转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 117 / 149 下载 TSV

上一页 117 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001826 Chr04 NC_080390.1:29801191-29801205promoter 内 3577-3591 bp - 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 29796969-29800781(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATTATCCATTTA
SmilChr02G003513 Chr02 NC_080388.1:56323617-56323631promoter 内 3553-3567 bp - 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56324065-56326253(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATTGGATAAAATG
SmilChr01G003606 Chr01 NC_080387.1:54593522-54593536promoter 内 3532-3546 bp - 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54590250-54593067(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATTATCCATTTA
SmilChr02G002999 Chr02 NC_080388.1:50666700-50666714promoter 内 3486-3500 bp + 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50667215-50669990(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATTATCCATTTA
SmilChr04G000195 Chr04 NC_080390.1:1725655-1725669promoter 内 3475-3489 bp - 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1724233-1725143(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCACTAT
SmilChr02G002822 Chr02 NC_080388.1:48335984-48335998promoter 内 3460-3474 bp + 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 48336525-48342033(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTCTTATCCTATTT
SmilChr03G004639 Chr03 NC_080389.1:63989545-63989559promoter 内 3404-3418 bp - 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63990142-63993226(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATGGATAGCATT
SmilChr04G001398 Chr04 NC_080390.1:22772705-22772719promoter 内 3347-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22773359-22773987(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTGGTGGATAAGGAA
SmilChr03G001211 Chr03 NC_080389.1:13935172-13935186promoter 内 3265-3279 bp + 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 13935908-13936964(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCAACAAA
SmilChr04G001162 Chr04 NC_080390.1:17275824-17275838promoter 内 3161-3175 bp - 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 17273771-17274998(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATCTTATCCTTTGA
SmilChr02G005076 Chr02 NC_080388.1:72397200-72397214promoter 内 3121-3135 bp - 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72398080-72401174(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAATGGATATGATT
SmilChr02G001894 Chr02 NC_080388.1:34243726-34243740promoter 内 3047-3061 bp + 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34244680-34245578(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCTATTGT
SmilChr03G003038 Chr03 NC_080389.1:47274474-47274488promoter 内 3026-3040 bp + 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 47275449-47278313(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGTGTTATCCATACT
SmilChr02G004433 Chr02 NC_080388.1:66724276-66724290promoter 内 3000-3014 bp - 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 66725277-66728477(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATATGGATAAAAAA
SmilChr01G002049 Chr01 NC_080387.1:36303401-36303415promoter 内 2991-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 36304411-36307719(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGTTTTATCCATTAC
SmilChr01G004734 Chr01 NC_080387.1:65518727-65518741promoter 内 2983-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65513431-65517723(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACTCGGATAAGGCT
SmilChr03G003807 Chr03 NC_080389.1:57143238-57143252promoter 内 2962-2976 bp - 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 57133816-57142213(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATTTTATCCAATAT
SmilChr03G004638 Chr03 NC_080389.1:63989545-63989559promoter 内 2852-2866 bp - 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63986087-63988410(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGCTATCCATAAA
SmilChr02G003564 Chr02 NC_080388.1:56814873-56814887promoter 内 2764-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56816110-56818288(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATTGGATAAAATG
SmilChr01G002935 Chr01 NC_080387.1:48110383-48110397promoter 内 2750-2764 bp + 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 48106910-48109146(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAATGGATATGATT
SmilChr01G001270 Chr01 NC_080387.1:25379748-25379762promoter 内 2727-2741 bp - 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 25381022-25384673(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAATGGATATGATT
SmilChr02G000710 Chr02 NC_080388.1:11458338-11458352promoter 内 2674-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11455871-11457025(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGATAAGATAAGGCT
SmilChr02G004298 Chr02 NC_080388.1:65349318-65349332promoter 内 2662-2676 bp - 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65344753-65347993(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATTATCCAATTT
SmilChr02G003224 Chr02 NC_080388.1:53487327-53487341promoter 内 2659-2673 bp + 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 53480965-53485999(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAACTTA
SmilChr02G001076 Chr02 NC_080388.1:19253210-19253224promoter 内 2629-2643 bp - 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 19254582-19260044(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTCAGATAAGGCA
SmilChr03G001006 Chr03 NC_080389.1:11389971-11389985promoter 内 2612-2626 bp - 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11391360-11392626(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTTCGGATAAGTTC
SmilChr03G002904 Chr03 NC_080389.1:45780446-45780460promoter 内 2607-2621 bp - 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45781840-45784500(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTGGGATAAGGAA
SmilChr03G000520 Chr03 NC_080389.1:5595254-5595268promoter 内 2587-2601 bp - 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5596668-5597834(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTTCGGATAAGTTC
SmilChr01G002239 Chr01 NC_080387.1:38939777-38939791promoter 内 2549-2563 bp + 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 38935535-38938339(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAGTGGATAAAATC
SmilChr02G004973 Chr02 NC_080388.1:71621319-71621333promoter 内 2549-2563 bp + 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71622771-71626876(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCACCAT
SmilChr04G003668 Chr04 NC_080390.1:53124285-53124299promoter 内 2513-2527 bp - 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 53125773-53127231(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGATTGGATAAAATA
SmilChr03G000543 Chr03 NC_080389.1:5890907-5890921promoter 内 2507-2521 bp - 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5892401-5893673(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTTCGGATAAGTTC
SmilChr01G003272 Chr01 NC_080387.1:51433670-51433684promoter 内 2493-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 51428178-51432176(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCTTTATCCAAACA
SmilChr01G005016 Chr01 NC_080387.1:68167680-68167694promoter 内 2435-2449 bp + 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 68161119-68166128(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTCCGGATAAGGTA
SmilChr01G005979 Chr01 NC_080387.1:75452609-75452623promoter 内 2424-2438 bp + 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75445761-75451046(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTATGGATGAGGAT
SmilChr03G001001 Chr03 NC_080389.1:11332979-11332993promoter 内 2423-2437 bp - 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11334557-11335675(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTTCGGATAAGTTC
SmilChr03G000439 Chr03 NC_080389.1:4734833-4734847promoter 内 2406-2420 bp - 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4731406-4733252(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAGGTTATCCAATAA
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SmilChr02G003489 Chr02 NC_080388.1:56145703-56145717promoter 内 2336-2350 bp - 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56147368-56149864(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACAATGGATAAAGAT
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SmilChr02G000528 Chr02 NC_080388.1:7270989-7271003promoter 内 2266-2280 bp - 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7265033-7269268(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCACTAT
SmilChr04G000652 Chr04 NC_080390.1:7367044-7367058promoter 内 2239-2253 bp + 1748 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7363294-7365296(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATGCAGATAAGGTG
SmilChr03G000527 Chr03 NC_080389.1:5642974-5642988promoter 内 2230-2244 bp - 1757 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5644745-5645521(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTTCGGATAAGTTC
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SmilChr04G003147 Chr04 NC_080390.1:48106539-48106553promoter 内 2041-2055 bp - 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 48108499-48108571(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGAGTGGATAATGAG
SmilChr03G000467 Chr03 NC_080389.1:4981205-4981219promoter 内 2037-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4983169-4986572(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATTGGATAAAATG
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SmilChr01G004988 Chr01 NC_080387.1:67915382-67915396promoter 内 1999-2013 bp - 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 67917384-67919837(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAATGGATATGATT
SmilChr02G003936 Chr02 NC_080388.1:61437991-61438005promoter 内 1998-2012 bp + 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61434867-61436002(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGAGTGGATAATGAG