转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 119 / 133 下载 TSV

上一页 119 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004016 Chr03 NC_080389.1:59147378-59147386promoter 内 1595-1603 bp + 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59149784-59152871(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G003207 Chr01 NC_080387.1:50854418-50854426promoter 内 1586-1594 bp - 2407 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50856833-50858826(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTACGTGGG
SmilChr02G005262 Chr02 NC_080388.1:73716050-73716058promoter 内 1581-1589 bp + 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73711521-73713638(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr01G002477 Chr01 NC_080387.1:42513595-42513603promoter 内 1571-1579 bp - 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42516025-42518500(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr04G000884 Chr04 NC_080390.1:11272439-11272447promoter 内 1562-1570 bp + 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11274878-11277912(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr02G001047 Chr02 NC_080388.1:18538005-18538013promoter 内 1561-1569 bp + 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 18535094-18535573(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr03G001372 Chr03 NC_080389.1:16111177-16111185promoter 内 1560-1568 bp + 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16113618-16115531(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr01G001142 Chr01 NC_080387.1:23368744-23368752promoter 内 1554-1562 bp + 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23363977-23366305(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr01G001813 Chr01 NC_080387.1:33081736-33081744promoter 内 1551-1559 bp + 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33084186-33088888(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G005766 Chr01 NC_080387.1:73746956-73746964promoter 内 1545-1553 bp - 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73749412-73754693(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr03G004074 Chr03 NC_080389.1:59694600-59694608promoter 内 1541-1549 bp - 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59697060-59697653(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr01G002091 Chr01 NC_080387.1:36935336-36935344promoter 内 1509-1517 bp + 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 36937828-36939277(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr02G001471 Chr02 NC_080388.1:27455197-27455205promoter 内 1508-1516 bp + 2485 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27457690-27459733(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr03G004624 Chr03 NC_080389.1:63915867-63915875promoter 内 1507-1515 bp - 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 63910298-63913381(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr03G004095 Chr03 NC_080389.1:59822135-59822143promoter 内 1506-1514 bp - 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59824630-59825569(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTACGTGGG
SmilChr04G000288 Chr04 NC_080390.1:2687608-2687616promoter 内 1496-1504 bp - 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2685038-2685111(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G003623 Chr01 NC_080387.1:54780767-54780775promoter 内 1490-1498 bp - 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54783278-54790583(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr03G003366 Chr03 NC_080389.1:52009048-52009056promoter 内 1484-1492 bp + 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 52005138-52006539(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr01G005992 Chr01 NC_080387.1:75531427-75531435promoter 内 1483-1491 bp - 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75527745-75528917(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr02G003705 Chr02 NC_080388.1:58580258-58580266promoter 内 1479-1487 bp + 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58576139-58577744(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr03G004161 Chr03 NC_080389.1:60394562-60394570promoter 内 1478-1486 bp + 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60391093-60392047(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTACGTGGG
SmilChr04G001301 Chr04 NC_080390.1:20714880-20714888promoter 内 1469-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20717412-20720259(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr03G004409 Chr03 NC_080389.1:62246114-62246122promoter 内 1467-1475 bp - 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62248648-62258602(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr03G000738 Chr03 NC_080389.1:8379638-8379646promoter 内 1454-1462 bp + 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 8382185-8385838(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr02G000579 Chr02 NC_080388.1:8330055-8330063promoter 内 1453-1461 bp - 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 8321882-8327515(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr02G004978 Chr02 NC_080388.1:71659066-71659074promoter 内 1451-1459 bp + 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 71661616-71665960(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr04G001118 Chr04 NC_080390.1:16191533-16191541promoter 内 1444-1452 bp + 2549 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16188334-16188984(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTACGTGGG
SmilChr02G003882 Chr02 NC_080388.1:60882080-60882088promoter 内 1438-1446 bp + 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60884643-60885246(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr04G002728 Chr04 NC_080390.1:42892404-42892412promoter 内 1438-1446 bp + 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42885677-42889849(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr03G001623 Chr03 NC_080389.1:20829835-20829843promoter 内 1421-1429 bp - 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20825715-20827263(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr02G001605 Chr02 NC_080388.1:29879285-29879293promoter 内 1416-1424 bp + 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 29881870-29888854(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr02G003430 Chr02 NC_080388.1:55521639-55521647promoter 内 1407-1415 bp - 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55524233-55529275(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr01G003329 Chr01 NC_080387.1:51983874-51983882promoter 内 1402-1410 bp - 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51979530-51981283(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr04G000612 Chr04 NC_080390.1:6917773-6917781promoter 内 1398-1406 bp - 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6914196-6915178(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G004587 Chr01 NC_080387.1:63888403-63888411promoter 内 1372-1380 bp - 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 63891032-63891860(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr02G002728 Chr02 NC_080388.1:47196181-47196189promoter 内 1368-1376 bp + 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47198814-47200452(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
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