转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 109 / 131 下载 TSV

上一页 109 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004434 Chr01 NC_080387.1:62429975-62429984promoter 内 491-500 bp + 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 62433485-62434688(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr01G004432 Chr01 NC_080387.1:62429975-62429984promoter 内 203-212 bp + 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 62424756-62426186(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGTG
SmilChr02G001021 Chr02 NC_080388.1:18037476-18037485promoter 内 3897-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18031757-18037381(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr02G001508 Chr02 NC_080388.1:28106943-28106952promoter 内 3863-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 28107081-28108787(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr02G003683 Chr02 NC_080388.1:58194019-58194028promoter 内 3860-3869 bp - 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 58188716-58193887(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAC
SmilChr01G001165 Chr01 NC_080387.1:23673372-23673381promoter 内 3825-3834 bp + 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 23673548-23687383(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr02G004030 Chr02 NC_080388.1:62583437-62583446promoter 内 3809-3818 bp - 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 62583629-62586247(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTC
SmilChr02G003441 Chr02 NC_080388.1:55688372-55688381promoter 内 3808-3817 bp + 184 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55684467-55688188(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGTG
SmilChr03G000756 Chr03 NC_080389.1:8643580-8643589promoter 内 3752-3761 bp + 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8641850-8643340(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGTG
SmilChr02G005119 Chr02 NC_080388.1:72679784-72679793promoter 内 3739-3748 bp + 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 72680046-72684140(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAC
SmilChr01G001205 Chr01 NC_080387.1:24263878-24263887promoter 内 3699-3708 bp + 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 24264180-24277907(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr01G000890 Chr01 NC_080387.1:18941984-18941993promoter 内 3696-3705 bp - 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18941142-18941688(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr02G002094 Chr02 NC_080388.1:37594374-37594383promoter 内 3672-3681 bp + 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 37594703-37595305(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr02G000265 Chr02 NC_080388.1:3426383-3426392promoter 内 3615-3624 bp + 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3426769-3427796(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr02G004867 Chr02 NC_080388.1:70782132-70782141promoter 内 3439-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 70782694-70782767(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAC
SmilChr02G003366 Chr02 NC_080388.1:54783680-54783689promoter 内 3350-3359 bp + 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 54780957-54783038(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGTG
SmilChr02G000901 Chr02 NC_080388.1:15471870-15471879promoter 内 3280-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 15472591-15473370(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr02G002560 Chr02 NC_080388.1:44529872-44529881promoter 内 3273-3282 bp - 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 44525291-44529153(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr02G001384 Chr02 NC_080388.1:26346004-26346013promoter 内 3255-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 26346750-26349169(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAC
SmilChr01G001846 Chr01 NC_080387.1:33414364-33414373promoter 内 3250-3259 bp + 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 33415115-33415759(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr02G004188 Chr02 NC_080388.1:64198789-64198798promoter 内 3245-3254 bp - 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 64199545-64203085(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTC
SmilChr03G000665 Chr03 NC_080389.1:7446031-7446040promoter 内 3212-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 7444379-7445251(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAC
SmilChr01G001708 Chr01 NC_080387.1:31502281-31502290promoter 内 3210-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 31503072-31504277(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGTG
SmilChr03G000900 Chr03 NC_080389.1:10292293-10292302promoter 内 3204-3213 bp - 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10290789-10291505(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr02G005276 Chr02 NC_080388.1:73824269-73824278promoter 内 3191-3200 bp + 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 73825079-73825676(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr02G002766 Chr02 NC_080388.1:47714964-47714973promoter 内 3177-3186 bp - 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 47715788-47725114(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGTG
SmilChr01G006105 Chr01 NC_080387.1:76548818-76548827promoter 内 3138-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 76549681-76615946(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGTG
SmilChr02G004784 Chr02 NC_080388.1:70017242-70017251promoter 内 3132-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 70015359-70016382(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAC
SmilChr01G003551 Chr01 NC_080387.1:54143216-54143225promoter 内 3108-3117 bp + 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 54144109-54163838(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAC
SmilChr01G000218 Chr01 NC_080387.1:3793582-3793591promoter 内 3072-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3794511-3799399(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGTG
SmilChr01G003779 Chr01 NC_080387.1:56185999-56186008promoter 内 2968-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56182250-56184975(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr02G002232 Chr02 NC_080388.1:39669019-39669028promoter 内 2821-2830 bp - 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 39665191-39667848(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CACGACAAAT
SmilChr03G000042 Chr03 NC_080389.1:487124-487133promoter 内 2815-2824 bp - 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 481805-485947(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAC
SmilChr01G001691 Chr01 NC_080387.1:31142398-31142407promoter 内 2682-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 31139057-31141088(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTC
SmilChr01G001204 Chr01 NC_080387.1:24263878-24263887promoter 内 2670-2679 bp + 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 24255738-24262556(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGTG
SmilChr02G004785 Chr02 NC_080388.1:70017242-70017251promoter 内 2638-2647 bp - 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 70018605-70021442(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTC
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