转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G003267; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018221-RA_Salv SmilChr08G003267 MYB XP_057779249.1 MP00406 AAAAAATTAGGTAAA

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7839 个候选靶基因 第 12 / 157 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004461 Chr01 NC_080387.1:62712508-62712522promoter 内 2972-2986 bp - 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 62713537-62716851(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr05G000632 Chr05 NC_080391.1:4777667-4777681promoter 内 2889-2903 bp - 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 4771763-4776569(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAATATTAGGTATA
SmilChr01G006176 Chr01 NC_080387.1:77288705-77288719promoter 内 2779-2793 bp - 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 77283353-77287497(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAATATTAGGTATA
SmilChr02G003458 Chr02 NC_080388.1:55872767-55872781promoter 内 2754-2768 bp + 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 55869100-55871534(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr02G002068 Chr02 NC_080388.1:37225367-37225381promoter 内 2706-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 37226662-37228325(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr02G003370 Chr02 NC_080388.1:54825585-54825599promoter 内 2680-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 54826906-54827685(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr03G001316 Chr03 NC_080389.1:15445584-15445598promoter 内 2547-2561 bp - 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 15442504-15444144(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAATATTAGGTATA
SmilChr01G006003 Chr01 NC_080387.1:75606201-75606215promoter 内 2444-2458 bp + 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 75601814-75604658(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CGTACCTAATTTCAT
SmilChr05G001460 Chr05 NC_080391.1:13330924-13330938promoter 内 2324-2338 bp - 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 13332601-13334116(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr04G003367 Chr04 NC_080390.1:50249677-50249691promoter 内 2276-2290 bp - 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 50251402-50253987(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr02G001495 Chr02 NC_080388.1:27898301-27898315promoter 内 2059-2073 bp + 1928 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 27892569-27896373(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr05G001556 Chr05 NC_080391.1:14287449-14287463promoter 内 2056-2070 bp - 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 14279690-14285518(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAATATTAGGTATA
SmilChr02G004244 Chr02 NC_080388.1:64636027-64636041promoter 内 1853-1867 bp - 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 64638175-64643463(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr01G005127 Chr01 NC_080387.1:69072003-69072017promoter 内 1789-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 69064746-69069805(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr03G001131 Chr03 NC_080389.1:13058341-13058355promoter 内 1773-1787 bp + 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 13060569-13065688(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAATATTAGGTATA
SmilChr01G004660 Chr01 NC_080387.1:64701752-64701766promoter 内 1528-1542 bp + 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 64704225-64708380(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAATATTAGGTATA
SmilChr03G003448 Chr03 NC_080389.1:52849260-52849274promoter 内 1508-1522 bp + 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 52832691-52846781(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr03G003386 Chr03 NC_080389.1:52226329-52226343promoter 内 1463-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 52222220-52223805(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr01G005729 Chr01 NC_080387.1:73429951-73429965promoter 内 1449-1463 bp - 2538 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 73432503-73439654(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr02G001077 Chr02 NC_080388.1:19303106-19303120promoter 内 1371-1385 bp + 2616 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 19305736-19307784(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATATAGTTAGGTAGA
SmilChr04G003597 Chr04 NC_080390.1:52404542-52404556promoter 内 1297-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 52407246-52410129(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAATATTAGGTATA
SmilChr03G003792 Chr03 NC_080389.1:57027256-57027270promoter 内 1265-1279 bp - 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 57011179-57024534(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAATATTAGGTATA
SmilChr02G000652 Chr02 NC_080388.1:9867761-9867775promoter 内 1111-1125 bp + 2876 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 9870651-9875685(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACGAAGTTAGGTATG
SmilChr03G000526 Chr03 NC_080389.1:5637882-5637896promoter 内 1005-1019 bp - 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 5640878-5642924(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTGACCTAATTATTT
SmilChr01G002082 Chr01 NC_080387.1:36765277-36765291promoter 内 965-979 bp - 3022 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 36761057-36762255(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAATATTAGGTATA
SmilChr02G005504 Chr02 NC_080388.1:75166408-75166422promoter 内 775-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 75169634-75173680(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAATATTAGGTATA
SmilChr05G002320 Chr05 NC_080391.1:25004243-25004257promoter 内 736-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 25007508-25009094(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr01G004663 Chr01 NC_080387.1:64738226-64738240promoter 内 611-625 bp + 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 64733668-64734850(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr03G002299 Chr03 NC_080389.1:36213863-36213877promoter 内 597-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 36206403-36210473(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAATTATTAGGTAAA
SmilChr03G001400 Chr03 NC_080389.1:16603244-16603258promoter 内 548-562 bp - 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 16606697-16609108(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr05G000617 Chr05 NC_080391.1:4649120-4649134promoter 内 407-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 4652714-4655093(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAATATTAGGTATA
SmilChr05G002903 Chr05 NC_080391.1:34881903-34881917promoter 内 320-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 34885584-34886411(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAATTATTAGGTAAA
SmilChr01G004360 Chr01 NC_080387.1:61794461-61794475promoter 内 247-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 61789442-61790721(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTACCTAATTTTGG
SmilChr01G005047 Chr01 NC_080387.1:68408508-68408522promoter 内 241-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 68401320-68404762(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
SmilChr02G002842 Chr02 NC_080388.1:48544836-48544850promoter 内 44-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 48539710-48540893(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATATTTA
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