转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 112 / 119 下载 TSV

上一页 112 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001786 Chr01 NC_080387.1:32737555-32737565promoter 内 3418-3428 bp + 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32738138-32740854(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAAAA
SmilChr02G004176 Chr02 NC_080388.1:64045377-64045387promoter 内 3397-3407 bp + 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 64042824-64044783(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTAA
SmilChr01G003675 Chr01 NC_080387.1:55180570-55180580promoter 内 3292-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55177429-55179871(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTGAA
SmilChr02G001205 Chr02 NC_080388.1:22222626-22222636promoter 内 3253-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22223374-22227993(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTAGTCAACT
SmilChr01G001851 Chr01 NC_080387.1:33437534-33437544promoter 内 3244-3254 bp - 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33435244-33436787(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAAAA
SmilChr01G000032 Chr01 NC_080387.1:551716-551726promoter 内 3215-3225 bp + 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 549504-550940(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTAA
SmilChr01G000244 Chr01 NC_080387.1:4528920-4528930promoter 内 3145-3155 bp + 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4526622-4528074(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTAA
SmilChr01G003438 Chr01 NC_080387.1:52988172-52988182promoter 内 3129-3139 bp + 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 52985036-52987310(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTAAA
SmilChr01G003890 Chr01 NC_080387.1:57210401-57210411promoter 内 3107-3117 bp + 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 57211295-57212440(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ACAAGTCAATC
SmilChr02G002201 Chr02 NC_080388.1:39235943-39235953promoter 内 3060-3070 bp - 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 39230773-39235012(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTGAGTCAACA
SmilChr01G004058 Chr01 NC_080387.1:59014422-59014432promoter 内 3044-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 59015379-59015451(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTAAA
SmilChr02G001728 Chr02 NC_080388.1:31778099-31778109promoter 内 2972-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31779128-31781707(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTAGTCAACT
SmilChr02G000051 Chr02 NC_080388.1:692321-692331promoter 内 2950-2960 bp - 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 693372-694268(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTAAA
SmilChr01G003226 Chr01 NC_080387.1:51034460-51034470promoter 内 2921-2931 bp - 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 51030576-51033390(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTAGTCAACT
SmilChr01G003430 Chr01 NC_080387.1:52948898-52948908promoter 内 2907-2917 bp + 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 52944400-52947814(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTAAA
SmilChr01G000980 Chr01 NC_080387.1:20758829-20758839promoter 内 2862-2872 bp + 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20753926-20757700(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTAAA
SmilChr01G006008 Chr01 NC_080387.1:75639053-75639063promoter 内 2861-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75637045-75637923(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTGAA
SmilChr02G003566 Chr02 NC_080388.1:56830116-56830126promoter 内 2705-2715 bp - 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56831412-56833232(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTAAA
SmilChr01G004224 Chr01 NC_080387.1:60606083-60606093promoter 内 2577-2587 bp - 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 60602872-60604669(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTAGTCAACT
SmilChr02G002960 Chr02 NC_080388.1:50132278-50132288promoter 内 2542-2552 bp + 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50133737-50134500(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTAGTCAACT
SmilChr02G000885 Chr02 NC_080388.1:15258979-15258989promoter 内 2514-2524 bp - 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15256490-15257502(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAAAA
SmilChr01G002315 Chr01 NC_080387.1:40145014-40145024promoter 内 2499-2509 bp + 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40137832-40143522(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTGAA
SmilChr02G002068 Chr02 NC_080388.1:37225132-37225142promoter 内 2471-2481 bp - 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 37226662-37228325(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTAA
SmilChr01G002324 Chr01 NC_080387.1:40326818-40326828promoter 内 2416-2426 bp + 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40313988-40325243(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTGAA
SmilChr01G004152 Chr01 NC_080387.1:60052200-60052210promoter 内 2379-2389 bp + 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 60045751-60050588(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTCAC
SmilChr01G000228 Chr01 NC_080387.1:4262933-4262943promoter 内 2372-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4264562-4267628(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTCAGTCAACT
SmilChr01G000230 Chr01 NC_080387.1:4281558-4281568promoter 内 2372-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4283187-4286253(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTCAGTCAACT
SmilChr02G002118 Chr02 NC_080388.1:37921550-37921560promoter 内 2370-2380 bp - 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 37918720-37919929(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAAAA
SmilChr02G002901 Chr02 NC_080388.1:49301458-49301468promoter 内 2237-2247 bp - 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49292824-49299704(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTAGTCAACT
SmilChr02G002998 Chr02 NC_080388.1:50663525-50663535promoter 内 2228-2238 bp - 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50658167-50661762(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTAGTCAACT
SmilChr02G003273 Chr02 NC_080388.1:54008658-54008668promoter 内 2196-2206 bp - 1795 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54010463-54013641(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTAA
SmilChr01G002608 Chr01 NC_080387.1:44272025-44272035promoter 内 2177-2187 bp + 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44269414-44270211(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTAAA
SmilChr01G000739 Chr01 NC_080387.1:16371834-16371844promoter 内 2171-2181 bp + 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16373664-16393722(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTCAGTCAACT
SmilChr01G002323 Chr01 NC_080387.1:40300452-40300462promoter 内 2147-2157 bp + 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40297162-40298608(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTAAA
SmilChr02G000703 Chr02 NC_080388.1:11245507-11245517promoter 内 1876-1886 bp + 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11234694-11243392(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTAAA
SmilChr01G003213 Chr01 NC_080387.1:50913029-50913039promoter 内 1860-1870 bp + 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50903496-50910898(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTAA
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