转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 125 / 135 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003154 Chr02 NC_080388.1:52585822-52585836promoter 内 2517-2531 bp + 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 52587306-52592644(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATAATTTTATCCTT
SmilChr02G001268 Chr02 NC_080388.1:23232542-23232556promoter 内 2511-2525 bp - 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 23234032-23246140(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAAGATT
SmilChr02G001750 Chr02 NC_080388.1:32130714-32130728promoter 内 2496-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 32127430-32129223(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATAAGAGC
SmilChr01G003540 Chr01 NC_080387.1:53998796-53998810promoter 内 2490-2504 bp - 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53997176-53997299(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATGTTATCCTT
SmilChr02G004738 Chr02 NC_080388.1:69592041-69592055promoter 内 2434-2448 bp + 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69587773-69590488(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAAGATT
SmilChr02G005043 Chr02 NC_080388.1:72152124-72152138promoter 内 2286-2300 bp + 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 72146367-72150423(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGGAAAA
SmilChr01G003539 Chr01 NC_080387.1:53998796-53998810promoter 内 2267-2281 bp - 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53996979-53997076(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATGTTATCCTT
SmilChr03G002905 Chr03 NC_080389.1:45803533-45803547promoter 内 2245-2259 bp + 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 45805289-45808881(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTAATGATTATCCTC
SmilChr02G004309 Chr02 NC_080388.1:65459795-65459809promoter 内 2217-2231 bp + 1770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 65461579-65465385(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGTTTTGTTATCCTT
SmilChr02G003438 Chr02 NC_080388.1:55665815-55665829promoter 内 2146-2160 bp + 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55663412-55663974(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAGATAAGGGAGGG
SmilChr01G005541 Chr01 NC_080387.1:72234047-72234061promoter 内 2126-2140 bp + 1861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 72230622-72232186(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGCTTCA
SmilChr03G000057 Chr03 NC_080389.1:535346-535360promoter 内 2119-2133 bp + 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 537228-672388(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCGGCCTTATCTGT
SmilChr01G003538 Chr01 NC_080387.1:53998796-53998810promoter 内 2115-2129 bp - 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53996803-53996924(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATGTTATCCTT
SmilChr01G005817 Chr01 NC_080387.1:74160124-74160138promoter 内 2091-2105 bp - 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 74162034-74165609(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGCCTAG
SmilChr03G000056 Chr03 NC_080389.1:535346-535360promoter 内 1997-2011 bp + 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 532326-533356(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAGATAAGGCCGAT
SmilChr03G000442 Chr03 NC_080389.1:4751141-4751155promoter 内 1995-2009 bp + 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 4748217-4749149(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACGATAAGGATGAA
SmilChr01G005270 Chr01 NC_080387.1:70130027-70130041promoter 内 1965-1979 bp + 2022 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 70132063-70133235(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATACTCTTATCCAG
SmilChr01G000316 Chr01 NC_080387.1:6120152-6120166promoter 内 1907-1921 bp + 2080 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 6116304-6118072(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACCTTTGA
SmilChr01G004463 Chr01 NC_080387.1:62730926-62730940promoter 内 1886-1900 bp + 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 62722437-62728825(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGGATAT
SmilChr01G004514 Chr01 NC_080387.1:63266492-63266506promoter 内 1755-1769 bp + 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63262823-63264260(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACGATAAGGATGAA
SmilChr03G002071 Chr03 NC_080389.1:31603792-31603806promoter 内 1703-1717 bp + 2284 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 31606090-31607582(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCATCCTTATCGAA
SmilChr01G005450 Chr01 NC_080387.1:71564069-71564083promoter 内 1648-1662 bp - 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 71561439-71561730(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTCACCTTATCATG
SmilChr02G005190 Chr02 NC_080388.1:73187277-73187291promoter 内 1647-1661 bp + 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 73189631-73193461(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATCTTATTATCCTT
SmilChr02G001218 Chr02 NC_080388.1:22385542-22385556promoter 内 1641-1655 bp - 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 22376649-22383196(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCTCCATTATCCTT
SmilChr02G004248 Chr02 NC_080388.1:64669451-64669465promoter 内 1635-1649 bp - 2352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 64661246-64667099(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCAAGCTTATCCGG
SmilChr01G005186 Chr01 NC_080387.1:69568341-69568355promoter 内 1625-1639 bp + 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69570717-69574197(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGTATATTATCCTA
SmilChr01G005977 Chr01 NC_080387.1:75438512-75438526promoter 内 1614-1628 bp + 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 75433252-75436139(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGTGATAAGGGTTAC
SmilChr01G000767 Chr01 NC_080387.1:16805089-16805103promoter 内 1610-1624 bp - 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 16798869-16802712(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTGCATTATCCTA
SmilChr01G005783 Chr01 NC_080387.1:73938874-73938888promoter 内 1590-1604 bp + 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 73928699-73936477(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTGATAAGGTATCA
SmilChr02G003281 Chr02 NC_080388.1:54117232-54117246promoter 内 1584-1598 bp - 2403 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54119649-54123277(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATGTAC
SmilChr02G004066 Chr02 NC_080388.1:62950122-62950136promoter 内 1578-1592 bp - 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 62945020-62947713(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCCACCTTATCACG
SmilChr03G001122 Chr03 NC_080389.1:12917101-12917115promoter 内 1413-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 12919689-12925466(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAAGTCTTATCCAG
SmilChr01G005522 Chr01 NC_080387.1:72032885-72032899promoter 内 1378-1392 bp + 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 72028792-72030276(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGCTTCA
SmilChr03G001300 Chr03 NC_080389.1:15227447-15227461promoter 内 1355-1369 bp - 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 15222696-15224815(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAATGCTTATCCTG
SmilChr02G002562 Chr02 NC_080388.1:44570031-44570045promoter 内 1335-1349 bp - 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 44564245-44567379(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGCATCATATCCTC
SmilChr02G000813 Chr02 NC_080388.1:13618898-13618912promoter 内 1330-1344 bp - 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 13613944-13616241(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTGCATTATCCTA
SmilChr03G001292 Chr03 NC_080389.1:15123396-15123410promoter 内 1315-1329 bp - 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 15126082-15131174(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGGATAAGCTAGTT
SmilChr01G001272 Chr01 NC_080387.1:25400433-25400447promoter 内 1189-1203 bp - 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 25403245-25405945(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACGATAAGGATGAA
SmilChr02G003388 Chr02 NC_080388.1:54980829-54980843promoter 内 1149-1163 bp - 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54983681-54986207(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGATGCAG
SmilChr02G001649 Chr02 NC_080388.1:30583583-30583597promoter 内 1101-1115 bp - 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30586483-30588566(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGCTTCA
SmilChr01G000806 Chr01 NC_080387.1:17437772-17437786promoter 内 984-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 17431542-17434769(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGTTTCGA
SmilChr03G000051 Chr03 NC_080389.1:511678-511692promoter 内 984-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 514695-517585(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATATACATTATCCTG
SmilChr01G002386 Chr01 NC_080387.1:41111356-41111370promoter 内 977-991 bp - 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 41098661-41108346(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGCCCCTTATCCCT
SmilChr01G003119 Chr01 NC_080387.1:50007232-50007246promoter 内 966-980 bp - 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 50002361-50004211(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACATCTTTATCCTA
SmilChr01G005927 Chr01 NC_080387.1:75072994-75073008promoter 内 949-963 bp + 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 75064532-75069956(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCGGATAAGCTTGAT
SmilChr01G005526 Chr01 NC_080387.1:72134314-72134328promoter 内 872-886 bp + 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 72128404-72131199(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATCTTGAT
SmilChr01G004591 Chr01 NC_080387.1:63921258-63921272promoter 内 837-851 bp - 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63914506-63918108(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATAAGATTATCCTT
SmilChr01G003197 Chr01 NC_080387.1:50742247-50742261promoter 内 757-771 bp + 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 50734261-50739017(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCGGATAAGGCAAAA
SmilChr02G003838 Chr02 NC_080388.1:60072137-60072151promoter 内 699-713 bp - 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 60067055-60068849(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAAGTCTTATCCAG
SmilChr01G005928 Chr01 NC_080387.1:75072994-75073008promoter 内 589-603 bp + 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 75076406-75077641(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCAAGCTTATCCGG