转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 112 / 164 下载 TSV

上一页 112 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004058 Chr03 NC_080389.1:59536527-59536541promoter 内 3206-3220 bp + 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 59537322-59538837(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAGGGGTAGGTACA
SmilChr02G001691 Chr02 NC_080388.1:31189420-31189434promoter 内 3205-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 31185986-31188638(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTGAGGTAGGTAAC
SmilChr06G001921 Chr06 NC_080392.1:23212227-23212241promoter 内 3173-3187 bp - 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 23204970-23211413(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTTGGTAGTTAGA
SmilChr02G002816 Chr02 NC_080388.1:48272565-48272579promoter 内 3157-3171 bp + 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48266258-48271735(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTAAATA
SmilChr03G002828 Chr03 NC_080389.1:44762369-44762383promoter 内 3139-3153 bp + 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44759008-44761521(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCTCGGA
SmilChr04G001484 Chr04 NC_080390.1:24270309-24270323promoter 内 3133-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 24271177-24288406(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCAGACG
SmilChr05G000196 Chr05 NC_080391.1:1558262-1558276promoter 内 3106-3120 bp - 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1556281-1557381(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTTGGTTGTTAAG
SmilChr03G004240 Chr03 NC_080389.1:60933183-60933197promoter 内 3084-3098 bp - 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 60928567-60932280(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGCAGGTAGGTAGC
SmilChr03G004196 Chr03 NC_080389.1:60605373-60605387promoter 内 3075-3089 bp - 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 60606299-60608585(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTAACATCAA
SmilChr02G002889 Chr02 NC_080388.1:49186953-49186967promoter 内 3074-3088 bp - 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49185492-49186040(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTTCGGTAGGTAAA
SmilChr03G000857 Chr03 NC_080389.1:9797524-9797538promoter 内 3068-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 9789202-9796605(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCCAATA
SmilChr03G003233 Chr03 NC_080389.1:50137366-50137380promoter 内 2980-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 50133213-50136359(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCAAAGTAGGTGTG
SmilChr01G005262 Chr01 NC_080387.1:70092335-70092349promoter 内 2955-2969 bp + 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 70093381-70095030(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAATTGGTAGTTAGA
SmilChr01G005362 Chr01 NC_080387.1:70862309-70862323promoter 内 2947-2961 bp + 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 70858342-70861269(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTTTTTT
SmilChr04G001731 Chr04 NC_080390.1:28554030-28554044promoter 内 2871-2885 bp - 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28555160-28558097(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAGAA
SmilChr03G002921 Chr03 NC_080389.1:45955902-45955916promoter 内 2852-2866 bp - 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 45957051-45959555(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAACCTACCATCCT
SmilChr04G000289 Chr04 NC_080390.1:2689082-2689096promoter 内 2836-2850 bp - 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 2690247-2693195(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTACCTACCTCTAA
SmilChr02G004133 Chr02 NC_080388.1:63596917-63596931promoter 内 2835-2849 bp + 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 63594719-63595765(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACTTGCCA
SmilChr03G003257 Chr03 NC_080389.1:50464865-50464879promoter 内 2740-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 50466126-50470681(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTACCTACCAGCAA
SmilChr04G001129 Chr04 NC_080390.1:16396064-16396078promoter 内 2659-2673 bp + 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16393353-16394736(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACTATTA
SmilChr06G001997 Chr06 NC_080392.1:25464652-25464666promoter 内 2649-2663 bp - 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 25466004-25468718(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTTTGCC
SmilChr02G004665 Chr02 NC_080388.1:69032456-69032470promoter 内 2551-2565 bp - 1436 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69033906-69034451(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAACCTACCCCCAT
SmilChr04G003683 Chr04 NC_080390.1:53258417-53258431promoter 内 2532-2546 bp - 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 53259886-53260749(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTAACTCACC
SmilChr06G001383 Chr06 NC_080392.1:14480741-14480755promoter 内 2516-2530 bp + 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14478119-14479270(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTCAAGG
SmilChr07G000705 Chr07 NC_080393.1:4885294-4885308promoter 内 2480-2494 bp - 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 4881813-4883787(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGCAGGTAGGTCGG
SmilChr06G001382 Chr06 NC_080392.1:14471896-14471910promoter 内 2477-2491 bp + 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14469235-14470386(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTCAAGG
SmilChr07G002778 Chr07 NC_080393.1:27664588-27664602promoter 内 2405-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27666184-27667745(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAAGAGTAGGTGAA
SmilChr03G001894 Chr03 NC_080389.1:26440324-26440338promoter 内 2392-2406 bp - 1595 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 26441933-26442271(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACTTCTGT
SmilChr04G001631 Chr04 NC_080390.1:27056830-27056844promoter 内 2365-2379 bp + 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27053956-27055208(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATACCTACCCACTT
SmilChr04G000180 Chr04 NC_080390.1:1592557-1592571promoter 内 2352-2366 bp - 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1594206-1597812(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTACCTACCAGCAA
SmilChr02G002869 Chr02 NC_080388.1:48882330-48882344promoter 内 2287-2301 bp - 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48884044-48887808(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACTATCAT
SmilChr04G002527 Chr04 NC_080390.1:40345463-40345477promoter 内 2271-2285 bp - 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 40343244-40343747(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTTGAGTAGGTGGA
SmilChr04G002796 Chr04 NC_080390.1:43823095-43823109promoter 内 2229-2243 bp + 1758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 43820057-43821337(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCAACTACCAACAC
SmilChr01G002636 Chr01 NC_080387.1:44638931-44638945promoter 内 2136-2150 bp + 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44640796-44644909(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAGTAGTAGGTGAC
SmilChr03G003803 Chr03 NC_080389.1:57116732-57116746promoter 内 2057-2071 bp + 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 57111623-57114802(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCCCAA
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SmilChr01G004021 Chr01 NC_080387.1:58603991-58604005promoter 内 1816-1830 bp + 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58606176-58610147(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGATGGTAGGTTGT
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SmilChr05G002490 Chr05 NC_080391.1:27565473-27565487promoter 内 1694-1708 bp - 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27562330-27563180(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGCTGGTAGGTAGT