转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 118 / 133 下载 TSV

上一页 118 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002315 Chr03 NC_080389.1:36458142-36458150promoter 内 1912-1920 bp + 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 36453037-36456061(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr04G001959 Chr04 NC_080390.1:31790479-31790487promoter 内 1902-1910 bp - 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31792578-31795541(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr04G000583 Chr04 NC_080390.1:6470932-6470940promoter 内 1899-1907 bp - 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6473034-6479637(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTACGTGGG
SmilChr01G000488 Chr01 NC_080387.1:9954095-9954103promoter 内 1889-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9950355-9951991(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr03G003171 Chr03 NC_080389.1:49081129-49081137promoter 内 1885-1893 bp - 2108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49083245-49091468(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTACGTGGG
SmilChr01G004857 Chr01 NC_080387.1:66741721-66741729promoter 内 1884-1892 bp + 2109 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 66736214-66739612(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr01G000361 Chr01 NC_080387.1:7424118-7424126promoter 内 1873-1881 bp + 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7426246-7428349(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G004146 Chr01 NC_080387.1:59981751-59981759promoter 内 1871-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59983881-59989552(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr03G002655 Chr03 NC_080389.1:42198609-42198617promoter 内 1867-1875 bp + 2126 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42200743-42202087(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr02G001700 Chr02 NC_080388.1:31320515-31320523promoter 内 1855-1863 bp - 2138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31322661-31326472(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr02G001642 Chr02 NC_080388.1:30499703-30499711promoter 内 1849-1857 bp + 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30501855-30503404(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr03G003435 Chr03 NC_080389.1:52708124-52708132promoter 内 1840-1848 bp + 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 52704753-52705971(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr01G002469 Chr01 NC_080387.1:42420420-42420428promoter 内 1831-1839 bp - 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42417303-42418258(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr02G000993 Chr02 NC_080388.1:17442669-17442677promoter 内 1827-1835 bp + 2166 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17444843-17447884(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G001335 Chr01 NC_080387.1:26535653-26535661promoter 内 1826-1834 bp + 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 26537828-26539671(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr02G002645 Chr02 NC_080388.1:45845105-45845113promoter 内 1825-1833 bp + 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45839201-45842937(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr03G004115 Chr03 NC_080389.1:60056888-60056896promoter 内 1815-1823 bp - 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60053573-60054710(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAA
SmilChr02G005129 Chr02 NC_080388.1:72759073-72759081promoter 内 1811-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72761263-72763967(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr02G001121 Chr02 NC_080388.1:20211089-20211097promoter 内 1804-1812 bp - 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20206755-20208900(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr01G002075 Chr01 NC_080387.1:36702932-36702940promoter 内 1795-1803 bp - 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 36699589-36700734(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr03G002020 Chr03 NC_080389.1:30228504-30228512promoter 内 1792-1800 bp - 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30224158-30226303(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr04G001353 Chr04 NC_080390.1:21990139-21990147promoter 内 1767-1775 bp + 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21992373-21995259(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr04G000623 Chr04 NC_080390.1:7081326-7081334promoter 内 1765-1773 bp - 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7083562-7089291(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTACGTGGG
SmilChr03G001888 Chr03 NC_080389.1:26345282-26345290promoter 内 1755-1763 bp + 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 26347528-26349009(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr04G001361 Chr04 NC_080390.1:22088134-22088142promoter 内 1743-1751 bp - 2250 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 22084731-22085884(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr02G004942 Chr02 NC_080388.1:71364565-71364573promoter 内 1725-1733 bp - 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 71366841-71374911(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr01G005146 Chr01 NC_080387.1:69245407-69245415promoter 内 1713-1721 bp + 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 69247695-69250544(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr03G001083 Chr03 NC_080389.1:12538850-12538858promoter 内 1712-1720 bp - 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 12541139-12542739(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr04G000649 Chr04 NC_080390.1:7344289-7344297promoter 内 1708-1716 bp - 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7346582-7347817(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr04G002243 Chr04 NC_080390.1:36227766-36227774promoter 内 1706-1714 bp + 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 36223288-36225479(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr04G000374 Chr04 NC_080390.1:3772507-3772515promoter 内 1705-1713 bp + 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3774803-3775632(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G001263 Chr01 NC_080387.1:25321371-25321379promoter 内 1684-1692 bp + 2309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 25323688-25327501(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr03G002193 Chr03 NC_080389.1:34483230-34483238promoter 内 1683-1691 bp + 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34485548-34486483(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G000650 Chr01 NC_080387.1:14494993-14495001promoter 内 1676-1684 bp + 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 14491531-14492676(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr02G001600 Chr02 NC_080388.1:29836975-29836983promoter 内 1673-1681 bp + 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 29839303-29853545(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr04G002301 Chr04 NC_080390.1:37253451-37253459promoter 内 1673-1681 bp - 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 37255779-37260849(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTACGTGGG
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