转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 102 / 126 下载 TSV

上一页 102 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002474 Chr07 NC_080393.1:23283617-23283631promoter 内 3977-3991 bp + 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 23283641-23289195(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGAAGCTACGTGGCG
SmilChr07G000995 Chr07 NC_080393.1:7234509-7234523promoter 内 3930-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7234580-7238206(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAAGGGCACGTGGCA
SmilChr04G002588 Chr04 NC_080390.1:41295817-41295831promoter 内 3892-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 41295926-41299896(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTAGCTTCT
SmilChr05G001118 Chr05 NC_080391.1:9330974-9330988promoter 内 3857-3871 bp + 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 9331118-9331811(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CCTATCCACGTGGCA
SmilChr08G001283 Chr08 NC_080394.1:10218009-10218023promoter 内 3771-3785 bp - 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 10215608-10217793(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGGCATGACGTGGCT
SmilChr05G004056 Chr05 NC_080391.1:54519187-54519201promoter 内 3661-3675 bp - 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 54519527-54527917(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAATACTT
SmilChr05G003512 Chr05 NC_080391.1:46903347-46903361promoter 内 3628-3642 bp + 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 46903720-46907655(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAGTCCTACGTGGCA
SmilChr08G002033 Chr08 NC_080394.1:18116669-18116683promoter 内 3604-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 18114874-18116286(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTCAACCACGTGGCG
SmilChr03G000880 Chr03 NC_080389.1:9998352-9998366promoter 内 3535-3549 bp + 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 9998818-10003304(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGATAACACGTGGAA
SmilChr08G004926 Chr08 NC_080394.1:58175038-58175052promoter 内 3502-3516 bp + 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 58171826-58174553(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCGTTTTT
SmilChr02G002170 Chr02 NC_080388.1:38912478-38912492promoter 内 3498-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 38912981-38915528(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCGGACGC
SmilChr05G001593 Chr05 NC_080391.1:14636441-14636455promoter 内 3416-3430 bp + 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 14634183-14635870(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGCCCTTC
SmilChr05G000937 Chr05 NC_080391.1:7551013-7551027promoter 内 3212-3226 bp - 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7548860-7550238(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGTGTTTACGTGGCA
SmilChr08G000587 Chr08 NC_080394.1:4368497-4368511promoter 内 3212-3226 bp - 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4366341-4367722(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGTGTTTACGTGGCA
SmilChr02G000192 Chr02 NC_080388.1:2410050-2410064promoter 内 3127-3141 bp + 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2410924-2412487(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GACGTTGACGTGGCT
SmilChr06G002379 Chr06 NC_080392.1:34631153-34631167promoter 内 3011-3025 bp - 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 34632143-34635268(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGTTAATT
SmilChr08G001907 Chr08 NC_080394.1:16589535-16589549promoter 内 3000-3014 bp + 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 16590536-16591722(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGTGTTTACGTGGCA
SmilChr03G000052 Chr03 NC_080389.1:520749-520763promoter 内 2788-2802 bp + 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 517600-519550(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGACACGTGTGGGAC
SmilChr04G004126 Chr04 NC_080390.1:56107374-56107388promoter 内 2581-2595 bp + 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56101720-56105968(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGACACGTGTATCCA
SmilChr01G001643 Chr01 NC_080387.1:30469255-30469269promoter 内 2565-2579 bp + 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30465156-30467833(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGTCTCGT
SmilChr07G004569 Chr07 NC_080393.1:58489270-58489284promoter 内 2527-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 58484152-58487810(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGATAGG
SmilChr01G003939 Chr01 NC_080387.1:57723079-57723093promoter 内 2494-2508 bp + 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 57724586-57724936(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CCAATTCACGTGGCA
SmilChr01G004937 Chr01 NC_080387.1:67468912-67468926promoter 内 2470-2484 bp + 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 67470443-67473691(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAAATCGACGTGGCG
SmilChr04G001849 Chr04 NC_080390.1:30150923-30150937promoter 内 2463-2477 bp - 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30152461-30154423(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTACACGTGTTCTCT
SmilChr01G001795 Chr01 NC_080387.1:32819371-32819385promoter 内 2360-2374 bp + 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 32821012-32823779(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTATGATACGTGGCG
SmilChr08G002063 Chr08 NC_080394.1:18498336-18498350promoter 内 2291-2305 bp + 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 18500046-18500604(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TACTCACACGTGGCT
SmilChr06G001515 Chr06 NC_080392.1:16258219-16258233promoter 内 2182-2196 bp - 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 16254121-16256414(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACAATACACGTGGCG
SmilChr02G003581 Chr02 NC_080388.1:56975137-56975151promoter 内 2144-2158 bp + 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56970000-56973294(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGAACTCC
SmilChr08G004454 Chr08 NC_080394.1:54261415-54261429promoter 内 2127-2141 bp + 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 54263289-54268094(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CCTCGCGACGTGGCT
SmilChr05G000938 Chr05 NC_080391.1:7551013-7551027promoter 内 1945-1959 bp - 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7553069-7555748(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAAACACA
SmilChr05G003508 Chr05 NC_080391.1:46841803-46841817promoter 内 1911-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 46843893-46845789(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAGTCCTACGTGGCA
SmilChr04G000800 Chr04 NC_080390.1:9882501-9882515promoter 内 1868-1882 bp + 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 9884634-9888506(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTAATCGACGTGGCG
SmilChr05G000357 Chr05 NC_080391.1:2679541-2679555promoter 内 1841-1855 bp + 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2675180-2677395(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCTTGCCA
SmilChr04G004128 Chr04 NC_080390.1:56107374-56107388promoter 内 1622-1636 bp + 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56109753-56112876(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGGATACACGTGTCA
SmilChr08G000764 Chr08 NC_080394.1:5645870-5645884promoter 内 1401-1415 bp - 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 5640563-5643284(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGTGATACGTGGCG
SmilChr08G001000 Chr08 NC_080394.1:7518788-7518802promoter 内 1368-1382 bp - 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7521421-7524873(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCTACCGT
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