转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 124 / 134 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003600 Chr02 NC_080388.1:57176809-57176821promoter 内 566-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57180244-57180920(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCCACTA
SmilChr01G004082 Chr01 NC_080387.1:59231842-59231854promoter 内 403-415 bp + 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59227164-59228256(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCCGCAG
SmilChr01G003227 Chr01 NC_080387.1:51044869-51044881promoter 内 376-388 bp - 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51039238-51041256(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GACTTTGATAAGG
SmilChr01G002718 Chr01 NC_080387.1:45463909-45463921promoter 内 312-324 bp + 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45457532-45460232(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCATATA
SmilChr03G000959 Chr03 NC_080389.1:10838127-10838139promoter 内 273-285 bp - 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10833250-10834411(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAACTGGATAATA
SmilChr01G002662 Chr01 NC_080387.1:44864560-44864572promoter 内 221-233 bp + 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44868340-44870608(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGAAGTGATAAGG
SmilChr02G003620 Chr02 NC_080388.1:57499981-57499993promoter 内 192-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57494061-57496184(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCACTTTA
SmilChr03G001619 Chr03 NC_080389.1:20660676-20660688promoter 内 188-200 bp + 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 20655934-20656875(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCCGCAG
SmilChr01G003319 Chr01 NC_080387.1:51913808-51913820promoter 内 183-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51907762-51910002(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCGACCA
SmilChr01G006078 Chr01 NC_080387.1:76230792-76230804promoter 内 165-177 bp + 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 76221765-76226968(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCACACT
SmilChr01G005267 Chr01 NC_080387.1:70116672-70116684promoter 内 140-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 70120533-70121264(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTCCCT
SmilChr01G001253 Chr01 NC_080387.1:25168217-25168229promoter 内 114-126 bp + 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 25172104-25174860(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGGAGAGATAAGG
SmilChr02G003895 Chr02 NC_080388.1:61042160-61042172promoter 内 90-102 bp + 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61046071-61049536(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAATGGATAATC
SmilChr01G004109 Chr01 NC_080387.1:59597062-59597074promoter 内 79-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59600984-59603871(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTATCCATTTT
SmilChr01G000273 Chr01 NC_080387.1:5439123-5439135promoter 内 66-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5443058-5444817(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCCGCAG
SmilChr02G001701 Chr02 NC_080388.1:31328630-31328642promoter 内 63-75 bp - 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 31322873-31324704(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAACTGGATAATA
SmilChr01G006092 Chr01 NC_080387.1:76407002-76407014promoter 内 58-70 bp + 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 76400229-76403071(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAATCT
SmilChr02G003507 Chr02 NC_080388.1:56249397-56249409promoter 内 1652-1664 bp - 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 3 56251746-56264745(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
SmilChr02G000060 Chr02 NC_080388.1:774053-774065promoter 内 3580-3592 bp - 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 772169-773644(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTTTACGATAAGG
SmilChr02G001879 Chr02 NC_080388.1:34102241-34102253promoter 内 3175-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 34103067-34110484(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAGTGGATAATT
SmilChr03G002372 Chr03 NC_080389.1:37352227-37352239promoter 内 3128-3140 bp + 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 37349728-37351366(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
SmilChr02G001915 Chr02 NC_080388.1:34481923-34481935promoter 内 2994-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 34473512-34480928(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAGTGGATAATT
SmilChr02G003740 Chr02 NC_080388.1:59064674-59064686promoter 内 2525-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 59059038-59063210(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGTTATCCAGATG
SmilChr01G001987 Chr01 NC_080387.1:35301177-35301189promoter 内 2146-2158 bp + 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 35294455-35299334(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
SmilChr02G003559 Chr02 NC_080388.1:56752278-56752290promoter 内 1577-1589 bp - 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 56754702-56767587(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
SmilChr01G003526 Chr01 NC_080387.1:53890688-53890700promoter 内 1367-1379 bp + 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 53893322-53895242(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATTATGGATAATC
SmilChr01G004291 Chr01 NC_080387.1:61126362-61126374promoter 内 1300-1312 bp + 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 61129063-61132865(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTTGGATAAAG
SmilChr01G004159 Chr01 NC_080387.1:60085890-60085902promoter 内 953-965 bp - 3036 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 60080427-60082854(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAGTCGGATAAGC
SmilChr01G003185 Chr01 NC_080387.1:50608072-50608084promoter 内 3801-3813 bp - 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50608272-50610918(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCATCAA
SmilChr01G003674 Chr01 NC_080387.1:55175047-55175059promoter 内 3790-3802 bp - 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55172598-55174848(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATATGGATAATC
SmilChr02G005081 Chr02 NC_080388.1:72434530-72434542promoter 内 3728-3740 bp + 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72432735-72434269(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
SmilChr02G005380 Chr02 NC_080388.1:74480800-74480812promoter 内 3724-3736 bp + 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 74478315-74480535(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
SmilChr01G000139 Chr01 NC_080387.1:2339414-2339426promoter 内 3715-3727 bp + 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2339700-2341885(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGCGTGGATAATG
SmilChr02G002239 Chr02 NC_080388.1:39736016-39736028promoter 内 3693-3705 bp - 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 39736324-39742802(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTATCCACTTT
SmilChr01G005199 Chr01 NC_080387.1:69673786-69673798promoter 内 3685-3697 bp + 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 69674102-69681886(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTGATGGATAAGT
SmilChr02G004481 Chr02 NC_080388.1:67272117-67272129promoter 内 3660-3672 bp - 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 67268535-67271788(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGCGTGGATAATG
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SmilChr01G000962 Chr01 NC_080387.1:20400753-20400765promoter 内 3631-3643 bp + 358 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20401123-20430750(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGCGTGGATAATG
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SmilChr01G001446 Chr01 NC_080387.1:28158726-28158738promoter 内 3533-3545 bp - 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28159194-28169998(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTATCCATTTC
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SmilChr01G004614 Chr01 NC_080387.1:64094291-64094303promoter 内 3471-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64089102-64093773(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGCGTGGATAATG
SmilChr01G005303 Chr01 NC_080387.1:70304981-70304993promoter 内 3433-3445 bp + 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70305549-70306130(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGCGTGGATAATG
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SmilChr02G001210 Chr02 NC_080388.1:22286917-22286929promoter 内 3429-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22283444-22286357(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCGAGGG
SmilChr02G004851 Chr02 NC_080388.1:70673072-70673084promoter 内 3421-3433 bp - 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70673652-70678006(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
SmilChr01G001988 Chr01 NC_080387.1:35301177-35301189promoter 内 3387-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35301791-35304445(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGCGTGGATAATG
SmilChr02G001530 Chr02 NC_080388.1:28555134-28555146promoter 内 3349-3361 bp + 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28555786-28558459(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAGGTGGATAATA
SmilChr01G006116 Chr01 NC_080387.1:76685886-76685898promoter 内 3330-3342 bp - 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 76682695-76685227(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGCGTGGATAATG