转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 107 / 162 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr05G004204 Chr05 NC_080391.1:55914283-55914301promoter 内 795-813 bp - 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 55908894-55911095(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTGATCAACCTT
SmilChr03G001517 Chr03 NC_080389.1:18592979-18592997promoter 内 786-804 bp - 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 18596194-18596810(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGGTTGATCAAGTCAACT
SmilChr07G003171 Chr07 NC_080393.1:33756631-33756649promoter 内 762-780 bp - 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 33759870-33762067(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTTTTAGTTTAAGTCAACC
SmilChr08G001879 Chr08 NC_080394.1:16250001-16250019promoter 内 756-774 bp - 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 16243373-16246774(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTGTCCAGTGAGA
SmilChr04G000465 Chr04 NC_080390.1:4969454-4969472promoter 内 746-764 bp - 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4958936-4966217(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTAATAATAAAA
SmilChr03G002804 Chr03 NC_080389.1:44512609-44512627promoter 内 718-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44515892-44518232(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTATGTCAAAATT
SmilChr07G004618 Chr07 NC_080393.1:58970714-58970732promoter 内 706-724 bp + 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58974009-58977162(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGGGGAGGGGG
SmilChr02G005529 Chr02 NC_080388.1:75359489-75359507promoter 内 685-703 bp - 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75354839-75356191(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTGCAAGTCGCC
SmilChr03G002783 Chr03 NC_080389.1:44282536-44282554promoter 内 631-649 bp - 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44275773-44279184(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTAATTGAATTC
SmilChr07G002006 Chr07 NC_080393.1:17799662-17799680promoter 内 617-635 bp - 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 17803046-17807184(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AACATGGAAAAAGTCAAAG
SmilChr05G001416 Chr05 NC_080391.1:12796211-12796229promoter 内 605-623 bp - 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 12790333-12792833(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTGATCAACCTT
SmilChr02G002492 Chr02 NC_080388.1:43363784-43363802promoter 内 587-605 bp - 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 43353388-43360388(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTGATCAACCTT
SmilChr02G004924 Chr02 NC_080388.1:71256428-71256446promoter 内 585-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71252206-71253030(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTGATCAACCTT
SmilChr06G001479 Chr06 NC_080392.1:15760733-15760751promoter 内 557-575 bp - 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 15755666-15757307(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTAGGTAACTCG
SmilChr03G003094 Chr03 NC_080389.1:47966495-47966513promoter 内 544-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 47958809-47963056(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTCTATATCTGAGTCAACA
SmilChr07G001189 Chr07 NC_080393.1:9029645-9029663promoter 内 528-546 bp - 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9033118-9034561(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGGTTGATCAAGTCAACT
SmilChr03G002930 Chr03 NC_080389.1:46060354-46060372promoter 内 483-501 bp - 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 46053309-46056854(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCAACAGTCTGCA
SmilChr07G001000 Chr07 NC_080393.1:7268769-7268787promoter 内 459-477 bp + 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 7272311-7277037(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTGCTGCCAATCA
SmilChr01G000970 Chr01 NC_080387.1:20562629-20562647promoter 内 442-460 bp - 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 20552989-20559088(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTGAAACTGACGA
SmilChr06G003151 Chr06 NC_080392.1:44519644-44519662promoter 内 438-456 bp - 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44515207-44516099(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTGATTCTTCCAA
SmilChr02G000484 Chr02 NC_080388.1:6600315-6600333promoter 内 417-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6603899-6605266(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGACTTGAACCAGTCAACT
SmilChr06G000124 Chr06 NC_080392.1:882305-882323promoter 内 401-419 bp - 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 877010-878723(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTTCACAGTAAA
SmilChr05G002201 Chr05 NC_080391.1:23468415-23468433promoter 内 312-330 bp - 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 23461395-23464744(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTCGGGTAATTTA
SmilChr06G000504 Chr06 NC_080392.1:4166590-4166608promoter 内 269-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4170322-4171688(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATACCAGTTATAGTCAACT
SmilChr03G001396 Chr03 NC_080389.1:16578086-16578104promoter 内 245-263 bp + 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 16581842-16589213(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCCTCAAAAGTA
SmilChr02G003688 Chr02 NC_080388.1:58284699-58284717promoter 内 231-249 bp - 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58274625-58280947(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTAATTTTCCCCT
SmilChr02G004660 Chr02 NC_080388.1:68999154-68999172promoter 内 224-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 69002931-69006333(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTTCGGCGAAAT
SmilChr07G001165 Chr07 NC_080393.1:8727889-8727907promoter 内 223-241 bp - 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8719011-8724129(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCCATTTCATTA
SmilChr07G003616 Chr07 NC_080393.1:42538099-42538117promoter 内 221-239 bp - 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 42541879-42543684(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACCGGCCCGTCGGTCAACG
SmilChr06G000149 Chr06 NC_080392.1:1043261-1043279promoter 内 204-222 bp + 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1047058-1048865(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTCTTTATTGAC
SmilChr03G001726 Chr03 NC_080389.1:23195245-23195263promoter 内 192-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 23199054-23200241(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGGGCTGAAGCAGTCAACA
SmilChr08G000924 Chr08 NC_080394.1:6819448-6819466promoter 内 175-193 bp - 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6823274-6828229(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTTTTTGAACTAGTCAACT
SmilChr02G004473 Chr02 NC_080388.1:67113911-67113929promoter 内 172-190 bp + 3811 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 67117740-67120938(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTCTTTTAGTTTT
SmilChr04G002267 Chr04 NC_080390.1:36678932-36678950promoter 内 160-178 bp + 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 36682773-36686580(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTGATCAACCTT
SmilChr03G001740 Chr03 NC_080389.1:23496552-23496570promoter 内 116-134 bp + 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 23490541-23492685(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATGCTGAATTAAGTCAACT
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