转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 111 / 144 下载 TSV

上一页 111 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004952 Chr02 NC_080388.1:71479870-71479882promoter 内 628-640 bp - 3361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 71483243-71487460(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGAGTTGACTGCC
SmilChr01G003228 Chr01 NC_080387.1:51038412-51038424promoter 内 493-505 bp + 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 51041920-51053928(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAAGTCAAACCC
SmilChr04G001061 Chr04 NC_080390.1:15180279-15180291promoter 内 389-401 bp + 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 15183891-15184523(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTTAGTCAACTGC
SmilChr01G000086 Chr01 NC_080387.1:1600782-1600794promoter 内 3956-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1600827-1602069(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACATTGACTTTA
SmilChr03G000937 Chr03 NC_080389.1:10668244-10668256promoter 内 3941-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 10668304-10679602(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGATTTGACTTTG
SmilChr02G002180 Chr02 NC_080388.1:39017802-39017814promoter 内 3933-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 39014425-39017746(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAACTC
SmilChr02G004928 Chr02 NC_080388.1:71292842-71292854promoter 内 3932-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71292911-71295909(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCCAGTCAACGAG
SmilChr03G003974 Chr03 NC_080389.1:58766839-58766851promoter 内 3903-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58766937-58772361(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCCAGTCAACTGC
SmilChr03G000099 Chr03 NC_080389.1:1101701-1101713promoter 内 3898-3910 bp + 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1100440-1101610(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACTTTGACTTAT
SmilChr03G002237 Chr03 NC_080389.1:35251535-35251547promoter 内 3895-3907 bp - 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 35249368-35251441(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAGAGTCAACTAT
SmilChr02G002645 Chr02 NC_080388.1:45843079-45843091promoter 内 3847-3859 bp - 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 45839201-45842937(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCAAGTCAACAAT
SmilChr04G000573 Chr04 NC_080390.1:6404219-6404231promoter 内 3784-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6399138-6404014(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACTTTGACTTAT
SmilChr02G002915 Chr02 NC_080388.1:49467671-49467683promoter 内 3646-3658 bp - 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 49464290-49467328(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAAGTCAATGTC
SmilChr01G003934 Chr01 NC_080387.1:57636313-57636325promoter 内 3566-3578 bp + 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 57631456-57635890(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACTTTGACTTAT
SmilChr03G001611 Chr03 NC_080389.1:20519526-20519538promoter 内 3508-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 20517963-20519045(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGAGTTGACTGAT
SmilChr04G001816 Chr04 NC_080390.1:29649938-29649950promoter 内 3381-3393 bp - 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 29650558-29652353(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTTGTTGACTGTT
SmilChr01G005460 Chr01 NC_080387.1:71617855-71617867promoter 内 3361-3373 bp + 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71615057-71617227(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAGTTTGACTTTT
SmilChr02G002654 Chr02 NC_080388.1:45991265-45991277promoter 内 3319-3331 bp + 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 45980148-45990595(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGCGTTGACAATG
SmilChr02G002014 Chr02 NC_080388.1:36304886-36304898promoter 内 3258-3270 bp - 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 36301216-36304155(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAACTC
SmilChr03G004075 Chr03 NC_080389.1:59702837-59702849promoter 内 3258-3270 bp - 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59699018-59702106(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGTAGTCAACCAA
SmilChr02G004987 Chr02 NC_080388.1:71746875-71746887promoter 内 3246-3258 bp + 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71747630-71751236(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATATGTCAACGCC
SmilChr01G000846 Chr01 NC_080387.1:18314572-18314584promoter 内 3235-3247 bp + 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 18312378-18313818(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCAGTTGACTAGG
SmilChr03G000518 Chr03 NC_080389.1:5574709-5574721promoter 内 3125-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 5575585-5578173(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTCTTTGACTTGC
SmilChr01G000248 Chr01 NC_080387.1:4671596-4671608promoter 内 3086-3098 bp + 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4670000-4670693(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGCTTTGACTTAA
SmilChr02G003641 Chr02 NC_080388.1:57769573-57769585promoter 内 3045-3057 bp - 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 57764398-57768629(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAATGG
SmilChr02G002909 Chr02 NC_080388.1:49397576-49397588promoter 内 3015-3027 bp - 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 49394295-49396602(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACAGTCAACTAG
SmilChr03G003523 Chr03 NC_080389.1:53844824-53844836promoter 内 2988-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 53840875-53843823(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACTAGTCAACTAT
SmilChr01G001737 Chr01 NC_080387.1:31976085-31976097promoter 内 2968-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 31973353-31975064(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAATCA
SmilChr01G001239 Chr01 NC_080387.1:24811208-24811220promoter 内 2967-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24797033-24810186(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACAGTCAACTTT
SmilChr01G002286 Chr01 NC_080387.1:39668682-39668694promoter 内 2956-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 39664252-39667649(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAACTC
SmilChr03G000584 Chr03 NC_080389.1:6506440-6506452promoter 内 2954-2966 bp + 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6504695-6505405(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTCTTTGACTTCG
SmilChr04G000637 Chr04 NC_080390.1:7248650-7248662promoter 内 2924-2936 bp - 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 7244801-7247585(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAATGG
SmilChr01G001026 Chr01 NC_080387.1:21413572-21413584promoter 内 2906-2918 bp + 1083 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 21412190-21412489(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAGGTTGACTTAA
SmilChr01G001113 Chr01 NC_080387.1:22742857-22742869promoter 内 2886-2898 bp - 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 22737791-22741754(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCAAGTCAACAAT
SmilChr04G000521 Chr04 NC_080390.1:5746250-5746262promoter 内 2877-2889 bp + 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 5738820-5745138(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAGTTTGACTTTT
SmilChr01G004969 Chr01 NC_080387.1:67795431-67795443promoter 内 2843-2855 bp - 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 67793183-67794285(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCAAGTCAACATC
SmilChr01G002758 Chr01 NC_080387.1:45923858-45923870promoter 内 2839-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 45921453-45922708(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTGA
SmilChr03G003507 Chr03 NC_080389.1:53669371-53669383promoter 内 2822-2834 bp - 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 53670550-53673864(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTTGTTGACTCTG
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SmilChr02G003290 Chr02 NC_080388.1:54180435-54180447promoter 内 2806-2818 bp + 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 54181630-54183611(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAAAGCT
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SmilChr01G002439 Chr01 NC_080387.1:41975237-41975249promoter 内 2779-2791 bp - 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 41968455-41974027(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAAAGCT
SmilChr01G001332 Chr01 NC_080387.1:26504181-26504193promoter 内 2701-2713 bp - 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 26505481-26508040(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGCGTTGACCGGA
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SmilChr02G000917 Chr02 NC_080388.1:15896774-15896786promoter 内 2655-2667 bp + 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 15893831-15895440(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTGGTTGACTGCT
SmilChr04G002848 Chr04 NC_080390.1:44591099-44591111promoter 内 2641-2653 bp + 1348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44585088-44589751(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAGTTGACTACT
SmilChr01G002569 Chr01 NC_080387.1:43789311-43789323promoter 内 2633-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 43783503-43787955(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACTTTGACTTAT
SmilChr02G004070 Chr02 NC_080388.1:62989035-62989047promoter 内 2606-2618 bp + 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 62985067-62987652(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTCGTTGACTGAA
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SmilChr02G000563 Chr02 NC_080388.1:7941989-7942001promoter 内 2521-2533 bp - 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 7939880-7940521(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGAAGTCAAAGAA