转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 124 / 140 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000254 Chr01 NC_080387.1:4818984-4818998promoter 内 3035-3049 bp - 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4819950-4827593(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCCAACCTAATTGGT
SmilChr01G001596 Chr01 NC_080387.1:30095929-30095943promoter 内 2984-2998 bp - 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 30093211-30094926(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGTTTAAA
SmilChr01G006119 Chr01 NC_080387.1:76717891-76717905promoter 内 2980-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 76718912-76777689(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATGCACCTAAATCCA
SmilChr03G002752 Chr03 NC_080389.1:43747739-43747753promoter 内 2920-2934 bp + 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 43741341-43746672(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATCAACCTAATTAAA
SmilChr01G004885 Chr01 NC_080387.1:66914739-66914753promoter 内 2908-2922 bp - 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 66915832-66919325(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTATACCTAATCATA
SmilChr01G000281 Chr01 NC_080387.1:5523109-5523123promoter 内 2905-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5521374-5522027(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CAACATTAGGTAAAA
SmilChr03G000338 Chr03 NC_080389.1:3843420-3843434promoter 内 2822-2836 bp + 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3839141-3842255(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATTACCTAATTAAC
SmilChr01G000706 Chr01 NC_080387.1:15835552-15835566promoter 内 2779-2793 bp + 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15833440-15834344(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTGGACCTAATTAAG
SmilChr01G005894 Chr01 NC_080387.1:74873675-74873689promoter 内 2696-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74870989-74872384(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATTACCTAATTAAC
SmilChr02G004607 Chr02 NC_080388.1:68568264-68568278promoter 内 2605-2619 bp - 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68569660-68579495(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTAACCTAATATAG
SmilChr03G000980 Chr03 NC_080389.1:11073835-11073849promoter 内 2564-2578 bp - 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 11075272-11146287(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGCACCTAATCTTA
SmilChr02G001970 Chr02 NC_080388.1:35656994-35657008promoter 内 2458-2472 bp + 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35655041-35655465(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GACGACCTAATTAAA
SmilChr03G000563 Chr03 NC_080389.1:6115851-6115865promoter 内 2437-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6117415-6118876(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATTAACTAATTTAT
SmilChr02G003933 Chr02 NC_080388.1:61409073-61409087promoter 内 2428-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 61405369-61407514(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGGAATTAGGTTTAG
SmilChr01G002521 Chr01 NC_080387.1:43182991-43183005promoter 内 2400-2414 bp - 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 43184592-43186017(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATTAACTAATTTAT
SmilChr01G005193 Chr01 NC_080387.1:69625969-69625983promoter 内 2339-2353 bp + 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 69623420-69624321(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTACACCTAACAGCC
SmilChr02G001898 Chr02 NC_080388.1:34276919-34276933promoter 内 2325-2339 bp + 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34271505-34275257(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATTACCTAATATTT
SmilChr02G002912 Chr02 NC_080388.1:49421963-49421977promoter 内 2285-2299 bp - 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49416026-49420261(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAGCGGTAGGTGATC
SmilChr01G000618 Chr01 NC_080387.1:13613533-13613547promoter 内 2275-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13615259-13616095(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTGATTAGGTTAGC
SmilChr01G005110 Chr01 NC_080387.1:68890362-68890376promoter 内 2265-2279 bp + 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68892098-68897551(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCTGTTAGGTGCAA
SmilChr03G002187 Chr03 NC_080389.1:34163651-34163665promoter 内 2258-2272 bp + 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34160780-34161922(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCATACCTAATAACA
SmilChr03G000552 Chr03 NC_080389.1:5973032-5973046promoter 内 2210-2224 bp - 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5974823-5979533(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CACCACCTAAATCCA
SmilChr03G001194 Chr03 NC_080389.1:13751329-13751343promoter 内 2161-2175 bp + 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13753169-13757650(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTAGGTTATG
SmilChr03G000939 Chr03 NC_080389.1:10678919-10678933promoter 内 2090-2104 bp - 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 10680830-10685763(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGCACCTAATCTTA
SmilChr02G003161 Chr02 NC_080388.1:52652779-52652793promoter 内 2071-2085 bp + 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 52654709-52656442(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTAATTAGGTTGAT
SmilChr02G003025 Chr02 NC_080388.1:50926918-50926932promoter 内 2037-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 50923187-50924968(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTAATTAGGTTGAT
SmilChr02G001228 Chr02 NC_080388.1:22574470-22574484promoter 内 2001-2015 bp + 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22576470-22583545(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTTTTTAGGTGGCG
SmilChr02G004520 Chr02 NC_080388.1:67718069-67718083promoter 内 1994-2008 bp - 1993 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 67712220-67716076(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGAAATTAGTTATGG
SmilChr01G000308 Chr01 NC_080387.1:5998246-5998260promoter 内 1954-1968 bp + 2033 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6000293-6003053(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGAAATTAGGTATTA
SmilChr01G001364 Chr01 NC_080387.1:27009977-27009991promoter 内 1868-1882 bp - 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 27012110-27014449(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TACCAACTAATTTAA
SmilChr02G001497 Chr02 NC_080388.1:27905714-27905728promoter 内 1775-1789 bp + 2212 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 27902189-27903502(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCTAACCTAATCATT
SmilChr02G005291 Chr02 NC_080388.1:73909914-73909928promoter 内 1750-1764 bp + 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73906407-73907677(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCGAACCTAATTTCA
SmilChr01G004773 Chr01 NC_080387.1:65920700-65920714promoter 内 1747-1761 bp + 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 65922954-65924552(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTAAATTAGTTCAAG
SmilChr02G005601 Chr02 NC_080388.1:75721707-75721721promoter 内 1735-1749 bp - 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75717850-75719455(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAGGTTTAGGTGCGC
SmilChr01G000381 Chr01 NC_080387.1:7829637-7829651promoter 内 1696-1710 bp - 2291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7822624-7827346(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGAAATTAGTTCAAT
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