转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 12 / 142 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000912 Chr04 NC_080390.1:11868082-11868096promoter 内 1339-1353 bp + 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 11858716-11865434(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGGGGTAGGTGGT
SmilChr01G005316 Chr01 NC_080387.1:70403705-70403719promoter 内 1305-1319 bp + 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 70406401-70406994(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCCCAA
SmilChr07G002399 Chr07 NC_080393.1:22342663-22342677promoter 内 1176-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 22337319-22339852(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCCGCCC
SmilChr07G000251 Chr07 NC_080393.1:1594580-1594594promoter 内 1137-1151 bp - 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 1597444-1598162(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGGTGAT
SmilChr08G004480 Chr08 NC_080394.1:54411142-54411156promoter 内 970-984 bp + 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 54414173-54416642(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCCCCTC
SmilChr03G004302 Chr03 NC_080389.1:61394459-61394473promoter 内 508-522 bp - 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 61397952-61398257(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGTGGTAGTTGGG
SmilChr02G004711 Chr02 NC_080388.1:69373752-69373766promoter 内 431-445 bp + 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 69365952-69370196(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGGTGGTAGTTGCA
SmilChr08G002087 Chr08 NC_080394.1:18741441-18741455promoter 内 333-347 bp - 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 18745109-18748828(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGGA
SmilChr01G005394 Chr01 NC_080387.1:71215268-71215282promoter 内 32-46 bp + 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 71211241-71211313(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTAGGTGGT
SmilChr05G000022 Chr05 NC_080391.1:89551-89565promoter 内 85-99 bp + 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 93467-97139(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGCCGT
SmilChr03G000471 Chr03 NC_080389.1:5030605-5030619promoter 内 1924-1938 bp - 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 5025100-5028542(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACCACCACCAC
SmilChr02G002302 Chr02 NC_080388.1:40613999-40614013promoter 内 1771-1785 bp + 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 40607092-40611783(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGGC
SmilChr07G001378 Chr07 NC_080393.1:10699003-10699017promoter 内 1085-1099 bp + 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 10694653-10696101(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGCGGTAGGTGGT
SmilChr06G001725 Chr06 NC_080392.1:19898834-19898848promoter 内 1073-1087 bp - 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 19894920-19895920(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCAACTACCACAGC
SmilChr05G003366 Chr05 NC_080391.1:44492582-44492596promoter 内 3940-3954 bp - 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 44491102-44492535(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGCCGT
SmilChr05G000155 Chr05 NC_080391.1:1252751-1252765promoter 内 3897-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 1250082-1252661(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGCCGT
SmilChr01G000394 Chr01 NC_080387.1:8108264-8108278promoter 内 3871-3885 bp - 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 8104758-8108148(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACCACCACCAC
SmilChr01G003751 Chr01 NC_080387.1:55878187-55878201promoter 内 3867-3881 bp + 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 55878321-55881539(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACCACCACCAC
SmilChr07G004156 Chr07 NC_080393.1:53404442-53404456promoter 内 3811-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 53403196-53404266(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGCCAT
SmilChr01G005222 Chr01 NC_080387.1:69772750-69772764promoter 内 3764-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 69769582-69772527(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACCACCACCAC
SmilChr01G005223 Chr01 NC_080387.1:69778577-69778591promoter 内 3764-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 69775409-69778354(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACCACCACCAC
SmilChr05G000146 Chr05 NC_080391.1:1188537-1188551promoter 内 3555-3569 bp - 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 1188983-1190697(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACGGCGGTAGGTGGT
SmilChr06G002987 Chr06 NC_080392.1:42668950-42668964promoter 内 3406-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 42664861-42668369(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGGC
SmilChr05G000154 Chr05 NC_080391.1:1247027-1247041promoter 内 3236-3250 bp - 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 1247792-1249561(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACGGCGGTAGGTGGT
SmilChr06G000841 Chr06 NC_080392.1:7940668-7940682promoter 内 2851-2865 bp - 1136 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7938587-7939532(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTCCAG
