转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003805; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020790-RA_Salv SmilChr04G003805 MIKC_MADS XP_057805691.1 MP00315 TTTCCAAAAAAGGAAAAAA

可能结合的靶基因

9567 个结合位点 7291 个候选靶基因 第 123 / 146 下载 TSV

上一页 123 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001620 Chr04 NC_080390.1:26968731-26968749promoter 内 397-415 bp + 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 26960806-26965145(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTCTCTCTTTTTTTGGTAT
SmilChr02G001768 Chr02 NC_080388.1:32433362-32433380promoter 内 396-414 bp - 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 32427898-32429775(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 AAACCGTAAAAAGAAAAAA
SmilChr01G004114 Chr01 NC_080387.1:59664994-59665012promoter 内 321-339 bp + 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 59668674-59671246(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CGTCCTAAAAAGGAAAAAT
SmilChr01G005455 Chr01 NC_080387.1:71593408-71593426promoter 内 296-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 71588161-71589721(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CTATTTCCTTTTTGGTAAA
SmilChr03G002918 Chr03 NC_080389.1:45938165-45938183promoter 内 242-260 bp - 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45931901-45934424(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CGGCCAAAAAAGGAAAGTT
SmilChr07G000103 Chr07 NC_080393.1:560196-560214promoter 内 186-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 550201-556399(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 AACTTTCCTTTTTTGGCCG
SmilChr01G005632 Chr01 NC_080387.1:72771807-72771825promoter 内 166-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72766936-72767990(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATTTTGCTTTTTTTGTCAA
SmilChr08G001999 Chr08 NC_080394.1:17726664-17726682promoter 内 157-175 bp - 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 17730508-17734003(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 AACTTTCCTTTTTTGGCCG
SmilChr08G001641 Chr08 NC_080394.1:13625160-13625178promoter 内 155-173 bp + 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 13618463-13621332(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 AGATTCCCTTATTTGGAAA
SmilChr02G001447 Chr02 NC_080388.1:27143797-27143815promoter 内 129-147 bp + 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 27137826-27139943(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 AACTTTCCTTTTTTGGCCG
SmilChr02G002695 Chr02 NC_080388.1:46687765-46687783promoter 内 112-130 bp - 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46682644-46683894(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TGGCTTAAAAAGGAAAGTT
SmilChr01G000248 Chr01 NC_080387.1:4674670-4674688promoter 内 6-24 bp + 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4670000-4670693(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ACACTTCTATTTTTGGAAA
SmilChr07G000128 Chr07 NC_080393.1:746620-746638promoter 内 2607-2625 bp - 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 748014-751057(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ACATTTCTATTTTTGGACA
SmilChr07G000126 Chr07 NC_080393.1:746620-746638promoter 内 473-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 737305-743110(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TGTCCAAAAATAGAAATGT
SmilChr07G002832 Chr07 NC_080393.1:28376775-28376793promoter 内 3807-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 28376969-28379671(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CATTTGCTATTTTTGGACA
SmilChr01G001188 Chr01 NC_080387.1:24038252-24038270promoter 内 3779-3797 bp - 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24038474-24039574(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CATTTGCTATTTTTGGACA
SmilChr04G002714 Chr04 NC_080390.1:42755977-42755995promoter 内 3761-3779 bp + 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 42754985-42755755(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CACTTTCCTTTTTGGGCTG
SmilChr02G002096 Chr02 NC_080388.1:37613330-37613348promoter 内 3751-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 37613580-37615449(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GTTTTACCGTTTTTGGTTG
SmilChr01G003268 Chr01 NC_080387.1:51362799-51362817promoter 内 3727-3745 bp + 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 51363073-51369146(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTAGCAAAAAAGGATAGTA
SmilChr02G004934 Chr02 NC_080388.1:71322128-71322146promoter 内 3717-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71322412-71324271(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTATTTCCTTTTCTGGTTG
SmilChr08G002952 Chr08 NC_080394.1:29541677-29541695promoter 内 3621-3639 bp + 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 29542057-29544637(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCTAGAAAGGAAAATG
SmilChr07G000633 Chr07 NC_080393.1:4268326-4268344promoter 内 3591-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4268736-4269328(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTATTTCCTTTTCTGCCAA
SmilChr04G003272 Chr04 NC_080390.1:49411357-49411375promoter 内 3527-3545 bp - 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 49408743-49410901(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CAGCCCAAAAAGGAAAGTG
SmilChr06G001642 Chr06 NC_080392.1:18563321-18563339promoter 内 3526-3544 bp - 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 18563796-18570273(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CATTTGCTATTTTTGGACA
SmilChr02G003317 Chr02 NC_080388.1:54447213-54447231promoter 内 3480-3498 bp - 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 54442745-54446710(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 AGTCCGAAAATAGAAAAAA
SmilChr05G004311 Chr05 NC_080391.1:56797201-56797219promoter 内 3389-3407 bp + 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 56796236-56796607(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATTTTTCCACATTTGGTTT
SmilChr08G001923 Chr08 NC_080394.1:16761122-16761140promoter 内 3345-3363 bp - 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 16761778-16764157(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CACTTTCCTTTTTGGGCTG
SmilChr06G001915 Chr06 NC_080392.1:23155011-23155029promoter 内 3332-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 23155680-23158095(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCGATTAAGGAAACAT
SmilChr02G004676 Chr02 NC_080388.1:69107326-69107344promoter 内 3315-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 69108012-69110559(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTAGCCTTTTTTGGCAC
SmilChr03G004354 Chr03 NC_080389.1:61771688-61771706promoter 内 3303-3321 bp - 680 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 61769014-61771008(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCCCGGAAAGGGAAAAAA
SmilChr03G001203 Chr03 NC_080389.1:13872413-13872431promoter 内 3264-3282 bp - 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 13873150-13876332(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ACATTTCTATTTTTGGACA
SmilChr03G001240 Chr03 NC_080389.1:14288454-14288472promoter 内 3153-3171 bp + 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 14289302-14294842(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TGTCCAAAAATAGAAATGT
SmilChr03G003443 Chr03 NC_080389.1:52807462-52807480promoter 内 3148-3166 bp - 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 52808315-52812795(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTAGGACG
SmilChr03G003445 Chr03 NC_080389.1:52815584-52815602promoter 内 3148-3166 bp - 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 52816437-52820917(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCTTTCCTTTTTAGGACG
SmilChr01G001203 Chr01 NC_080387.1:24253606-24253624promoter 内 3102-3120 bp + 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24250444-24252725(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TACTTGCCTTTTTTGGACG
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