转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 111 / 134 下载 TSV

上一页 111 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000188 Chr03 NC_080389.1:2098612-2098624promoter 内 626-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2091044-2095249(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTCTTGGATAAGC
SmilChr02G000645 Chr02 NC_080388.1:9732428-9732440promoter 内 506-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9735923-9737129(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCAGAAAT
SmilChr01G001085 Chr01 NC_080387.1:22293346-22293358promoter 内 467-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 22287740-22289824(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTCTGGATAAGC
SmilChr01G005251 Chr01 NC_080387.1:70034885-70034897promoter 内 453-465 bp - 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 70029323-70031349(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAACATGATAAGG
SmilChr02G003306 Chr02 NC_080388.1:54332840-54332852promoter 内 424-436 bp + 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54325880-54329275(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCCCCAA
SmilChr01G005253 Chr01 NC_080387.1:70034885-70034897promoter 内 417-429 bp - 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 70038469-70041225(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCATGTTT
SmilChr02G004039 Chr02 NC_080388.1:62712021-62712033promoter 内 406-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 62706465-62708438(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAAAAA
SmilChr02G000895 Chr02 NC_080388.1:15390639-15390651promoter 内 395-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15394245-15399848(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTCCTGGATAAGC
SmilChr02G004757 Chr02 NC_080388.1:69759777-69759789promoter 内 365-377 bp - 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 69749881-69756153(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTTTTGGATAATA
SmilChr01G005092 Chr01 NC_080387.1:68778859-68778871promoter 内 281-293 bp - 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 68782579-68784843(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCACATTC
SmilChr02G004703 Chr02 NC_080388.1:69340186-69340198promoter 内 231-243 bp + 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 69333845-69336428(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCATTGA
SmilChr01G005544 Chr01 NC_080387.1:72245758-72245770promoter 内 179-191 bp - 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72249580-72252845(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCATGAG
SmilChr01G000621 Chr01 NC_080387.1:13740150-13740162promoter 内 170-182 bp + 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 13734991-13736331(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCAGAGA
SmilChr02G001857 Chr02 NC_080388.1:33777748-33777760promoter 内 125-137 bp + 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 33781624-33784431(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATACTTGATAAGG
SmilChr02G000524 Chr02 NC_080388.1:7216582-7216594promoter 内 103-115 bp - 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 7220480-7224847(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCATGTTT
SmilChr02G000576 Chr02 NC_080388.1:8276539-8276551promoter 内 103-115 bp - 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 8280437-8283269(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCATGTTT
SmilChr03G000339 Chr03 NC_080389.1:3860725-3860737promoter 内 83-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 3846142-3856819(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAACCTGATAAGG
SmilChr03G001684 Chr03 NC_080389.1:22218310-22218322promoter 内 74-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 22222237-22223700(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCAGAGA
SmilChr02G001164 Chr02 NC_080388.1:21231713-21231725promoter 内 963-975 bp - 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 21227040-21228687(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCGAAGGATAAGA
SmilChr02G004850 Chr02 NC_080388.1:70649366-70649378promoter 内 3731-3743 bp - 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 70649636-70654261(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAATAT
SmilChr02G001593 Chr02 NC_080388.1:29703357-29703369promoter 内 2947-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 29699038-29702315(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCGCAGA
SmilChr03G000003 Chr03 NC_080389.1:49115-49127promoter 内 2812-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 46777-47938(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTATCCACAAC
SmilChr02G002627 Chr02 NC_080388.1:45618988-45619000promoter 内 2516-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 45611248-45617515(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCATCAGT
SmilChr01G002890 Chr01 NC_080387.1:47589997-47590009promoter 内 2409-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 47588344-47588417(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCGAAGT
SmilChr01G000941 Chr01 NC_080387.1:19905395-19905407promoter 内 1507-1519 bp - 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 19907889-19909399(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCATTTC
SmilChr03G000781 Chr03 NC_080389.1:8902407-8902419promoter 内 1171-1183 bp - 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 8891005-8899589(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACACTGGATAAGC
SmilChr03G001000 Chr03 NC_080389.1:11325166-11325178promoter 内 1130-1142 bp + 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 11321347-11322307(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCAACTGT
SmilChr01G002124 Chr01 NC_080387.1:37243204-37243216promoter 内 665-677 bp + 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 37236574-37239880(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCCTGCC
SmilChr01G001055 Chr01 NC_080387.1:21894624-21894636promoter 内 515-527 bp + 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 21887929-21891150(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCATTTC
SmilChr01G004142 Chr01 NC_080387.1:59908660-59908672promoter 内 5-17 bp - 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 59912656-59924584(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCTTCAT
SmilChr01G002713 Chr01 NC_080387.1:45384128-45384140promoter 内 3937-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 45371855-45384076(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAGTGGATAATC
SmilChr01G000185 Chr01 NC_080387.1:3170132-3170144promoter 内 3902-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 3170231-3177775(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATATTGGATAATA
SmilChr01G002748 Chr01 NC_080387.1:45803943-45803955promoter 内 3885-3897 bp - 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 45802255-45803839(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATATTGGATAATA
SmilChr01G005950 Chr01 NC_080387.1:75220942-75220954promoter 内 3841-3853 bp - 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75218721-75220794(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTCGGAGATAAGG
SmilChr01G005952 Chr01 NC_080387.1:75227094-75227106promoter 内 3841-3853 bp - 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75224873-75226946(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTCGGAGATAAGG
SmilChr01G001126 Chr01 NC_080387.1:22863792-22863804promoter 内 3785-3797 bp + 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 22861750-22863588(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTCTTGT
SmilChr01G001288 Chr01 NC_080387.1:25674691-25674703promoter 内 3718-3730 bp + 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 25674974-25676465(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATATTGGATAATA
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