靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00007215-RA_Salv |
SmilChr01G003955 |
WRKY | XP_057779712.1 |
MP00450 |
AGCGTTGACTTTTT |
9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 11 / 161 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G003754 |
Chr01 | NC_080387.1:55935505-55935518promoter 内 1508-1521 bp |
- | 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 55931377-55933025(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
ATAGTTGACTTTTG |
SmilChr04G002534 |
Chr04 | NC_080390.1:40450868-40450881promoter 内 1435-1448 bp |
+ | 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 40453434-40454756(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
AGAGTTGACTTTGT |
SmilChr01G005869 |
Chr01 | NC_080387.1:74627278-74627291promoter 内 1214-1227 bp |
- | 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 74623630-74624504(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
AGAGTTGACTTTGT |
SmilChr02G002083 |
Chr02 | NC_080388.1:37415574-37415587promoter 内 714-727 bp |
+ | 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 37404704-37412300(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
CAAAAGTCAACTAT |
SmilChr04G002304 |
Chr04 | NC_080390.1:37318841-37318854promoter 内 699-712 bp |
- | 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 37309996-37315552(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
ATAGTTGACTTTTG |
SmilChr02G002967 |
Chr02 | NC_080388.1:50192839-50192852promoter 内 652-665 bp |
+ | 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 50182192-50189503(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
CAGAAGTCAACGAC |
SmilChr04G003253 |
Chr04 | NC_080390.1:49282801-49282814promoter 内 473-486 bp |
- | 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 49278281-49279286(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
TTCGTTGACTTTGA |
SmilChr03G001928 |
Chr03 | NC_080389.1:27060807-27060820promoter 内 341-354 bp |
+ | 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 27064467-27066676(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
TTCGTTGACTTTGA |
SmilChr03G002603 |
Chr03 | NC_080389.1:41394455-41394468promoter 内 311-324 bp |
+ | 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 41398145-41401591(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
GGCGTTGACTTCGT |
SmilChr03G001276 |
Chr03 | NC_080389.1:14935351-14935364promoter 内 193-206 bp |
- | 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 14929106-14931556(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
GTAGTTGACTTTTC |
SmilChr07G003370 |
Chr07 | NC_080393.1:36378443-36378456promoter 内 2650-2663 bp |
+ | 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 2 | 36379794-36381174(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
TCCGTTGACTTTAG |
SmilChr02G002923 |
Chr02 | NC_080388.1:49632032-49632045promoter 内 2414-2427 bp |
- | 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 2 | 49629524-49630458(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
GCGGTTGACTTTGT |
SmilChr07G001371 |
Chr07 | NC_080393.1:10640388-10640401promoter 内 1103-1116 bp |
+ | 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 2 | 10637349-10637503(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
ACAAAGTCAACTGC |
SmilChr02G005187 |
Chr02 | NC_080388.1:73179709-73179722promoter 内 1048-1061 bp |
- | 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 2 | 73182662-73184352(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
AAAAAGTCAACCGA |
SmilChr07G001363 |
Chr07 | NC_080393.1:10552353-10552366promoter 内 294-307 bp |
+ | 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 2 | 10548505-10548659(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
ACAAAGTCAACTGC |
SmilChr02G002407 |
Chr02 | NC_080388.1:42025337-42025350promoter 内 3841-3854 bp |
- | 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 42025497-42026438(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
CTAAAGTCAACGGA |
SmilChr05G002647 |
Chr05 | NC_080391.1:29904126-29904139promoter 内 3460-3473 bp |
+ | 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 29904667-29906354(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
AACGTTGACTTTCA |
SmilChr05G001412 |
Chr05 | NC_080391.1:12751698-12751711promoter 内 3271-3284 bp |
- | 717 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 12752428-12753252(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
AAAAAGTCAACACC |
SmilChr02G001909 |
Chr02 | NC_080388.1:34381099-34381112promoter 内 2796-2809 bp |
+ | 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 34382304-34384043(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
TCCGTTGACTTTAG |
SmilChr02G001895 |
Chr02 | NC_080388.1:34253399-34253412promoter 内 2681-2694 bp |
- | 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 34249888-34252092(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
TCCGTTGACTTTAG |
SmilChr05G001413 |
Chr05 | NC_080391.1:12751698-12751711promoter 内 2150-2163 bp |
- | 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 12753549-12754367(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
AAAAAGTCAACACC |
SmilChr04G000769 |
Chr04 | NC_080390.1:9427738-9427751promoter 内 1782-1795 bp |
+ | 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 9429957-9431777(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
TGCGTTGACTTTAC |
SmilChr02G001068 |
Chr02 | NC_080388.1:18996901-18996914promoter 内 1407-1420 bp |
- | 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 18992446-18994320(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
GTCGTTGACTTTAA |
SmilChr06G002132 |
