转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 12 / 161 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000584 Chr07 NC_080393.1:3991306-3991319promoter 内 3824-3837 bp - 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 3983959-3991142(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr05G001529 Chr05 NC_080391.1:14005347-14005360promoter 内 3809-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 14005539-14007920(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr03G004740 Chr03 NC_080389.1:64530223-64530236promoter 内 3770-3783 bp - 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 64530454-64539570(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAACTCA
SmilChr05G002899 Chr05 NC_080391.1:34819628-34819641promoter 内 3706-3719 bp + 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 34818882-34819346(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAACTGA
SmilChr04G003519 Chr04 NC_080390.1:51572688-51572701promoter 内 3640-3653 bp + 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 51573049-51576031(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr02G004534 Chr02 NC_080388.1:67906603-67906616promoter 内 3620-3633 bp - 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 67904465-67906235(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr04G001598 Chr04 NC_080390.1:26637001-26637014promoter 内 3614-3627 bp + 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 26637388-26639694(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAGTTGACTTTCT
SmilChr05G000701 Chr05 NC_080391.1:5288644-5288657promoter 内 3493-3506 bp - 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 5284885-5288149(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCGGTTGACTTTGG
SmilChr03G002041 Chr03 NC_080389.1:30852165-30852178promoter 内 3444-3457 bp + 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 30852722-30854433(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAGTTGACTTTCT
SmilChr02G004861 Chr02 NC_080388.1:70744636-70744649promoter 内 3333-3346 bp + 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 70745304-70746864(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr06G000008 Chr06 NC_080392.1:189583-189596promoter 内 3314-3327 bp - 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 186090-188909(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCGTTGACTTTCA
SmilChr03G001398 Chr03 NC_080389.1:16600614-16600627promoter 内 3278-3291 bp - 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 16601337-16604106(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAAAGTCAACTGC
SmilChr02G004932 Chr02 NC_080388.1:71315940-71315953promoter 内 3256-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 71313833-71315208(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr07G002343 Chr07 NC_080393.1:21777586-21777599promoter 内 3140-3153 bp + 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 21778447-21780152(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr07G004577 Chr07 NC_080393.1:58555777-58555790promoter 内 3110-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 58554300-58554899(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAAAGTCAACTGC
SmilChr04G003222 Chr04 NC_080390.1:49035132-49035145promoter 内 3063-3076 bp - 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 49030494-49034207(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGGGTTGACTTTTC
SmilChr05G000702 Chr05 NC_080391.1:5288644-5288657promoter 内 3049-3062 bp - 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 5289596-5291558(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACCGC
SmilChr05G000428 Chr05 NC_080391.1:3218664-3218677promoter 内 3041-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 3219624-3221114(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr05G000427 Chr05 NC_080391.1:3218664-3218677promoter 内 2994-3007 bp + 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 3212662-3217670(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr02G004705 Chr02 NC_080388.1:69346965-69346978promoter 内 2912-2925 bp + 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 69348054-69351122(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr04G002995 Chr04 NC_080390.1:46360696-46360709promoter 内 2906-2919 bp + 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 46361791-46365576(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGGGTTGACTTTTC
SmilChr01G003039 Chr01 NC_080387.1:49384127-49384140promoter 内 2884-2897 bp - 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 49382181-49383023(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCGTTGACTTTCA
SmilChr01G002154 Chr01 NC_080387.1:37532748-37532761promoter 内 2821-2834 bp + 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 37533928-37536795(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr06G002535 Chr06 NC_080392.1:36382958-36382971promoter 内 2810-2823 bp + 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 36384149-36387621(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr06G000009 Chr06 NC_080392.1:189583-189596promoter 内 2612-2625 bp - 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 190972-197249(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAACGAA
SmilChr05G001879 Chr05 NC_080391.1:19059847-19059860promoter 内 2477-2490 bp - 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 19061371-19063913(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr01G002719 Chr01 NC_080387.1:45467594-45467607promoter 内 2456-2469 bp - 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 45469139-45471381(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr05G003317 Chr05 NC_080391.1:43446479-43446492promoter 内 2430-2443 bp - 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 43437991-43444921(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTTTT
SmilChr01G001428 Chr01 NC_080387.1:27919852-27919865promoter 内 2388-2401 bp - 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 27921465-27924019(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr06G000348 Chr06 NC_080392.1:2633972-2633985promoter 内 2275-2288 bp - 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 2635698-2637976(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAACTCA
SmilChr05G001381 Chr05 NC_080391.1:12327728-12327741promoter 内 2193-2206 bp - 1795 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 12329536-12332204(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr02G002020 Chr02 NC_080388.1:36431311-36431324promoter 内 2192-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 36426847-36429515(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr05G000959 Chr05 NC_080391.1:7740134-7740147promoter 内 2192-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 7735670-7738338(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr05G002668 Chr05 NC_080391.1:30168475-30168488promoter 内 2192-2205 bp - 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 30170284-30172952(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr01G003259 Chr01 NC_080387.1:51291743-51291756promoter 内 2178-2191 bp - 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 51293566-51296314(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
SmilChr05G001528 Chr05 NC_080391.1:14005347-14005360promoter 内 2151-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 14000823-14003510(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCC
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