转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 102 / 135 下载 TSV

上一页 102 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000725 Chr03 NC_080389.1:8179448-8179462promoter 内 3038-3052 bp - 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 8180411-8183465(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACATATAT
SmilChr01G004851 Chr01 NC_080387.1:66664516-66664530promoter 内 3030-3044 bp + 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 66662766-66663559(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGAGATAAGGGAATA
SmilChr01G004857 Chr01 NC_080387.1:66740573-66740587promoter 内 3026-3040 bp + 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 66736214-66739612(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGCTTAT
SmilChr01G004911 Chr01 NC_080387.1:67142147-67142161promoter 内 3003-3017 bp + 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 67132267-67141163(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGCTTAT
SmilChr03G001802 Chr03 NC_080389.1:24616533-24616547promoter 内 2957-2971 bp - 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 24614628-24615503(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGAACCTTATCATG
SmilChr02G003124 Chr02 NC_080388.1:52243748-52243762promoter 内 2931-2945 bp - 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52241325-52242692(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAAGCCTTATCAAT
SmilChr02G000277 Chr02 NC_080388.1:3556930-3556944promoter 内 2836-2850 bp - 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3553646-3555779(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGAACCTTATCATG
SmilChr02G004601 Chr02 NC_080388.1:68530914-68530928promoter 内 2833-2847 bp - 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 68532082-68534809(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGTATTTA
SmilChr02G001556 Chr02 NC_080388.1:28861780-28861794promoter 内 2811-2825 bp - 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 28862970-28863392(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGCTTCAA
SmilChr02G001763 Chr02 NC_080388.1:32371670-32371684promoter 内 2772-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32372899-32374214(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCAGATAAGGGAATA
SmilChr01G004128 Chr01 NC_080387.1:59805770-59805784promoter 内 2745-2759 bp + 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 59803567-59804528(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGAGTCCG
SmilChr01G000336 Chr01 NC_080387.1:6864321-6864335promoter 内 2734-2748 bp + 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6865588-6870420(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACTCCCTTATCTTT
SmilChr03G001860 Chr03 NC_080389.1:25680179-25680193promoter 内 2707-2721 bp - 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 25681473-25688528(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGCCAGA
SmilChr01G004493 Chr01 NC_080387.1:63059405-63059419promoter 内 2699-2713 bp + 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 63060707-63061386(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGAGGTCTTATCCTC
SmilChr01G004486 Chr01 NC_080387.1:62992333-62992347promoter 内 2677-2691 bp - 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 62987204-62991023(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTACTTTATCCTC
SmilChr02G005281 Chr02 NC_080388.1:73858228-73858242promoter 内 2663-2677 bp - 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 73855582-73856904(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATTTTATTATCCTT
SmilChr03G000321 Chr03 NC_080389.1:3659802-3659816promoter 内 2656-2670 bp + 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3655196-3658471(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGAAATT
SmilChr01G003553 Chr01 NC_080387.1:54172275-54172289promoter 内 2629-2643 bp - 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54173647-54175475(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGCTTAT
SmilChr01G005183 Chr01 NC_080387.1:69540689-69540703promoter 内 2629-2643 bp - 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 69542061-69544483(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTGATAAGGTGGTT
SmilChr01G005347 Chr01 NC_080387.1:70721377-70721391promoter 内 2511-2525 bp + 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70715872-70719901(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGGTAAC
SmilChr01G000176 Chr01 NC_080387.1:2895178-2895192promoter 内 2506-2520 bp - 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2896673-2900364(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGTATAC
SmilChr02G000795 Chr02 NC_080388.1:13142901-13142915promoter 内 2485-2499 bp + 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 13140986-13141399(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGGAGTC
SmilChr02G000857 Chr02 NC_080388.1:14640058-14640072promoter 内 2473-2487 bp + 1514 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 14637642-14638544(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGTTGCAG
SmilChr01G000836 Chr01 NC_080387.1:18056788-18056802promoter 内 2454-2468 bp + 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 18058335-18060262(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTCTCCTTATCAAG
SmilChr01G003522 Chr01 NC_080387.1:53854969-53854983promoter 内 2446-2460 bp - 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53856524-53861726(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGTTTGTT
SmilChr03G001685 Chr03 NC_080389.1:22229094-22229108promoter 内 2428-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22230667-22232603(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGATAAGACCAGA
SmilChr01G005342 Chr01 NC_080387.1:70642904-70642918promoter 内 2363-2377 bp + 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70630561-70641280(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGCTAAAA
SmilChr01G004165 Chr01 NC_080387.1:60158224-60158238promoter 内 2320-2334 bp - 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60151027-60156557(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCGAACTTTATCCTC
SmilChr01G004253 Chr01 NC_080387.1:60822038-60822052promoter 内 2270-2284 bp + 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60823769-60824749(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAAGCCTTATCAAT
SmilChr02G000391 Chr02 NC_080388.1:4848957-4848971promoter 内 2246-2260 bp + 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4850712-4851596(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTTTGTTATCCTT
SmilChr01G004462 Chr01 NC_080387.1:62718231-62718245promoter 内 2220-2234 bp - 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 62720012-62722038(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGCTTAT
SmilChr03G000065 Chr03 NC_080389.1:727725-727739promoter 内 2195-2209 bp - 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 729531-824790(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAAGATGCTT
SmilChr02G002938 Chr02 NC_080388.1:49891596-49891610promoter 内 2184-2198 bp + 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49884668-49889793(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGTATCAT
SmilChr02G004928 Chr02 NC_080388.1:71291041-71291055promoter 内 2131-2145 bp + 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 71292911-71295909(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCTCCCTTATCTGC
SmilChr02G004444 Chr02 NC_080388.1:66788833-66788847promoter 内 2121-2135 bp + 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 66790713-66793924(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTACCCTTATCATT
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