转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 109 / 137 下载 TSV

上一页 109 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002455 Chr02 NC_080388.1:42840539-42840549promoter 内 1876-1886 bp - 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 42842664-42851129(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGTT
SmilChr03G003316 Chr03 NC_080389.1:51399231-51399241promoter 内 1515-1525 bp + 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 51401717-51409726(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAA
SmilChr01G000461 Chr01 NC_080387.1:9453570-9453580promoter 内 1494-1504 bp + 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 9456077-9462670(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGAC
SmilChr03G003890 Chr03 NC_080389.1:57967852-57967862promoter 内 1455-1465 bp + 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 57964221-57965316(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGTT
SmilChr03G001130 Chr03 NC_080389.1:13053018-13053028promoter 内 1388-1398 bp + 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 13055631-13056833(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAA
SmilChr01G003617 Chr01 NC_080387.1:54699404-54699414promoter 内 847-857 bp + 3144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 54702558-54706971(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAA
SmilChr01G003879 Chr01 NC_080387.1:57120742-57120752promoter 内 739-749 bp + 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 57111588-57117490(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGTT
SmilChr02G005459 Chr02 NC_080388.1:74899862-74899872promoter 内 533-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 74903330-74910479(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAA
SmilChr01G001503 Chr01 NC_080387.1:28861554-28861564promoter 内 262-272 bp + 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 28865293-28865856(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGAC
SmilChr02G004480 Chr02 NC_080388.1:67261523-67261533promoter 内 142-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 67265382-67267034(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGTA
SmilChr03G001986 Chr03 NC_080389.1:29055624-29055634promoter 内 3990-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 29054470-29055623(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAAGTTGAG
SmilChr01G004479 Chr01 NC_080387.1:62889980-62889990promoter 内 3908-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 62890073-62893796(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGTT
SmilChr01G002809 Chr01 NC_080387.1:46629234-46629244promoter 内 3856-3866 bp - 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 46625784-46629099(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAACTTGTG
SmilChr01G005247 Chr01 NC_080387.1:69982321-69982331promoter 内 3818-3828 bp - 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 69982504-69983413(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGTT
SmilChr02G001353 Chr02 NC_080388.1:25294654-25294664promoter 内 3783-3793 bp + 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 25292448-25294446(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGTT
SmilChr01G000835 Chr01 NC_080387.1:18033095-18033105promoter 内 3755-3765 bp - 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 18033341-18034810(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGTT
SmilChr02G000019 Chr02 NC_080388.1:150051-150061promoter 内 3711-3721 bp + 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 148845-149771(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGTT
SmilChr01G005531 Chr01 NC_080387.1:72166113-72166123promoter 内 3607-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 72162633-72165729(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAACTTGTG
SmilChr03G003607 Chr03 NC_080389.1:54710849-54710859promoter 内 3594-3604 bp + 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 54711256-54713883(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAACTTGTG
SmilChr01G003174 Chr01 NC_080387.1:50545288-50545298promoter 内 3526-3536 bp - 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 50545763-50553870(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGTT
SmilChr02G003677 Chr02 NC_080388.1:58143395-58143405promoter 内 3491-3501 bp - 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 58142824-58142895(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAA
SmilChr01G005441 Chr01 NC_080387.1:71520917-71520927promoter 内 3488-3498 bp - 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 71521430-71523973(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAAGTTGAG
SmilChr02G002820 Chr02 NC_080388.1:48292251-48292261promoter 内 3479-3489 bp + 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48291014-48291739(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGTA
SmilChr02G005340 Chr02 NC_080388.1:74248046-74248056promoter 内 3374-3384 bp + 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 74243664-74247429(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGTT
SmilChr03G003409 Chr03 NC_080389.1:52427689-52427699promoter 内 3374-3384 bp + 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 52426249-52427072(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGTT
SmilChr02G003287 Chr02 NC_080388.1:54154202-54154212promoter 内 3359-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 54152305-54153570(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGTT
SmilChr03G002397 Chr03 NC_080389.1:37985016-37985026promoter 内 3359-3369 bp - 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 37983191-37984384(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGAC
SmilChr02G001734 Chr02 NC_080388.1:31867493-31867503promoter 内 3309-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 31868185-31870376(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGTA
SmilChr03G001584 Chr03 NC_080389.1:20042196-20042206promoter 内 3247-3257 bp - 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 20042950-20045827(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGTA
SmilChr02G001192 Chr02 NC_080388.1:21896550-21896560promoter 内 3239-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 21893830-21895798(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAAGTTGAG
SmilChr01G002605 Chr01 NC_080387.1:44245664-44245674promoter 内 3227-3237 bp + 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44246438-44247302(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAACTTGTG
SmilChr03G003553 Chr03 NC_080389.1:54175258-54175268promoter 内 3123-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 54176136-54180526(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGAA
SmilChr01G005560 Chr01 NC_080387.1:72414875-72414885promoter 内 3058-3068 bp - 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 72410811-72413942(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAACTTGTG
SmilChr03G003971 Chr03 NC_080389.1:58748348-58748358promoter 内 2997-3007 bp + 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 58743127-58747354(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGTT
SmilChr01G002454 Chr01 NC_080387.1:42143371-42143381promoter 内 2914-2924 bp + 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 42141328-42142294(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAAGTTGAG
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