转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 121 / 135 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000940 Chr01 NC_080387.1:19899969-19899978promoter 内 3003-3012 bp + 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 4 19900967-19902477(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ATTCACGTGA
SmilChr05G001528 Chr05 NC_080391.1:14003806-14003815promoter 内 3696-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 14000823-14003510(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr03G002977 Chr03 NC_080389.1:46605827-46605836promoter 内 3387-3396 bp - 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 46606441-46609044(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr03G002976 Chr03 NC_080389.1:46605827-46605836promoter 内 3126-3135 bp - 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 46601679-46604961(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ATTCACGTGA
SmilChr01G001602 Chr01 NC_080387.1:30191844-30191853promoter 内 3000-3009 bp + 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 30188781-30190852(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr02G001810 Chr02 NC_080388.1:32922218-32922227promoter 内 2727-2736 bp + 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 32919823-32920953(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr02G000772 Chr02 NC_080388.1:12681894-12681903promoter 内 2100-2109 bp - 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 12678524-12680002(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ATTCACGTGA
SmilChr01G002387 Chr01 NC_080387.1:41115071-41115080promoter 内 618-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 41111140-41111697(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ATTCACGTGA
SmilChr03G000165 Chr03 NC_080389.1:1815398-1815407promoter 内 3953-3962 bp - 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 1813038-1815359(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ATTCACGTGA
SmilChr05G001704 Chr05 NC_080391.1:16270840-16270849promoter 内 3923-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 16270918-16272794(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr01G003047 Chr01 NC_080387.1:49450578-49450587promoter 内 3915-3924 bp - 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 49448957-49450501(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ATTCACGTGA
SmilChr03G000432 Chr03 NC_080389.1:4682328-4682337promoter 内 3912-3921 bp + 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 4682417-4684700(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ATTCACGTGA
SmilChr01G005752 Chr01 NC_080387.1:73595897-73595906promoter 内 3903-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 73593282-73595808(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CGTCACGTGA
SmilChr01G002443 Chr01 NC_080387.1:42009920-42009929promoter 内 3853-3862 bp - 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 42010068-42015034(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGACG
SmilChr05G001116 Chr05 NC_080391.1:9314355-9314364promoter 内 3826-3835 bp + 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 9312383-9314189(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr02G004459 Chr02 NC_080388.1:67016067-67016076promoter 内 3804-3813 bp - 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 66989070-67015879(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CGTCACGTGA
SmilChr02G002132 Chr02 NC_080388.1:38282857-38282866promoter 内 3725-3734 bp + 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 38275997-38282590(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr01G003259 Chr01 NC_080387.1:51293288-51293297promoter 内 3723-3732 bp - 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 51293566-51296314(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr02G002020 Chr02 NC_080388.1:36429809-36429818promoter 内 3698-3707 bp + 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 36426847-36429515(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr03G004002 Chr03 NC_080389.1:59045427-59045436promoter 内 3698-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 59045730-59048398(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr05G000959 Chr05 NC_080391.1:7738632-7738641promoter 内 3698-3707 bp + 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 7735670-7738338(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr05G001381 Chr05 NC_080391.1:12329233-12329242promoter 内 3698-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 12329536-12332204(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr05G002668 Chr05 NC_080391.1:30169981-30169990promoter 内 3698-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 30170284-30172952(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr01G003048 Chr01 NC_080387.1:49450578-49450587promoter 内 3676-3685 bp - 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 49450903-49452158(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr05G001879 Chr05 NC_080391.1:19060949-19060958promoter 内 3579-3588 bp - 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 19061371-19063913(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr01G002719 Chr01 NC_080387.1:45468696-45468705promoter 内 3558-3567 bp - 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 45469139-45471381(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr05G002144 Chr05 NC_080391.1:22613991-22614000promoter 内 3558-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 22604656-22613557(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr01G004358 Chr01 NC_080387.1:61766407-61766416promoter 内 3557-3566 bp - 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 61766851-61768995(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr03G000818 Chr03 NC_080389.1:9377894-9377903promoter 内 3557-3566 bp - 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 9378338-9380847(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr05G002115 Chr05 NC_080391.1:22202800-22202809promoter 内 3549-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 22203252-22205949(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ATTCACGTGA
SmilChr03G000406 Chr03 NC_080389.1:4419589-4419598promoter 内 3501-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 4417581-4419098(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr01G002311 Chr01 NC_080387.1:40087846-40087855promoter 内 3490-3499 bp - 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 40088357-40090827(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr04G000958 Chr04 NC_080390.1:12711716-12711725promoter 内 3490-3499 bp - 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 12712227-12714676(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr04G002156 Chr04 NC_080390.1:34611479-34611488promoter 内 3490-3499 bp - 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 34611990-34614439(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr04G003518 Chr04 NC_080390.1:51571148-51571157promoter 内 3490-3499 bp + 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 51568977-51570646(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
SmilChr01G001428 Chr01 NC_080387.1:27920953-27920962promoter 内 3489-3498 bp - 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 27921465-27924019(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGAAT
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