转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 119 / 134 下载 TSV

上一页 119 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000786 Chr05 NC_080391.1:6142570-6142584promoter 内 2533-2547 bp + 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 6140027-6141116(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGACGCCGA
SmilChr03G003802 Chr03 NC_080389.1:57101746-57101760promoter 内 592-606 bp - 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 57105155-57106475(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGTGTCGGCATACA
SmilChr03G004610 Chr03 NC_080389.1:63831459-63831473promoter 内 3976-3990 bp - 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63829153-63831448(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCCATCGACATCC
SmilChr03G004605 Chr03 NC_080389.1:63812271-63812285promoter 内 3974-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63811265-63812258(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCCATCGACATCC
SmilChr03G004608 Chr03 NC_080389.1:63825047-63825061promoter 内 3974-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63824041-63825034(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCCATCGACATCC
SmilChr08G000773 Chr08 NC_080394.1:5695539-5695553promoter 内 3966-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5695574-5698253(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCAAGTCGGCACATG
SmilChr03G004657 Chr03 NC_080389.1:64065080-64065094promoter 内 3954-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64065127-64066056(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCCATCGACATCC
SmilChr05G001238 Chr05 NC_080391.1:10486701-10486715promoter 内 3920-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 10482279-10486634(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTCTGTCGGCGGCAT
SmilChr02G005139 Chr02 NC_080388.1:72821634-72821648promoter 内 3909-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 72817174-72821556(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGACAGCGA
SmilChr07G003102 Chr07 NC_080393.1:32860364-32860378promoter 内 3820-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 32860545-32860940(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACACGTCGGCATCTT
SmilChr07G000652 Chr07 NC_080393.1:4391502-4391516promoter 内 3681-3695 bp - 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 4391822-4394940(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTCGTCGGCAGTCG
SmilChr05G004393 Chr05 NC_080391.1:57368072-57368086promoter 内 3648-3662 bp - 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 57368425-57372651(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCGGAA
SmilChr05G000207 Chr05 NC_080391.1:1648810-1648824promoter 内 3560-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1645530-1648383(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTCGTGCCGACCTAT
SmilChr07G001498 Chr07 NC_080393.1:11904474-11904488promoter 内 3542-3556 bp - 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 11902656-11904029(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGGTGCCGACGACC
SmilChr08G001424 Chr08 NC_080394.1:11402023-11402037promoter 内 3530-3544 bp - 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 11402494-11408522(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTCTGTCGGCGCCGA
SmilChr05G000364 Chr05 NC_080391.1:2709989-2710003promoter 内 3517-3531 bp + 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2707620-2709519(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATTGTCGGCGGATT
SmilChr08G003769 Chr08 NC_080394.1:43177740-43177754promoter 内 3466-3480 bp - 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 43176791-43177219(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGAGGCCGACAAGA
SmilChr02G000819 Chr02 NC_080388.1:13794987-13795001promoter 内 3387-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13793998-13794387(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACATTGCCGACAGAG
SmilChr08G004169 Chr08 NC_080394.1:51006745-51006759promoter 内 3288-3302 bp - 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 51005157-51006046(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGAGGCCGACAAGA
SmilChr04G001490 Chr04 NC_080390.1:24354478-24354492promoter 内 3286-3300 bp - 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 24350011-24353777(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAACTGCCGACAAGT
SmilChr05G002823 Chr05 NC_080391.1:33374629-33374643promoter 内 3136-3150 bp + 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 33370757-33373778(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTTCCTC
SmilChr08G002643 Chr08 NC_080394.1:25910829-25910843promoter 内 3119-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 25908123-25909961(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTTGTCGGCAGTTT
SmilChr02G001980 Chr02 NC_080388.1:35747714-35747728promoter 内 3115-3129 bp - 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 35738340-35746842(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGAGGGCCGACACCT
SmilChr05G002863 Chr05 NC_080391.1:34147328-34147342promoter 内 3068-3082 bp - 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34148261-34149547(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTTGTCGGCCTGTA
SmilChr03G001303 Chr03 NC_080389.1:15260033-15260047promoter 内 3007-3021 bp - 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 15261027-15263785(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTTCCTC
SmilChr01G000594 Chr01 NC_080387.1:12937623-12937637promoter 内 2997-3011 bp - 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 12938627-12948947(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCGGAA
SmilChr03G004604 Chr03 NC_080389.1:63812271-63812285promoter 内 2986-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63809935-63811270(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCCATCGACATCC
SmilChr01G004577 Chr01 NC_080387.1:63812752-63812766promoter 内 2933-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63806068-63811698(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGACAAAGA
SmilChr05G001319 Chr05 NC_080391.1:11338393-11338407promoter 内 2911-2925 bp - 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 11339483-11345731(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGACGGCTA
SmilChr02G003334 Chr02 NC_080388.1:54578209-54578223promoter 内 2909-2923 bp - 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54579301-54582613(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGTTTATG
SmilChr06G001581 Chr06 NC_080392.1:17240829-17240843promoter 内 2853-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17241977-17243067(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACTGCCGACCACT
SmilChr05G003352 Chr05 NC_080391.1:44246118-44246132promoter 内 2832-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 44243828-44244963(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGACGCCGA
SmilChr07G003045 Chr07 NC_080393.1:31587175-31587189promoter 内 2819-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 31584194-31586007(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTGGTCGGCAGCGA
SmilChr01G000025 Chr01 NC_080387.1:459290-459304promoter 内 2817-2831 bp + 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 452475-458120(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGTCGGCACCAC
SmilChr07G001241 Chr07 NC_080393.1:9509981-9509995promoter 内 2804-2818 bp - 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9511178-9512872(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGACGCCGA
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