转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 111 / 134 下载 TSV

上一页 111 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000902 Chr02 NC_080388.1:15484415-15484429promoter 内 3187-3201 bp + 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 15482008-15483615(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGTGTCGGCAATAA
SmilChr06G001881 Chr06 NC_080392.1:22410609-22410623promoter 内 3008-3022 bp - 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 22411602-22415793(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGTGTCGGCAATAA
SmilChr04G001712 Chr04 NC_080390.1:28281167-28281181promoter 内 2715-2729 bp + 1272 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 28282453-28284826(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTGTGCCGACTTGG
SmilChr08G002323 Chr08 NC_080394.1:21894172-21894186promoter 内 1966-1980 bp + 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 21888815-21892151(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGTGTCGGCAATAA
SmilChr06G000167 Chr06 NC_080392.1:1157413-1157427promoter 内 1929-1943 bp + 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 1152679-1155355(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGCTGTCGGCCGGGT
SmilChr06G000168 Chr06 NC_080392.1:1157413-1157427promoter 内 1651-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 1159763-1171695(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACCCGGCCGACAGCT
SmilChr05G000700 Chr05 NC_080391.1:5282853-5282867promoter 内 1414-1428 bp + 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 5275291-5280280(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCATGTA
SmilChr02G002479 Chr02 NC_080388.1:43171944-43171958promoter 内 1329-1343 bp - 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 43174616-43177389(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGTGTCGGCAATAA
SmilChr06G003035 Chr06 NC_080392.1:43155740-43155754promoter 内 869-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 43149679-43152622(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGTCGGCAATAT
SmilChr02G002557 Chr02 NC_080388.1:44473820-44473834promoter 内 3948-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 44473873-44500678(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTCAACCGACATAT
SmilChr01G002552 Chr01 NC_080387.1:43616825-43616839promoter 内 3919-3933 bp + 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 43616907-43618214(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTAATGCCGACATTT
SmilChr02G000830 Chr02 NC_080388.1:14047673-14047687promoter 内 3906-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 14047768-14048901(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGCGTCGGCATCAG
SmilChr03G003338 Chr03 NC_080389.1:51670750-51670764promoter 内 3886-3900 bp + 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 51670865-51672168(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTAGTACCGACATTA
SmilChr04G001711 Chr04 NC_080390.1:28281167-28281181promoter 内 3886-3900 bp + 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 28281282-28281974(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTGTGCCGACTTGG
SmilChr07G000775 Chr07 NC_080393.1:5426610-5426624promoter 内 3659-3673 bp - 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5424843-5426282(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AACGGGCCGACACCT
SmilChr04G003589 Chr04 NC_080390.1:52322829-52322843promoter 内 3609-3623 bp - 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 52321623-52322451(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTCGGCCGACAAAT
SmilChr05G001445 Chr05 NC_080391.1:13196844-13196858promoter 内 3453-3467 bp + 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 13187226-13196310(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTAGGTCGGCACAAC
SmilChr08G003515 Chr08 NC_080394.1:37760445-37760459promoter 内 3394-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 37761052-37762502(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGCTGTCGGCGTTCG
SmilChr03G000173 Chr03 NC_080389.1:1899213-1899227promoter 内 3258-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1899956-1900505(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTATGCCGACTTGA
SmilChr02G003000 Chr02 NC_080388.1:50676304-50676318promoter 内 3210-3224 bp + 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 50677095-50677959(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CACCAACCGACATTT
SmilChr05G002386 Chr05 NC_080391.1:26316464-26316478promoter 内 3203-3217 bp + 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26307422-26315680(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTTGTCGGCTAGCA
SmilChr01G003605 Chr01 NC_080387.1:54585929-54585943promoter 内 3182-3196 bp - 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54584642-54585124(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CACCAACCGACATTT
SmilChr05G002504 Chr05 NC_080391.1:27783910-27783924promoter 内 3113-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 27784798-27790153(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGCTGTCGGCGCCTA
SmilChr02G001857 Chr02 NC_080388.1:33780717-33780731promoter 内 3094-3108 bp - 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 33781624-33784431(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCAAGTCGGCATCCT
SmilChr03G001000 Chr03 NC_080389.1:11323270-11323284promoter 内 3024-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 11321347-11322307(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGTGTCGGCAATAA
SmilChr04G000552 Chr04 NC_080390.1:6170413-6170427promoter 内 3000-3014 bp - 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6171414-6172768(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTCGTCGGCAGCGT
SmilChr01G000624 Chr01 NC_080387.1:13982867-13982881promoter 内 2967-2981 bp - 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 13983901-13987114(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTGTCGGCTAAAG
SmilChr06G003136 Chr06 NC_080392.1:44267871-44267885promoter 内 2944-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 44268928-44271557(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTTCTGCCGACGAGC
SmilChr05G000648 Chr05 NC_080391.1:4902030-4902044promoter 内 2929-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 4903102-4904866(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATGCTGCCGACTCCG
SmilChr01G004903 Chr01 NC_080387.1:67095512-67095526promoter 内 2887-2901 bp - 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 67092391-67094412(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATTTGCCGACGCGG
SmilChr06G000423 Chr06 NC_080392.1:3492904-3492918promoter 内 2853-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3490491-3491770(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGATGCCGACGCCA
SmilChr06G000344 Chr06 NC_080392.1:2585936-2585950promoter 内 2783-2797 bp - 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 2587154-2588355(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCTTTAT
SmilChr01G001329 Chr01 NC_080387.1:26462839-26462853promoter 内 2754-2768 bp + 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26464086-26473494(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGCCGTCGACATCC
SmilChr02G001099 Chr02 NC_080388.1:19814252-19814266promoter 内 2728-2742 bp - 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 19810528-19812993(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AACTGGCCGACAAAC
SmilChr08G004298 Chr08 NC_080394.1:52663710-52663724promoter 内 2720-2734 bp + 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 52664991-52668130(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGATGCCGACTTGG
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