Chr06 | NC_080392.1:28707117-28707130promoter 内 1152-1165 bp |
+ | 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 28701691-28704281(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
AAAAAGTCAACACC |
SmilChr05G000734 |
Chr05 | NC_080391.1:5600376-5600389promoter 内 1140-1153 bp |
- | 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 5593661-5597528(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
GCAGTTGACTTTGT |
SmilChr07G002708 |
Chr07 | NC_080393.1:26478887-26478900promoter 内 547-560 bp |
+ | 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 26466911-26475446(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
AAAAAGTCAACACC |
SmilChr05G001411 |
Chr05 | NC_080391.1:12751698-12751711promoter 内 493-506 bp |
- | 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 12746997-12748203(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
GGTGTTGACTTTTT |
SmilChr06G000891 |
Chr06 | NC_080392.1:8420550-8420563promoter 内 406-419 bp |
+ | 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 8424145-8424609(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
GTCGTTGACTTTAA |
SmilChr02G005186 |
Chr02 | NC_080388.1:73179709-73179722promoter 内 138-151 bp |
- | 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 73172860-73175859(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
TCGGTTGACTTTTT |
SmilChr04G001791 |
Chr04 | NC_080390.1:29356926-29356939promoter 内 67-80 bp |
+ | 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.2/ 100 | 1 | 29352493-29353005(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
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SmilChr03G003408 |
Chr03 | NC_080389.1:52419955-52419968promoter 内 3383-3396 bp |
+ | 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 3 | 52420573-52424371(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
GGCTTTGACTTTTT |
SmilChr03G002167 |
Chr03 | NC_080389.1:33715051-33715064promoter 内 2190-2203 bp |
+ | 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 3 | 33707549-33713253(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
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Chr02 | NC_080388.1:10231651-10231664promoter 内 3725-3738 bp |
+ | 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 10231927-10233018(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
GGCTTTGACTTTTT |
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Chr06 | NC_080392.1:8025945-8025958promoter 内 3296-3309 bp |
- | 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 8024591-8025253(-) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
GGCTTTGACTTTTT |
SmilChr07G001599 |
Chr07 | NC_080393.1:13323196-13323209promoter 内 3219-3232 bp |
- | 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 13319461-13322427(-) |
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MP00450 |
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SmilChr07G001638 |
Chr07 | NC_080393.1:13816494-13816507promoter 内 2931-2944 bp |
- | 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 13817564-13822250(+) |
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SmilChr07G001657 |
Chr07 | NC_080393.1:14015921-14015934promoter 内 2901-2914 bp |
- | 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 14017021-14021701(+) |
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MP00450 |
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Chr04 | NC_080390.1:52849925-52849938promoter 内 2010-2023 bp |
- | 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 52851916-52854425(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
MP00450 |
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+ | 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 56585739-56586593(+) |
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Chr06 | NC_080392.1:41342603-41342616promoter 内 1946-1959 bp |
+ | 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 41338112-41340561(-) |
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MP00450 |
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- | 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 17044475-17046414(+) |
SMil_00007215-RA_Salv |
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- | 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 12712227-12714676(+) |
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+ | 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 51694329-51696675(-) |
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+ | 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 57243195-57246859(-) |
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- | 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 13809105-13813131(-) |
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SmilChr07G001656 |
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- | 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 14008595-14012460(-) |
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MP00450 |
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SmilChr01G003686 |
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- | 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 2 | 55238048-55240022(-) |
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Chr08 | NC_080394.1:690078-690091promoter 内 3893-3906 bp |
+ | 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 690186-697641(+) |
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SmilChr07G003379 |
Chr07 | NC_080393.1:36552189-36552202promoter 内 3862-3875 bp |
+ | 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.1/ 100 | 1 | 36552328-36556762(+) |
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