter 内 888-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 49399737-49402649(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCCAATAA