转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004246; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021799-RA_Salv SmilChr08G004246 WRKY XP_057780410.1 MP00422 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9791 个结合位点 6535 个候选靶基因 第 110 / 131 下载 TSV

上一页 110 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003234 Chr02 NC_080388.1:53599678-53599690promoter 内 1779-1791 bp + 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 53601900-53605883(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCAAGTCAATGGT
SmilChr01G005022 Chr01 NC_080387.1:68203179-68203191promoter 内 1769-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 68197204-68200959(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AACAGTCAACAAC
SmilChr01G004020 Chr01 NC_080387.1:58595809-58595821promoter 内 1760-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58591649-58593580(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAATTTGACTTCT
SmilChr01G006063 Chr01 NC_080387.1:76051675-76051687promoter 内 1670-1682 bp + 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 76054006-76058197(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGAAGTCAAATTA
SmilChr01G004263 Chr01 NC_080387.1:60895752-60895764promoter 内 1663-1675 bp - 2326 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 60898090-60902347(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATCATTGACTTAG
SmilChr01G005751 Chr01 NC_080387.1:73592339-73592351promoter 内 1487-1499 bp - 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 73588147-73589837(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CACGGTCAACGAA
SmilChr02G001308 Chr02 NC_080388.1:24324491-24324503promoter 内 1455-1467 bp + 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24321407-24321957(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATATTTGACTTGG
SmilChr02G002749 Chr02 NC_080388.1:47525374-47525386promoter 内 1450-1462 bp - 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 47527925-47531991(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTGTTTGACTTAT
SmilChr02G004773 Chr02 NC_080388.1:69893367-69893379promoter 内 1343-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 69896025-69902499(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGAAGTCAAATTG
SmilChr02G000625 Chr02 NC_080388.1:9346364-9346376promoter 内 1338-1350 bp + 2651 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9342466-9343713(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGAGTTGACTAAA
SmilChr03G001290 Chr03 NC_080389.1:15117393-15117405promoter 内 1324-1336 bp - 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 15120070-15122155(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACTTTTGACTTCT
SmilChr01G002389 Chr01 NC_080387.1:41156997-41157009promoter 内 1271-1283 bp - 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 41159727-41162434(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTTGTTGACTGTT
SmilChr02G002950 Chr02 NC_080388.1:50041656-50041668promoter 内 1271-1283 bp - 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 50038232-50038938(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAGAGTCAACAAG
SmilChr01G005257 Chr01 NC_080387.1:70070415-70070427promoter 内 1250-1262 bp + 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 70073166-70073965(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCAAGTCAAATCT
SmilChr01G000734 Chr01 NC_080387.1:16302559-16302571promoter 内 1119-1131 bp + 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 16299172-16299689(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAATTGACTTTG
SmilChr03G001499 Chr03 NC_080389.1:18322360-18322372promoter 内 1074-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 18325287-18328025(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGAAGTCAAATCT
SmilChr02G003186 Chr02 NC_080388.1:53005903-53005915promoter 内 1006-1018 bp + 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 53001275-53002920(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGATTTGACTTCA
SmilChr02G001681 Chr02 NC_080388.1:31047708-31047720promoter 内 947-959 bp - 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 31050762-31051106(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAGGTTGACTAAG
SmilChr01G003196 Chr01 NC_080387.1:50733214-50733226promoter 内 910-922 bp - 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 50723368-50730135(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAATAAC
SmilChr02G000907 Chr02 NC_080388.1:15700642-15700654promoter 内 861-873 bp - 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 15703782-15707926(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATCATTGACTTAG
SmilChr02G003019 Chr02 NC_080388.1:50881711-50881723promoter 内 724-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 50884988-50891414(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGAAGTCAAAAGT
SmilChr01G000927 Chr01 NC_080387.1:19663333-19663345promoter 内 589-601 bp - 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 19658453-19659933(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCTAGTCAACTCT
SmilChr01G002096 Chr01 NC_080387.1:36981445-36981457promoter 内 541-553 bp - 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 36984905-36986030(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAGGTTGACTAAG
SmilChr01G003898 Chr01 NC_080387.1:57263848-57263860promoter 内 512-524 bp + 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 57254068-57260371(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGAGTTGACTAGA
SmilChr01G001032 Chr01 NC_080387.1:21480724-21480736promoter 内 473-485 bp - 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 21476350-21477208(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CCAAGTCAAATAT
SmilChr01G003220 Chr01 NC_080387.1:50967898-50967910promoter 内 434-446 bp + 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 50971465-50972430(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAGAGTCAACAAG
SmilChr02G001962 Chr02 NC_080388.1:35408885-35408897promoter 内 422-434 bp + 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 35402068-35405318(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAATTTGACTTCT
SmilChr02G005203 Chr02 NC_080388.1:73283545-73283557promoter 内 297-309 bp + 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 73287249-73289952(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATAAGTCAAACAC
SmilChr01G005548 Chr01 NC_080387.1:72281628-72281640promoter 内 251-263 bp - 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 72274848-72277890(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CTAAGTCAAACGT
SmilChr02G003386 Chr02 NC_080388.1:54973208-54973220promoter 内 238-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 54976971-54978167(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCAAGTCAAATGC
SmilChr01G004682 Chr01 NC_080387.1:64896151-64896163promoter 内 176-188 bp - 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 64890235-64892338(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCCAGTCAACGGT
SmilChr01G000206 Chr01 NC_080387.1:3591415-3591427promoter 内 157-169 bp - 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 3595259-3598970(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTTATTGACTTTT
SmilChr02G003915 Chr02 NC_080388.1:61247907-61247919promoter 内 150-162 bp + 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 61238750-61244068(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CACTTTGACTTCA
SmilChr02G000377 Chr02 NC_080388.1:4755084-4755096promoter 内 149-161 bp - 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4758936-4763213(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAGTTGACTGTG
SmilChr02G004961 Chr02 NC_080388.1:71536789-71536801promoter 内 111-123 bp - 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71540679-71542055(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATATTTGACTTGG
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