转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 119 / 128 下载 TSV

上一页 119 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006054 Chr01 NC_080387.1:76017564-76017578promoter 内 214-228 bp + 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 76021351-76024909(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGTAG
SmilChr02G002029 Chr02 NC_080388.1:36516139-36516153promoter 内 190-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 36519950-36521149(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTAGCCCCACCGCCG
SmilChr03G000009 Chr03 NC_080389.1:95246-95260promoter 内 139-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 99108-101875(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGCTGGCGT
SmilChr06G002525 Chr06 NC_080392.1:36236708-36236722promoter 内 101-115 bp + 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 36240608-36242132(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGGCTCCACCGACG
SmilChr04G001738 Chr04 NC_080390.1:28629856-28629870promoter 内 100-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28621910-28625969(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCTCGGC
SmilChr08G001166 Chr08 NC_080394.1:9344153-9344167promoter 内 80-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9348074-9350519(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCGCCGCAT
SmilChr07G000643 Chr07 NC_080393.1:4330666-4330680promoter 内 76-90 bp - 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4324394-4326755(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGGCGGCACCGCCA
SmilChr04G000612 Chr04 NC_080390.1:6919116-6919130promoter 内 49-63 bp + 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6914196-6915178(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGATG
SmilChr06G000586 Chr06 NC_080392.1:5035453-5035467promoter 内 29-43 bp - 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5039425-5044323(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGTGGTGC
SmilChr04G003812 Chr04 NC_080390.1:54271807-54271821promoter 内 3370-3384 bp - 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 54272438-54274329(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGGTGGAGAGAG
SmilChr01G002768 Chr01 NC_080387.1:46133490-46133504promoter 内 3020-3034 bp + 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 46131516-46132523(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAAGAGA
SmilChr05G001266 Chr05 NC_080391.1:10786317-10786331promoter 内 2578-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 10787740-10788501(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TACACGCCACCGCCG
SmilChr05G001265 Chr05 NC_080391.1:10786317-10786331promoter 内 1585-1599 bp + 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 10780478-10783915(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGTGTA
SmilChr01G002748 Chr01 NC_080387.1:45807390-45807404promoter 内 436-450 bp - 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 45802255-45803839(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCATGTCCACCGCCG
SmilChr01G000697 Chr01 NC_080387.1:15672079-15672093promoter 内 3985-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15672095-15672531(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCCTCCACCACCG
SmilChr07G002822 Chr07 NC_080393.1:28276690-28276704promoter 内 3892-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28276799-28283792(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGACGGTGGAGGGAG
SmilChr07G003345 Chr07 NC_080393.1:35871414-35871428promoter 内 3818-3832 bp - 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35871597-35898349(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGAGAGGA
SmilChr06G000643 Chr06 NC_080392.1:5699286-5699300promoter 内 3697-3711 bp + 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 5698318-5698996(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGAAAG
SmilChr05G001232 Chr05 NC_080391.1:10415501-10415515promoter 内 3541-3555 bp + 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10407889-10415055(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGAAAG
SmilChr01G004201 Chr01 NC_080387.1:60478631-60478645promoter 内 3539-3553 bp - 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 60477960-60478183(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCGTCACCGCCG
SmilChr07G004641 Chr07 NC_080393.1:59271368-59271382promoter 内 3535-3549 bp + 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59269918-59270916(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCTGAGA
SmilChr03G003058 Chr03 NC_080389.1:47475751-47475765promoter 内 3521-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47470016-47475285(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACGGTGGATATGG
SmilChr08G002213 Chr08 NC_080394.1:20122033-20122047promoter 内 3500-3514 bp + 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20113570-20121546(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGACCG
SmilChr01G003670 Chr01 NC_080387.1:55134825-55134839promoter 内 3482-3496 bp - 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55135344-55138558(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGAAAG
SmilChr02G002793 Chr02 NC_080388.1:47989027-47989041promoter 内 3419-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47986801-47988459(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGTTT
SmilChr04G001079 Chr04 NC_080390.1:15469476-15469490promoter 内 3352-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15470125-15473921(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTACACCACCGCCT
SmilChr07G002399 Chr07 NC_080393.1:22340501-22340515promoter 内 3338-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22337319-22339852(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAAAAGG
SmilChr08G002769 Chr08 NC_080394.1:27334532-27334546promoter 内 3297-3311 bp + 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27335236-27339332(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATATCCACCGTCA
SmilChr05G001384 Chr05 NC_080391.1:12407647-12407661promoter 内 3284-3298 bp - 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12408364-12409517(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGTTT
SmilChr05G001385 Chr05 NC_080391.1:12417094-12417108promoter 内 3284-3298 bp - 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12417811-12418964(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGTTT
SmilChr05G003018 Chr05 NC_080391.1:37563944-37563958promoter 内 3274-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37564671-37565891(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGTTT
SmilChr05G003019 Chr05 NC_080391.1:37573407-37573421promoter 内 3274-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37574134-37575354(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGTTT
SmilChr04G002579 Chr04 NC_080390.1:41156706-41156720promoter 内 3262-3276 bp + 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41157445-41162504(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGCCAGCCACCGCCG
SmilChr06G002098 Chr06 NC_080392.1:27929318-27929332promoter 内 3217-3231 bp - 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27927304-27928548(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCCACCACCGCTG
SmilChr05G001686 Chr05 NC_080391.1:16013065-16013079promoter 内 3209-3223 bp + 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 16010204-16012287(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAATGA
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SmilChr02G003367 Chr02 NC_080388.1:54796705-54796719promoter 内 3036-3050 bp - 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54788150-54795754(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCGGCACCGCCC
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