转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 110 / 133 下载 TSV

上一页 110 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003714 Chr01 NC_080387.1:55479673-55479681promoter 内 1871-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55481803-55486554(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr01G003713 Chr01 NC_080387.1:55479673-55479681promoter 内 1795-1803 bp - 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55473436-55477475(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr01G003448 Chr01 NC_080387.1:53033329-53033337promoter 内 1770-1778 bp + 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53035560-53041575(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr01G000023 Chr01 NC_080387.1:434426-434434promoter 内 1755-1763 bp + 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 436672-447883(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr03G001602 Chr03 NC_080389.1:20349562-20349570promoter 内 1730-1738 bp - 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 20346461-20347299(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr03G001509 Chr03 NC_080389.1:18506809-18506817promoter 内 1720-1728 bp - 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 18509090-18509806(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr02G004653 Chr02 NC_080388.1:68963895-68963903promoter 内 1704-1712 bp + 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 68959571-68961606(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr01G002481 Chr01 NC_080387.1:42550188-42550196promoter 内 1368-1376 bp - 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 42546772-42547563(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr02G004502 Chr02 NC_080388.1:67543109-67543117promoter 内 1329-1337 bp + 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 67528523-67540445(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr01G003344 Chr01 NC_080387.1:52219831-52219839promoter 内 1310-1318 bp + 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52214949-52217148(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr03G004073 Chr03 NC_080389.1:59689508-59689516promoter 内 1289-1297 bp - 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 59692220-59697900(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr01G000336 Chr01 NC_080387.1:6862853-6862861promoter 内 1266-1274 bp - 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6865588-6870420(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr02G001092 Chr02 NC_080388.1:19690774-19690782promoter 内 1201-1209 bp - 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 19686917-19687982(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr01G005857 Chr01 NC_080387.1:74509519-74509527promoter 内 1198-1206 bp + 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 74497938-74506724(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr03G002089 Chr03 NC_080389.1:32172133-32172141promoter 内 1129-1137 bp + 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 32175005-32176770(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr01G001159 Chr01 NC_080387.1:23566707-23566715promoter 内 1118-1126 bp + 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23562783-23563832(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr04G002401 Chr04 NC_080390.1:38557373-38557381promoter 内 1097-1105 bp + 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 38553610-38554477(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr01G001171 Chr01 NC_080387.1:23765744-23765752promoter 内 1082-1090 bp - 2911 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23768663-23770963(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr03G001634 Chr03 NC_080389.1:21039541-21039549promoter 内 1069-1077 bp - 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 21034448-21036617(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr01G002589 Chr01 NC_080387.1:44020322-44020330promoter 内 1068-1076 bp + 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44016632-44017397(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr03G002802 Chr03 NC_080389.1:44497134-44497142promoter 内 1063-1071 bp - 2930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44500072-44508118(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr02G005175 Chr02 NC_080388.1:73046923-73046931promoter 内 1057-1065 bp - 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 73049867-73053673(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr04G001183 Chr04 NC_080390.1:17939458-17939466promoter 内 1022-1030 bp + 2971 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 17932247-17936487(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr04G000128 Chr04 NC_080390.1:1089117-1089125promoter 内 995-1003 bp + 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1092123-1101303(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr02G000910 Chr02 NC_080388.1:15747731-15747739promoter 内 971-979 bp - 3022 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 15743999-15744709(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr01G000727 Chr01 NC_080387.1:16174459-16174467promoter 内 919-927 bp + 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 16177541-16178969(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr02G003030 Chr02 NC_080388.1:51003011-51003019promoter 内 906-914 bp - 3087 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 51006106-51006841(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr02G002810 Chr02 NC_080388.1:48145616-48145624promoter 内 848-856 bp + 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 48148769-48150806(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr01G001665 Chr01 NC_080387.1:30718061-30718069promoter 内 621-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 30721441-30724947(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr04G002594 Chr04 NC_080390.1:41365858-41365866promoter 内 588-596 bp - 3405 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 41369271-41371661(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr04G001358 Chr04 NC_080390.1:22054138-22054146promoter 内 511-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 22057628-22062615(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr03G003689 Chr03 NC_080389.1:55790732-55790740promoter 内 494-502 bp + 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55794239-55796165(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr01G006118 Chr01 NC_080387.1:76702446-76702454promoter 内 444-452 bp - 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 76706003-76715706(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr01G001818 Chr01 NC_080387.1:33103906-33103914promoter 内 427-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 33100189-33100340(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr01G006150 Chr01 NC_080387.1:76965298-76965306promoter 内 388-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 76960132-76961693(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr04G000942 Chr04 NC_080390.1:12475648-12475656promoter 内 347-355 bp - 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12479302-12480618(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr01G002507 Chr01 NC_080387.1:42949178-42949186promoter 内 331-339 bp + 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 42941240-42945516(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr03G001892 Chr03 NC_080389.1:26424959-26424967promoter 内 319-327 bp - 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 26428641-26428979(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATACGTGGG
SmilChr03G004071 Chr03 NC_080389.1:59689508-59689516promoter 内 313-321 bp - 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 59682802-59685828(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
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SmilChr01G004720 Chr01 NC_080387.1:65408014-65408022promoter 内 31-39 bp - 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 65399256-65404052(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAT
SmilChr02G001961 Chr02 NC_080388.1:35399773-35399781promoter 内 3908-3916 bp + 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 35399866-35402061(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G006098 Chr01 NC_080387.1:76458367-76458375promoter 内 3988-3996 bp + 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 76458380-76459888(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr02G001682 Chr02 NC_080388.1:31060194-31060202promoter 内 3973-3981 bp + 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 31060222-31061972(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAA
SmilChr01G006016 Chr01 NC_080387.1:75747916-75747924promoter 内 3953-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 75747964-75750475(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA