转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 11 / 161 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003754 Chr01 NC_080387.1:55935505-55935518promoter 内 1508-1521 bp - 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 55931377-55933025(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAGTTGACTTTTG
SmilChr04G002534 Chr04 NC_080390.1:40450868-40450881promoter 内 1435-1448 bp + 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 40453434-40454756(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAGTTGACTTTGT
SmilChr01G005869 Chr01 NC_080387.1:74627278-74627291promoter 内 1214-1227 bp - 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 74623630-74624504(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAGTTGACTTTGT
SmilChr02G002083 Chr02 NC_080388.1:37415574-37415587promoter 内 714-727 bp + 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 37404704-37412300(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAACTAT
SmilChr04G002304 Chr04 NC_080390.1:37318841-37318854promoter 内 699-712 bp - 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 37309996-37315552(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAGTTGACTTTTG
SmilChr02G002967 Chr02 NC_080388.1:50192839-50192852promoter 内 652-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 50182192-50189503(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAGAAGTCAACGAC
SmilChr04G003253 Chr04 NC_080390.1:49282801-49282814promoter 内 473-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 49278281-49279286(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCGTTGACTTTGA
SmilChr03G001928 Chr03 NC_080389.1:27060807-27060820promoter 内 341-354 bp + 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 27064467-27066676(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCGTTGACTTTGA
SmilChr03G002603 Chr03 NC_080389.1:41394455-41394468promoter 内 311-324 bp + 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 41398145-41401591(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCGTTGACTTCGT
SmilChr03G001276 Chr03 NC_080389.1:14935351-14935364promoter 内 193-206 bp - 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 14929106-14931556(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTAGTTGACTTTTC
SmilChr07G003370 Chr07 NC_080393.1:36378443-36378456promoter 内 2650-2663 bp + 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 36379794-36381174(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCGTTGACTTTAG
SmilChr02G002923 Chr02 NC_080388.1:49632032-49632045promoter 内 2414-2427 bp - 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 49629524-49630458(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCGGTTGACTTTGT
SmilChr07G001371 Chr07 NC_080393.1:10640388-10640401promoter 内 1103-1116 bp + 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 10637349-10637503(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAACTGC
SmilChr02G005187 Chr02 NC_080388.1:73179709-73179722promoter 内 1048-1061 bp - 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 73182662-73184352(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACCGA
SmilChr07G001363 Chr07 NC_080393.1:10552353-10552366promoter 内 294-307 bp + 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 10548505-10548659(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAACTGC
SmilChr02G002407 Chr02 NC_080388.1:42025337-42025350promoter 内 3841-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 42025497-42026438(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAACGGA
SmilChr05G002647 Chr05 NC_080391.1:29904126-29904139promoter 内 3460-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 29904667-29906354(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACGTTGACTTTCA
SmilChr05G001412 Chr05 NC_080391.1:12751698-12751711promoter 内 3271-3284 bp - 717 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 12752428-12753252(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACACC
SmilChr02G001909 Chr02 NC_080388.1:34381099-34381112promoter 内 2796-2809 bp + 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 34382304-34384043(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCGTTGACTTTAG
SmilChr02G001895 Chr02 NC_080388.1:34253399-34253412promoter 内 2681-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 34249888-34252092(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCGTTGACTTTAG
SmilChr05G001413 Chr05 NC_080391.1:12751698-12751711promoter 内 2150-2163 bp - 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 12753549-12754367(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACACC
SmilChr04G000769 Chr04 NC_080390.1:9427738-9427751promoter 内 1782-1795 bp + 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 9429957-9431777(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGCGTTGACTTTAC
SmilChr02G001068 Chr02 NC_080388.1:18996901-18996914promoter 内 1407-1420 bp - 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 18992446-18994320(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCGTTGACTTTAA
SmilChr06G002132 Chr06 NC_080392.1:28707117-28707130promoter 内 1152-1165 bp + 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 28701691-28704281(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACACC
SmilChr05G000734 Chr05 NC_080391.1:5600376-5600389promoter 内 1140-1153 bp - 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 5593661-5597528(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAGTTGACTTTGT
SmilChr07G002708 Chr07 NC_080393.1:26478887-26478900promoter 内 547-560 bp + 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 26466911-26475446(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACACC
SmilChr05G001411 Chr05 NC_080391.1:12751698-12751711promoter 内 493-506 bp - 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 12746997-12748203(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGTGTTGACTTTTT
SmilChr06G000891 Chr06 NC_080392.1:8420550-8420563promoter 内 406-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 8424145-8424609(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCGTTGACTTTAA
SmilChr02G005186 Chr02 NC_080388.1:73179709-73179722promoter 内 138-151 bp - 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 73172860-73175859(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCGGTTGACTTTTT
SmilChr04G001791 Chr04 NC_080390.1:29356926-29356939promoter 内 67-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 29352493-29353005(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACACC
SmilChr03G003408 Chr03 NC_080389.1:52419955-52419968promoter 内 3383-3396 bp + 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 52420573-52424371(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr03G002167 Chr03 NC_080389.1:33715051-33715064promoter 内 2190-2203 bp + 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 33707549-33713253(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr02G000666 Chr02 NC_080388.1:10231651-10231664promoter 内 3725-3738 bp + 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 10231927-10233018(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr06G000848 Chr06 NC_080392.1:8025945-8025958promoter 内 3296-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 8024591-8025253(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr07G001599 Chr07 NC_080393.1:13323196-13323209promoter 内 3219-3232 bp - 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 13319461-13322427(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr07G001638 Chr07 NC_080393.1:13816494-13816507promoter 内 2931-2944 bp - 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 13817564-13822250(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr07G001657 Chr07 NC_080393.1:14015921-14015934promoter 内 2901-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 14017021-14021701(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr04G003634 Chr04 NC_080390.1:52849925-52849938promoter 内 2010-2023 bp - 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 52851916-52854425(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr02G003542 Chr02 NC_080388.1:56583696-56583709promoter 内 1958-1971 bp + 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 56585739-56586593(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr06G002856 Chr06 NC_080392.1:41342603-41342616promoter 内 1946-1959 bp + 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 41338112-41340561(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr07G001957 Chr07 NC_080393.1:17042419-17042432promoter 内 1945-1958 bp - 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 17044475-17046414(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr04G000958 Chr04 NC_080390.1:12710169-12710182promoter 内 1943-1956 bp - 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 12712227-12714676(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr01G003301 Chr01 NC_080387.1:51699195-51699208promoter 内 1468-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 51694329-51696675(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACTAG
SmilChr02G003601 Chr02 NC_080388.1:57249627-57249640promoter 内 1220-1233 bp + 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 57243195-57246859(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr07G001637 Chr07 NC_080393.1:13816494-13816507promoter 内 625-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 13809105-13813131(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr07G001656 Chr07 NC_080393.1:14015921-14015934promoter 内 527-540 bp - 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 14008595-14012460(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr01G003686 Chr01 NC_080387.1:55243511-55243524promoter 内 499-512 bp - 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 55238048-55240022(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr02G003355 Chr02 NC_080388.1:54721516-54721529promoter 内 3933-3946 bp - 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 54721584-54723574(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAACCCA
SmilChr08G000109 Chr08 NC_080394.1:690078-690091promoter 内 3893-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 690186-697641(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr07G003379 Chr07 NC_080393.1:36552189-36552202promoter 内 3862-3875 bp + 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 36552328-36556762(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT