转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 104 / 140 下载 TSV

上一页 104 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000675 Chr02 NC_080388.1:10490423-10490437promoter 内 346-360 bp - 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 10484734-10486782(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATGAAGTGGGTGAAA
SmilChr01G005311 Chr01 NC_080387.1:70365030-70365044promoter 内 324-338 bp + 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70360251-70361367(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGCAACCTAATTTCT
SmilChr01G003550 Chr01 NC_080387.1:54109817-54109831promoter 内 312-326 bp - 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54104430-54106142(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTTTGTAGGTGAAT
SmilChr01G005186 Chr01 NC_080387.1:69566966-69566980promoter 内 250-264 bp - 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 69570717-69574197(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCAAACTAATTTTT
SmilChr02G001170 Chr02 NC_080388.1:21512024-21512038promoter 内 229-243 bp + 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21515796-21518855(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATGAAGTGGGTGAAA
SmilChr01G001947 Chr01 NC_080387.1:34688554-34688568promoter 内 162-176 bp + 3825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 34692393-34693677(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGATTTTGGTGAAA
SmilChr03G002716 Chr03 NC_080389.1:43121532-43121546promoter 内 145-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43114938-43117690(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTATACCTAATATCA
SmilChr02G004158 Chr02 NC_080388.1:63897637-63897651promoter 内 130-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 63901508-63904482(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTATTAGGTAAAT
SmilChr03G000842 Chr03 NC_080389.1:9608781-9608795promoter 内 113-127 bp + 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9612669-9613799(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATGAAGTGGGTGAAA
SmilChr01G000530 Chr01 NC_080387.1:10841601-10841615promoter 内 100-114 bp - 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 10834673-10837714(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATGAAGTGGGTGAAA
SmilChr01G003735 Chr01 NC_080387.1:55655622-55655636promoter 内 97-111 bp - 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 55648787-55651732(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATGAAGTGGGTGAAA
SmilChr02G005129 Chr02 NC_080388.1:72757340-72757354promoter 内 78-92 bp + 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 72761263-72763967(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGTATTAGGTCGGA
SmilChr03G003543 Chr03 NC_080389.1:54076527-54076541promoter 内 57-71 bp + 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54071383-54072597(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTCACCTACTAGAC
SmilChr01G005308 Chr01 NC_080387.1:70332776-70332790promoter 内 55-69 bp + 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70336722-70337592(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTAAATTAGGTAGTT
SmilChr02G001617 Chr02 NC_080388.1:30121599-30121613promoter 内 34-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 30116256-30117646(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATGAAGTGGGTGAAA
SmilChr03G001117 Chr03 NC_080389.1:12883396-12883410promoter 内 2721-2735 bp + 1266 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 5 12884676-12886638(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTATTTAGGTGCAA
SmilChr01G004872 Chr01 NC_080387.1:66834767-66834781promoter 内 2210-2224 bp - 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 66831346-66832990(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTATTTAGGTGCAA
SmilChr01G001101 Chr01 NC_080387.1:22527980-22527994promoter 内 1539-1553 bp - 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 22530442-22532019(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGCACCTAAATACA
SmilChr03G002531 Chr03 NC_080389.1:40379607-40379621promoter 内 3958-3972 bp - 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 40377126-40379578(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTATTTAGGTGCAA
SmilChr02G003980 Chr02 NC_080388.1:62060015-62060029promoter 内 3931-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 62060085-62064416(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTATTTAGGTGCAA
SmilChr02G003822 Chr02 NC_080388.1:59837263-59837277promoter 内 3889-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 59837375-59843116(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTATTTAGGTGCAA
SmilChr01G005181 Chr01 NC_080387.1:69533249-69533263promoter 内 3779-3793 bp + 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 69533471-69535820(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCTATTAGGTGAGA
SmilChr02G000161 Chr02 NC_080388.1:2110648-2110662promoter 内 3682-3696 bp + 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 2107167-2110343(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACACACA
SmilChr02G003089 Chr02 NC_080388.1:51771796-51771810promoter 内 3585-3599 bp - 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 51769788-51771394(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTATTTAGGTGCAA
SmilChr03G001360 Chr03 NC_080389.1:15966345-15966359promoter 内 3569-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 15966777-15968542(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGTAACCTAATAATT
SmilChr03G001362 Chr03 NC_080389.1:15980931-15980945promoter 内 3569-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 15981363-15983113(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGTAACCTAATAATT
SmilChr02G003487 Chr02 NC_080388.1:56131518-56131532promoter 内 3544-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 56131975-56134674(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTATTTAGGTGCAA
SmilChr01G003870 Chr01 NC_080387.1:56951159-56951173promoter 内 3505-3519 bp + 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 56951655-56955578(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTATTTAGGTGCAA
SmilChr01G005975 Chr01 NC_080387.1:75416439-75416453promoter 内 3492-3506 bp + 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 75414077-75415944(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGCACCTAAATACA
SmilChr01G001100 Chr01 NC_080387.1:22527980-22527994promoter 内 3325-3339 bp - 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 22528656-22530377(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGCACCTAAATACA
SmilChr02G003090 Chr02 NC_080388.1:51771796-51771810promoter 内 3272-3286 bp - 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 51770533-51771081(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTATTTAGGTGCAA
SmilChr02G003179 Chr02 NC_080388.1:52945526-52945540promoter 内 3223-3237 bp + 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 52941170-52944762(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCCAAACTAATTTTA
SmilChr02G004337 Chr02 NC_080388.1:65617776-65617790promoter 内 3122-3136 bp + 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 65618655-65619728(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTGTGTAGGTGAAA
SmilChr02G001684 Chr02 NC_080388.1:31074018-31074032promoter 内 3043-3057 bp - 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 31070324-31073074(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTATTTAGGTGCAA
SmilChr01G003021 Chr01 NC_080387.1:49236328-49236342promoter 内 3027-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 49226403-49235368(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTGTGTAGGTGAAA
SmilChr01G002316 Chr01 NC_080387.1:40150050-40150064promoter 内 2927-2941 bp - 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 40144918-40148990(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATTATTAGGTTGGG
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