转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 125 / 148 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000295 Chr03 NC_080389.1:3395339-3395352promoter 内 415-428 bp + 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3388576-3391766(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTCGTTC
SmilChr01G003684 Chr01 NC_080387.1:55227479-55227492promoter 内 410-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55231070-55233619(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAGTTTAA
SmilChr08G001254 Chr08 NC_080394.1:9955563-9955576promoter 内 327-340 bp + 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9942601-9951902(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCATGTAC
SmilChr04G000997 Chr04 NC_080390.1:13792674-13792687promoter 内 304-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 13796371-13797774(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAAACAAC
SmilChr01G001770 Chr01 NC_080387.1:32577035-32577048promoter 内 269-282 bp + 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32570873-32573316(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAATCGAG
SmilChr04G002033 Chr04 NC_080390.1:33019206-33019219promoter 内 227-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33022980-33027433(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTCGGGTCACGCGA
SmilChr01G003601 Chr01 NC_080387.1:54564928-54564941promoter 内 121-134 bp + 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54568808-54571642(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTACATGCACGTGG
SmilChr07G000789 Chr07 NC_080393.1:5554601-5554614promoter 内 101-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5558501-5563200(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TATAGTTCACGTGC
SmilChr06G000100 Chr06 NC_080392.1:708200-708213promoter 内 86-99 bp - 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 712115-714846(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTTGCCG
SmilChr07G002407 Chr07 NC_080393.1:22418999-22419012promoter 内 74-87 bp - 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22422926-22423922(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCATGTAC
SmilChr04G003856 Chr04 NC_080390.1:54508009-54508022promoter 内 58-71 bp - 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54511952-54514583(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAGAGGAG
SmilChr04G002386 Chr04 NC_080390.1:38403552-38403565promoter 内 9-22 bp + 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 38396918-38399573(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCATGTAC
SmilChr04G004021 Chr04 NC_080390.1:55444847-55444860promoter 内 293-306 bp + 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 55448555-55454161(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAAAAAACACGTGG
SmilChr05G000497 Chr05 NC_080391.1:3891629-3891642promoter 内 3087-3100 bp + 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 3888529-3890728(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAAGTG
SmilChr02G002269 Chr02 NC_080388.1:40146778-40146791promoter 内 2927-2940 bp + 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 40147852-40150693(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGTGTTTCACGTGT
SmilChr05G000106 Chr05 NC_080391.1:684858-684871promoter 内 2602-2615 bp - 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 680867-683472(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATGACTCACGTGA
SmilChr03G001362 Chr03 NC_080389.1:15979141-15979154promoter 内 1779-1792 bp + 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 15981363-15983113(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATGACTCACGTGA
SmilChr04G002860 Chr04 NC_080390.1:44690583-44690596promoter 内 1538-1551 bp - 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 44686587-44688133(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATGACTCACGTGA
SmilChr04G001749 Chr04 NC_080390.1:28799133-28799146promoter 内 1260-1273 bp - 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 28795046-28796405(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATGACTCACGTGA
SmilChr02G003608 Chr02 NC_080388.1:57322359-57322372promoter 内 1231-1244 bp - 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 57314820-57319602(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTGCTTACACGTGG
SmilChr03G003150 Chr03 NC_080389.1:48861305-48861318promoter 内 1099-1112 bp - 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 48857319-48858416(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATGACTCACGTGA
SmilChr03G003154 Chr03 NC_080389.1:48905387-48905400promoter 内 1099-1112 bp + 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 48908289-48909386(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATGACTCACGTGA
SmilChr02G003568 Chr02 NC_080388.1:56860160-56860173promoter 内 963-976 bp - 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 56856467-56857135(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATGACTCACGTGA
SmilChr04G000708 Chr04 NC_080390.1:8256540-8256553promoter 内 20-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 8260521-8264195(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATGACTCACGTGA
SmilChr07G004548 Chr07 NC_080393.1:58194700-58194713promoter 内 3962-3975 bp - 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 58190800-58194674(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGTGTTTCACGTGT
SmilChr06G002186 Chr06 NC_080392.1:30221565-30221578promoter 内 3953-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 30221613-30229095(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TATATTTCACGTGG
SmilChr07G000638 Chr07 NC_080393.1:4300701-4300714promoter 内 3909-3922 bp - 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 4300793-4302837(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAATGGTT
SmilChr02G004879 Chr02 NC_080388.1:70877540-70877553promoter 内 3907-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 70876207-70877459(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTGACATCACGTGA
SmilChr02G002945 Chr02 NC_080388.1:49967184-49967197promoter 内 3854-3867 bp - 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 49966577-49967050(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTTTTTTCACGTGG
SmilChr04G003062 Chr04 NC_080390.1:47181440-47181453promoter 内 3838-3851 bp + 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47181603-47182541(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCTGAGCACGTGG
SmilChr02G000224 Chr02 NC_080388.1:2903729-2903742promoter 内 3799-3812 bp - 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 2900591-2903540(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAAATAACACGTGG
SmilChr01G003080 Chr01 NC_080387.1:49644011-49644024promoter 内 3776-3789 bp - 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 49644236-49647282(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTAGCT
SmilChr08G000447 Chr08 NC_080394.1:3187110-3187123promoter 内 3746-3759 bp + 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3184483-3186868(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAAATATA
SmilChr05G003024 Chr05 NC_080391.1:37780604-37780617promoter 内 3734-3747 bp + 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 37780871-37793984(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTACTCGCACGTGG
SmilChr08G000603 Chr08 NC_080394.1:4476684-4476697promoter 内 3729-3742 bp - 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 4476956-4477027(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATCCATA
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