转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 121 / 131 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000898 Chr02 NC_080388.1:15415671-15415680promoter 内 1840-1849 bp + 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15417832-15420844(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAG
SmilChr01G004721 Chr01 NC_080387.1:65403386-65403395promoter 内 1835-1844 bp - 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65405552-65406580(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGCA
SmilChr02G001372 Chr02 NC_080388.1:25966866-25966875promoter 内 1798-1807 bp - 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 25961839-25964672(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAG
SmilChr02G001212 Chr02 NC_080388.1:22310188-22310197promoter 内 1797-1806 bp - 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22305039-22307993(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAG
SmilChr02G000158 Chr02 NC_080388.1:2038734-2038743promoter 内 1793-1802 bp - 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 2040942-2043017(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGCA
SmilChr01G005999 Chr01 NC_080387.1:75582751-75582760promoter 内 1780-1789 bp - 2212 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75567792-75580539(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAG
SmilChr01G002207 Chr01 NC_080387.1:38408590-38408599promoter 内 1593-1602 bp + 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 38410998-38414939(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAT
SmilChr02G002274 Chr02 NC_080388.1:40207633-40207642promoter 内 1570-1579 bp - 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40198518-40205211(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGCGACAAAC
SmilChr01G001236 Chr01 NC_080387.1:24781213-24781222promoter 内 1484-1493 bp - 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 24783730-24787436(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGCA
SmilChr01G006137 Chr01 NC_080387.1:76891172-76891181promoter 内 1462-1471 bp - 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 76884284-76888642(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAT
SmilChr01G002326 Chr01 NC_080387.1:40354017-40354026promoter 内 1406-1415 bp - 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40345066-40351431(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAG
SmilChr01G002317 Chr01 NC_080387.1:40169653-40169662promoter 内 1393-1402 bp - 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40161020-40167054(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAG
SmilChr01G005787 Chr01 NC_080387.1:73950237-73950246promoter 内 1210-1219 bp + 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73953028-73956878(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGCGACAAAC
SmilChr02G004323 Chr02 NC_080388.1:65530726-65530735promoter 内 1150-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65533577-65539802(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAG
SmilChr02G004670 Chr02 NC_080388.1:69058964-69058973promoter 内 1040-1049 bp + 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 69053031-69056012(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGCT
SmilChr01G000854 Chr01 NC_080387.1:18412894-18412903promoter 内 979-988 bp - 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18415916-18419064(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGCT
SmilChr02G005476 Chr02 NC_080388.1:75002694-75002703promoter 内 908-917 bp + 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74998728-74999610(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGCA
SmilChr01G003308 Chr01 NC_080387.1:51770764-51770773promoter 内 885-894 bp - 3107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 51773880-51777439(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGCA
SmilChr01G002941 Chr01 NC_080387.1:48186688-48186697promoter 内 853-862 bp - 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 48189836-48193856(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGCA
SmilChr02G004341 Chr02 NC_080388.1:65675575-65675584promoter 内 817-826 bp - 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65669848-65672400(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAT
SmilChr01G006099 Chr01 NC_080387.1:76480703-76480712promoter 内 550-559 bp - 3442 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 76484154-76486020(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGCA
SmilChr02G004864 Chr02 NC_080388.1:70766599-70766608promoter 内 477-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 70761104-70763084(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAT
SmilChr01G003936 Chr01 NC_080387.1:57668037-57668046promoter 内 450-459 bp + 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 57663503-57664495(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGCT
SmilChr02G003748 Chr02 NC_080388.1:59137534-59137543promoter 内 450-459 bp + 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 59130392-59133992(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGCA
SmilChr02G003365 Chr02 NC_080388.1:54777754-54777763promoter 内 447-456 bp - 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54766824-54774209(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAG
SmilChr02G003916 Chr02 NC_080388.1:61255233-61255242promoter 内 401-410 bp + 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61250076-61251642(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGCA
SmilChr02G000464 Chr02 NC_080388.1:6214588-6214597promoter 内 343-352 bp + 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6218246-6218740(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAT
SmilChr01G004373 Chr01 NC_080387.1:61930086-61930095promoter 内 257-266 bp + 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61933830-61935588(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGCGACAAAG
SmilChr01G006118 Chr01 NC_080387.1:76702232-76702241promoter 内 230-239 bp - 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 76706003-76715706(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGCA
SmilChr02G002125 Chr02 NC_080388.1:38021792-38021801promoter 内 162-171 bp + 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 38015292-38017962(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGCA
SmilChr01G006007 Chr01 NC_080387.1:75638386-75638395promoter 内 52-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75628535-75634446(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AGCGACAAAC
SmilChr02G000065 Chr02 NC_080388.1:858632-858641promoter 内 49-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 852972-854689(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGCA
SmilChr02G001684 Chr02 NC_080388.1:31074037-31074046promoter 内 3029-3038 bp - 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 31070324-31073074(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAC
SmilChr01G000717 Chr01 NC_080387.1:16067304-16067313promoter 内 1932-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 16060426-16065244(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGAA
SmilChr02G002050 Chr02 NC_080388.1:36918300-36918309promoter 内 3974-3983 bp - 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36918327-36927870(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGAA
SmilChr01G003959 Chr01 NC_080387.1:57970138-57970147promoter 内 3934-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57959319-57970080(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAC
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SmilChr01G004589 Chr01 NC_080387.1:63902387-63902396promoter 内 3341-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 63903047-63905894(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAC
SmilChr01G003094 Chr01 NC_080387.1:49759149-49759158promoter 内 3288-3297 bp - 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49750153-49758445(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTCGACAAAC
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