SmilChr05G000145 Chr05 NC_080391.1:1188537-1188551promoter 内 2654-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 1184607-1187204(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGCCGT
SmilChr01G006112 Chr01 NC_080387.1:76656204-76656218promoter 内 2511-2525 bp + 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 76657694-76660224(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACCACCACCAC
SmilChr05G000783 Chr05 NC_080391.1:6109634-6109648promoter 内 2426-2440 bp - 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 6106539-6108073(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACCAACAC
SmilChr03G004712 Chr03 NC_080389.1:64376524-64376538promoter 内 2413-2427 bp - 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 64372608-64374950(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCACATC
SmilChr08G004562 Chr08 NC_080394.1:55213354-55213368promoter 内 2388-2402 bp + 1599 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 55214967-55216440(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACCACCACCAC
SmilChr08G004563 Chr08 NC_080394.1:55219080-55219094promoter 内 2387-2401 bp + 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 55220694-55222167(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACCACCACCAC
SmilChr04G003840 Chr04 NC_080390.1:54423458-54423472promoter 内 2299-2313 bp - 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 54425160-54432024(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGGGGTAGGTGGA
SmilChr01G005224 Chr01 NC_080387.1:69778577-69778591promoter 内 2290-2304 bp - 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 69780288-69782071(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGGC
SmilChr07G002105 Chr07 NC_080393.1:19150123-19150137promoter 内 2121-2135 bp + 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 19152003-19156324(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAACAACCC
SmilChr03G000441 Chr03 NC_080389.1:4745533-4745547promoter 内 2115-2129 bp - 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 4741905-4743661(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACCACCACCAC
SmilChr08G001823 Chr08 NC_080394.1:15581188-15581202promoter 内 1974-1988 bp - 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 15577976-15579175(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACCACCACCAC
SmilChr08G001824 Chr08 NC_080394.1:15587028-15587042promoter 内 1928-1942 bp - 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 15583803-15584969(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACCACCACCAC
SmilChr05G002393 Chr05 NC_080391.1:26423152-26423166promoter 内 1782-1796 bp + 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 26425371-26428150(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCCACCC
SmilChr06G000538 Chr06 NC_080392.1:4503153-4503167promoter 内 1727-1741 bp + 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 4499035-4500893(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGGC
SmilChr03G000442 Chr03 NC_080389.1:4751762-4751776promoter 内 1374-1388 bp - 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 4748217-4749149(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACCACCACCAC
SmilChr05G000019 Chr05 NC_080391.1:85996-86010promoter 内 1114-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 79981-83123(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACGGCGGTAGGTGGT
SmilChr06G003285 Chr06 NC_080392.1:45389998-45390012promoter 内 907-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 45393092-45395745(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTTGGTGGT
SmilChr08G003460 Chr08 NC_080394.1:37173501-37173515promoter 内 833-847 bp - 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 37176669-37177346(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGCGGTAGGTGGC
SmilChr03G003098 Chr03 NC_080389.1:48036482-48036496promoter 内 759-773 bp - 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 48039724-48041670(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGAAGGTAGGTGGG
SmilChr02G002042 Chr02 NC_080388.1:36781554-36781568promoter 内 691-705 bp + 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 36773289-36778258(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGGGGTAGGTGGA
SmilChr02G001673 Chr02 NC_080388.1:30984634-30984648promoter 内 655-669 bp + 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 30987980-30989248(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAACACCCA
SmilChr03G002690 Chr03 NC_080389.1:42792116-42792130promoter 内 605-619 bp - 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 42786737-42788734(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCTACCACCTC
SmilChr02G000257 Chr02 NC_080388.1:3292455-3292469promoter 内 582-596 bp + 3405 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 3295874-3297706(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCACTGT
SmilChr02G000255 Chr02 NC_080388.1:3292455-3292469promoter 内 360-374 bp + 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 3285444-3288828(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACAGTGGTAGGTGGA
SmilChr07G004404 Chr07 NC_080393.1:56668544-56668558promoter 内 247-261 bp - 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 56663739-56664804(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCGCATC