转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 118 / 151 下载 TSV

上一页 118 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005426 Chr01 NC_080387.1:71447409-71447421promoter 内 2695-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71443087-71446115(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCAACTACCTTT
SmilChr01G002325 Chr01 NC_080387.1:40332187-40332199promoter 内 2677-2689 bp + 1312 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 40326715-40330875(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTACGTGGC
SmilChr01G003706 Chr01 NC_080387.1:55416525-55416537promoter 内 2675-2687 bp + 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55417851-55420324(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACACCTACCTTT
SmilChr03G003794 Chr03 NC_080389.1:57031123-57031135promoter 内 2638-2650 bp + 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 57032486-57035206(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACCGA
SmilChr04G002244 Chr04 NC_080390.1:36225791-36225803promoter 内 2488-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 36227304-36228976(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCCAC
SmilChr05G000102 Chr05 NC_080391.1:624341-624353promoter 内 2473-2485 bp + 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 625869-629048(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGTACCTACTCCC
SmilChr01G001607 Chr01 NC_080387.1:30223229-30223241promoter 内 2471-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 30217707-30221711(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTACGTGGC
SmilChr01G003704 Chr01 NC_080387.1:55416525-55416537promoter 内 2466-2478 bp + 1523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55410798-55415002(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTGTT
SmilChr04G003582 Chr04 NC_080390.1:52238851-52238863promoter 内 2464-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52240388-52242144(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTACGTGGC
SmilChr03G000294 Chr03 NC_080389.1:3384444-3384456promoter 内 2390-2402 bp - 1599 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3379657-3382845(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACACC
SmilChr02G004139 Chr02 NC_080388.1:63670971-63670983promoter 内 2341-2353 bp - 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 63668533-63669323(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAACAT
SmilChr03G000953 Chr03 NC_080389.1:10787162-10787174promoter 内 2328-2340 bp + 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10782182-10785501(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTTGTAGGTAGA
SmilChr02G001346 Chr02 NC_080388.1:25139461-25139473promoter 内 2255-2267 bp + 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 25141207-25144288(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACACC
SmilChr05G001547 Chr05 NC_080391.1:14166026-14166038promoter 内 2244-2256 bp - 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 14161465-14164281(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACCGA
SmilChr04G003283 Chr04 NC_080390.1:49519554-49519566promoter 内 2207-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 49515925-49517772(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAACAT
SmilChr01G001788 Chr01 NC_080387.1:32749489-32749501promoter 内 2179-2191 bp + 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 32747541-32747679(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAGGTAGGCGGC
SmilChr01G005175 Chr01 NC_080387.1:69490204-69490216promoter 内 2169-2181 bp + 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69492036-69501572(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATTCTC
SmilChr01G004553 Chr01 NC_080387.1:63639619-63639631promoter 内 2140-2152 bp + 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 63635851-63637770(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCGTTAGGTAAT
SmilChr01G002624 Chr01 NC_080387.1:44513064-44513076promoter 内 2070-2082 bp - 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 44508084-44511145(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAAAGT
SmilChr03G000695 Chr03 NC_080389.1:7761011-7761023promoter 内 2068-2080 bp - 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 7757822-7759090(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCAACCTACCGGA
SmilChr01G001342 Chr01 NC_080387.1:26680015-26680027promoter 内 2033-2045 bp + 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 26681983-26688397(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAACCTACCGGA
SmilChr01G002303 Chr01 NC_080387.1:39902950-39902962promoter 内 1924-1936 bp - 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 39892365-39900885(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCAACTACCTTT
SmilChr02G004343 Chr02 NC_080388.1:65691384-65691396promoter 内 1908-1920 bp + 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 65693477-65704341(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACGTACCTTT
SmilChr04G003525 Chr04 NC_080390.1:51632902-51632914promoter 内 1853-1865 bp - 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51635050-51636032(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTACGTGGC
SmilChr04G003653 Chr04 NC_080390.1:53009932-53009944promoter 内 1850-1862 bp - 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53012083-53016707(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGAGGTAGGTGTT
SmilChr03G002910 Chr03 NC_080389.1:45859637-45859649promoter 内 1759-1771 bp + 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 45856219-45857407(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAGATTAGGTAAT
SmilChr05G001147 Chr05 NC_080391.1:9606950-9606962promoter 内 1699-1711 bp - 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 9600850-9604660(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACAAGG
SmilChr02G001689 Chr02 NC_080388.1:31140325-31140337promoter 内 1678-1690 bp - 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 31133228-31138014(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATCAT
SmilChr02G000608 Chr02 NC_080388.1:8879109-8879121promoter 内 1660-1672 bp + 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8871483-8876780(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTGTGTAGGTAAC
SmilChr02G003503 Chr02 NC_080388.1:56228176-56228188promoter 内 1575-1587 bp + 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56224579-56225762(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATAGATAGGTAAA
SmilChr02G004537 Chr02 NC_080388.1:67964237-67964249promoter 内 1545-1557 bp - 2444 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 67957432-67961793(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAACCTACCAAC
SmilChr01G005560 Chr01 NC_080387.1:72416397-72416409promoter 内 1534-1546 bp - 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 72410811-72413942(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACGTACCTTT
SmilChr01G001789 Chr01 NC_080387.1:32749489-32749501promoter 内 1505-1517 bp + 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 32751985-32754320(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCGCCTACCTCG
SmilChr03G001989 Chr03 NC_080389.1:29173066-29173078promoter 内 1436-1448 bp + 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 29168575-29170513(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCGAGTAGGTAGT
SmilChr01G000406 Chr01 NC_080387.1:8242980-8242992promoter 内 1429-1441 bp - 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8245552-8246573(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCGGTTAGGTAAT
SmilChr01G006125 Chr01 NC_080387.1:76759754-76759766promoter 内 1421-1433 bp - 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 76762334-76763963(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATGTGAGGTAAA
SmilChr03G002779 Chr03 NC_080389.1:44223318-44223330promoter 内 1172-1184 bp + 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 44226147-44229024(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTATCATT
SmilChr01G000405 Chr01 NC_080387.1:8242980-8242992promoter 内 1129-1141 bp - 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8237862-8240120(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACCGA
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