转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 105 / 135 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000023 Chr01 NC_080387.1:435917-435931promoter 内 3246-3260 bp - 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 436672-447883(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATATGCAA
SmilChr01G004036 Chr01 NC_080387.1:58776564-58776578promoter 内 3211-3225 bp + 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 58777354-58779040(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTTTCCTTATCAGA
SmilChr02G004409 Chr02 NC_080388.1:66412815-66412829promoter 内 3160-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 66408238-66411988(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGTTCAAT
SmilChr01G004372 Chr01 NC_080387.1:61924624-61924638promoter 内 3092-3106 bp - 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 61925533-61927324(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTGATAAGGTCGGT
SmilChr02G002892 Chr02 NC_080388.1:49210545-49210559promoter 内 3077-3091 bp - 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 49211469-49213739(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAAAATT
SmilChr03G002299 Chr03 NC_080389.1:36211396-36211410promoter 内 3064-3078 bp - 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 36206403-36210473(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACCGACCTTATCAGA
SmilChr02G002676 Chr02 NC_080388.1:46344644-46344658promoter 内 3034-3048 bp + 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 46345611-46348957(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAATGCTTATCCCA
SmilChr02G002968 Chr02 NC_080388.1:50202473-50202487promoter 内 3014-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50199317-50201500(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAAAATT
SmilChr03G001090 Chr03 NC_080389.1:12606957-12606971promoter 内 2981-2995 bp - 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 12607977-12609094(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCATTAA
SmilChr01G000204 Chr01 NC_080387.1:3518857-3518871promoter 内 2971-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3514613-3517841(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCACCCCTTATCATC
SmilChr01G003737 Chr01 NC_080387.1:55698329-55698343promoter 内 2962-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 55699368-55701398(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAATGCTTATCCCA
SmilChr01G005095 Chr01 NC_080387.1:68791889-68791903promoter 内 2767-2781 bp - 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 68790592-68790669(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAATTATTATCCTT
SmilChr03G001016 Chr03 NC_080389.1:11675646-11675660promoter 内 2764-2778 bp + 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 11676883-11677709(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAATGCTTATCCCA
SmilChr01G001763 Chr01 NC_080387.1:32413610-32413624promoter 内 2756-2770 bp - 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 32414855-32420349(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGATGAGG
SmilChr03G000374 Chr03 NC_080389.1:4184954-4184968promoter 内 2753-2767 bp + 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4181939-4183720(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGTATGT
SmilChr03G000480 Chr03 NC_080389.1:5099399-5099413promoter 内 2722-2736 bp - 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5096765-5098134(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATGATTATCCTC
SmilChr01G004371 Chr01 NC_080387.1:61924624-61924638promoter 内 2694-2708 bp - 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 61922627-61923331(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACCGACCTTATCAGA
SmilChr03G000464 Chr03 NC_080389.1:4969046-4969060promoter 内 2692-2706 bp + 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4966111-4967751(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGTATGT
SmilChr01G004500 Chr01 NC_080387.1:63099428-63099442promoter 内 2684-2698 bp - 1303 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 63097059-63098125(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATACCGTTATCCTT
SmilChr02G004479 Chr02 NC_080388.1:67219624-67219638promoter 内 2673-2687 bp + 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 67220952-67222163(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATCTTATTATCCTA
SmilChr01G005238 Chr01 NC_080387.1:69945292-69945306promoter 内 2652-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 69941803-69943957(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCATTAA
SmilChr03G001508 Chr03 NC_080389.1:18442806-18442820promoter 内 2605-2619 bp + 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 18444202-18444960(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCTCCCTTATCAAC
SmilChr01G001340 Chr01 NC_080387.1:26634393-26634407promoter 内 2571-2585 bp - 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 26632222-26632977(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAATGCTTATCCCA
SmilChr02G004836 Chr02 NC_080388.1:70475456-70475470promoter 内 2536-2550 bp - 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 70476921-70489757(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGGAGATC
SmilChr03G000006 Chr03 NC_080389.1:89027-89041promoter 内 2502-2516 bp - 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 85191-87542(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTTATATTATCCTT
SmilChr02G003347 Chr02 NC_080388.1:54680725-54680739promoter 内 2475-2489 bp - 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 54682251-54684804(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTAGATAAGGCTATC
SmilChr02G002218 Chr02 NC_080388.1:39427565-39427579promoter 内 2410-2424 bp + 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 39421720-39425988(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATAAGGGAGAA
SmilChr02G001678 Chr02 NC_080388.1:31014157-31014171promoter 内 2390-2404 bp + 1597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 31015768-31017540(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATACCCTTATCATT
SmilChr03G000603 Chr03 NC_080389.1:6680503-6680517promoter 内 2381-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6682123-6685929(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAATTAT
SmilChr03G001912 Chr03 NC_080389.1:26750726-26750740promoter 内 2377-2391 bp + 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 26746183-26749116(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGGATAAGGCAAAG
SmilChr02G001805 Chr02 NC_080388.1:32897358-32897372promoter 内 2347-2361 bp + 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 32892547-32895718(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGGACAAA
SmilChr01G002469 Chr01 NC_080387.1:42419899-42419913promoter 内 2346-2360 bp + 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 42417303-42418258(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATCATAAT
SmilChr01G003663 Chr01 NC_080387.1:55055390-55055404promoter 内 2345-2359 bp + 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 55057046-55061669(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAATGCTTATCCCA
SmilChr01G003188 Chr01 NC_080387.1:50633821-50633835promoter 内 2313-2327 bp + 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50635509-50637872(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTAACCTAATCATC
SmilChr02G003503 Chr02 NC_080388.1:56227457-56227471promoter 内 2292-2306 bp - 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 56224579-56225762(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTCCTCTTATCCAT
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SmilChr03G000190 Chr03 NC_080389.1:2119738-2119752promoter 内 2278-2292 bp - 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2115677-2118029(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTAACCTAATCATC
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SmilChr02G002728 Chr02 NC_080388.1:47196686-47196700promoter 内 1873-1887 bp - 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 47198814-47200452(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATCATAAT