转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 122 / 138 下载 TSV

上一页 122 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003351 Chr01 NC_080387.1:52268393-52268406promoter 内 288-301 bp - 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52261010-52264693(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCATTTAGGTATGC
SmilChr03G000329 Chr03 NC_080389.1:3747379-3747392promoter 内 236-249 bp + 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3742962-3743627(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACCTACCTAAAAAA
SmilChr01G005452 Chr01 NC_080387.1:71578191-71578204promoter 内 116-129 bp + 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71570016-71574319(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATACCTACTTAG
SmilChr01G004746 Chr01 NC_080387.1:65636457-65636470promoter 内 978-991 bp - 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 65631238-65633447(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AACATTAGGTAATG
SmilChr03G001257 Chr03 NC_080389.1:14489142-14489155promoter 内 521-534 bp + 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 14485083-14485675(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTTACCTAAAATC
SmilChr01G005347 Chr01 NC_080387.1:70721964-70721977promoter 内 1925-1938 bp - 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 70715872-70719901(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTCATTAGGTATAT
SmilChr01G000490 Chr01 NC_080387.1:9964368-9964381promoter 内 1588-1601 bp + 2400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 9959422-9961968(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGGTACCTAAAAAA
SmilChr01G005799 Chr01 NC_080387.1:74062552-74062565promoter 内 1470-1483 bp + 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 74065083-74068284(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAGTTAGGCCTTC
SmilChr02G001706 Chr02 NC_080388.1:31382969-31382982promoter 内 3750-3763 bp + 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 31383220-31389483(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATTTAGGTAGTA
SmilChr02G000076 Chr02 NC_080388.1:975228-975241promoter 内 3646-3659 bp - 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 972487-974886(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTTTTAGGTATAT
SmilChr03G001554 Chr03 NC_080389.1:19583814-19583827promoter 内 3620-3633 bp - 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 19584195-19587310(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAGGCCTAACTAA
SmilChr01G002272 Chr01 NC_080387.1:39489972-39489985promoter 内 3618-3631 bp + 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39488234-39489602(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTATACCTATCTAA
SmilChr03G000053 Chr03 NC_080389.1:520217-520230promoter 内 3464-3477 bp + 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 520754-524608(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTATTTAGGTATAT
SmilChr02G001354 Chr02 NC_080388.1:25301717-25301730promoter 内 3451-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 25302267-25304190(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGCATTAGGTAGCA
SmilChr02G000077 Chr02 NC_080388.1:975228-975241promoter 内 3443-3456 bp - 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 975786-976583(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTAAAAAT
SmilChr01G004119 Chr01 NC_080387.1:59720215-59720228promoter 内 3395-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 59717132-59719622(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTAAACAA
SmilChr01G001142 Chr01 NC_080387.1:23366964-23366977promoter 内 3329-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23363977-23366305(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTAAACAA
SmilChr02G000878 Chr02 NC_080388.1:15116713-15116726promoter 内 3323-3336 bp - 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 15104295-15116048(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CACGTTAGGTCATA
SmilChr03G000052 Chr03 NC_080389.1:520217-520230promoter 内 3321-3334 bp + 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 517600-519550(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTAAATAG
SmilChr02G000341 Chr02 NC_080388.1:4439820-4439833promoter 内 3106-3119 bp + 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4440715-4441287(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTCAGTAGGTATGT
SmilChr02G000301 Chr02 NC_080388.1:3802342-3802355promoter 内 3104-3117 bp - 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3800886-3801458(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTCAGTAGGTATGT
SmilChr03G000498 Chr03 NC_080389.1:5319441-5319454promoter 内 3092-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5320350-5320955(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCCATTAGGTATAA
SmilChr03G000792 Chr03 NC_080389.1:9010223-9010236promoter 内 3092-3105 bp - 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9008719-9009327(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCCATTAGGTATAA
SmilChr02G005124 Chr02 NC_080388.1:72711221-72711234promoter 内 3079-3092 bp - 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 72706994-72710312(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTTTTAGGTAAAC
SmilChr01G006093 Chr01 NC_080387.1:76409592-76409605promoter 内 3053-3066 bp + 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 76405283-76408657(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTAAATAG
SmilChr02G002281 Chr02 NC_080388.1:40296034-40296047promoter 内 3006-3019 bp + 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 40288991-40295052(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCGAAATTT
SmilChr01G002747 Chr01 NC_080387.1:45795134-45795147promoter 内 2965-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45796170-45797467(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTTTTTAGGTAAGG
SmilChr01G002963 Chr01 NC_080387.1:48523219-48523232promoter 内 2895-2908 bp + 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48521423-48522126(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGCTACCTAAAATA
SmilChr02G001367 Chr02 NC_080388.1:25761732-25761745promoter 内 2839-2852 bp - 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 25759521-25760583(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGCATTAGGTAGCA
SmilChr02G001234 Chr02 NC_080388.1:22658767-22658780promoter 内 2825-2838 bp - 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22656557-22657604(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGCATTAGGTAGCA
SmilChr02G004684 Chr02 NC_080388.1:69150964-69150977promoter 内 2770-2783 bp + 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 69146806-69149746(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAAAAGT
SmilChr02G003574 Chr02 NC_080388.1:56901879-56901892promoter 内 2675-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56898632-56900566(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTAAACAA
SmilChr02G004685 Chr02 NC_080388.1:69150964-69150977promoter 内 2516-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 69152449-69154089(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACTTTTAGGTATAA
SmilChr01G003130 Chr01 NC_080387.1:50133120-50133133promoter 内 2427-2440 bp - 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50127737-50131559(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATTTCGGTATAA
SmilChr01G005735 Chr01 NC_080387.1:73481984-73481997promoter 内 2345-2358 bp + 1643 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 73479335-73480341(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTAAATAG
SmilChr02G004579 Chr02 NC_080388.1:68289131-68289144promoter 内 2200-2213 bp + 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 68276587-68287343(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGGCCTAACTCA
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SmilChr03G002021 Chr03 NC_080389.1:30245639-30245652promoter 内 1143-1156 bp - 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 30236730-30242794(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCAGTTAGGCAGTT
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SmilChr03G001813 Chr03 NC_080389.1:24749212-24749225promoter 内 914-927 bp - 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 24752299-24755588(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTTACCTAATGAG