转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022202-RA_Salv SmilChr02G005502 bHLH XP_057792768.1 MP00082 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 126 / 136 下载 TSV

上一页 126 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003481 Chr02 NC_080388.1:56088650-56088657promoter 内 1314-1321 bp + 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 56091337-56093015(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr01G001606 Chr01 NC_080387.1:30220089-30220096promoter 内 1313-1320 bp + 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 30216246-30217408(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr03G004355 Chr03 NC_080389.1:61770278-61770285promoter 内 1313-1320 bp - 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 61772966-61776806(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr04G003255 Chr04 NC_080390.1:49298021-49298028promoter 内 1308-1315 bp + 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 49293159-49295335(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr02G000741 Chr02 NC_080388.1:11990037-11990044promoter 内 1306-1313 bp + 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 11992732-11993646(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr05G004233 Chr05 NC_080391.1:56157746-56157753promoter 内 1306-1313 bp - 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 56146778-56155058(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr02G003537 Chr02 NC_080388.1:56515234-56515241promoter 内 1301-1308 bp + 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 56517934-56519916(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr08G002127 Chr08 NC_080394.1:19156437-19156444promoter 内 1299-1306 bp + 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 19152387-19153742(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr02G000099 Chr02 NC_080388.1:1277111-1277118promoter 内 1294-1301 bp + 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 1279818-1284135(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr02G001316 Chr02 NC_080388.1:24476677-24476684promoter 内 1294-1301 bp + 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 24470867-24473977(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr01G004302 Chr01 NC_080387.1:61193833-61193840promoter 内 1293-1300 bp + 2701 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 61196541-61197712(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr01G000097 Chr01 NC_080387.1:1707581-1707588promoter 内 1289-1296 bp - 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 1710293-1712140(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr07G003379 Chr07 NC_080393.1:36549616-36549623promoter 内 1289-1296 bp + 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 36552328-36556762(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr07G003328 Chr07 NC_080393.1:35529733-35529740promoter 内 1286-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 35532448-35535334(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr02G000121 Chr02 NC_080388.1:1638159-1638166promoter 内 1285-1292 bp - 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 1631201-1635450(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr04G000251 Chr04 NC_080390.1:2285781-2285788promoter 内 1283-1290 bp - 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 2288499-2291230(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr08G004884 Chr08 NC_080394.1:57920866-57920873promoter 内 1283-1290 bp + 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 57913975-57918155(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr01G005476 Chr01 NC_080387.1:71752308-71752315promoter 内 1282-1289 bp - 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 71741721-71749596(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr03G004356 Chr03 NC_080389.1:61770278-61770285promoter 内 1282-1289 bp - 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 61772997-61773938(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr04G002860 Chr04 NC_080390.1:44690846-44690853promoter 内 1281-1288 bp - 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 44686587-44688133(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr07G000315 Chr07 NC_080393.1:2109923-2109930promoter 内 1280-1287 bp - 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 2104289-2107209(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr07G000556 Chr07 NC_080393.1:3840946-3840953promoter 内 1280-1287 bp - 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 3836456-3838232(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr05G000658 Chr05 NC_080391.1:4956245-4956252promoter 内 1278-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 4951831-4953529(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr08G002092 Chr08 NC_080394.1:18812380-18812387promoter 内 1275-1282 bp - 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 18815106-18997620(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr02G001703 Chr02 NC_080388.1:31333430-31333437promoter 内 1274-1281 bp - 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 31328881-31330710(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr01G005573 Chr01 NC_080387.1:72482769-72482776promoter 内 1273-1280 bp + 2721 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 72485497-72488218(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr08G002310 Chr08 NC_080394.1:21772592-21772599promoter 内 1273-1280 bp - 2721 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 21775320-21776098(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr01G000703 Chr01 NC_080387.1:15825376-15825383promoter 内 1272-1279 bp + 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 15821262-15822654(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr01G002876 Chr01 NC_080387.1:47343575-47343582promoter 内 1272-1279 bp + 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 47346304-47347005(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr01G001516 Chr01 NC_080387.1:29009996-29010003promoter 内 1269-1276 bp - 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 29002455-29007271(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr03G004252 Chr03 NC_080389.1:60992601-60992608promoter 内 1267-1274 bp - 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 60995335-61000124(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr05G001568 Chr05 NC_080391.1:14338943-14338950promoter 内 1262-1269 bp - 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 14335564-14336211(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr08G001951 Chr08 NC_080394.1:17167378-17167385promoter 内 1260-1267 bp - 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 17170119-17176994(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr01G004633 Chr01 NC_080387.1:64354769-64354776promoter 内 1257-1264 bp + 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 64357513-64358550(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGT
SmilChr02G001053 Chr02 NC_080388.1:18777928-18777935promoter 内 1257-1264 bp - 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 18780672-18786763(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
SmilChr02G004994 Chr02 NC_080388.1:71790968-71790975promoter 内 1257-1264 bp + 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 71784979-71788231(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 ACACGTGA
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