靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00022202-RA_Salv |
SmilChr02G005502 |
bHLH | XP_057792768.1 |
MP00082 |
TCACGTGG |
9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 126 / 136 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G003481 |
Chr02 | NC_080388.1:56088650-56088657promoter 内 1314-1321 bp |
+ | 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 56091337-56093015(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr01G001606 |
Chr01 | NC_080387.1:30220089-30220096promoter 内 1313-1320 bp |
+ | 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 30216246-30217408(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr03G004355 |
Chr03 | NC_080389.1:61770278-61770285promoter 内 1313-1320 bp |
- | 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 61772966-61776806(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr04G003255 |
Chr04 | NC_080390.1:49298021-49298028promoter 内 1308-1315 bp |
+ | 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 49293159-49295335(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr02G000741 |
Chr02 | NC_080388.1:11990037-11990044promoter 内 1306-1313 bp |
+ | 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 11992732-11993646(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr05G004233 |
Chr05 | NC_080391.1:56157746-56157753promoter 内 1306-1313 bp |
- | 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 56146778-56155058(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr02G003537 |
Chr02 | NC_080388.1:56515234-56515241promoter 内 1301-1308 bp |
+ | 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 56517934-56519916(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr08G002127 |
Chr08 | NC_080394.1:19156437-19156444promoter 内 1299-1306 bp |
+ | 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 19152387-19153742(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr02G000099 |
Chr02 | NC_080388.1:1277111-1277118promoter 内 1294-1301 bp |
+ | 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 1279818-1284135(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr02G001316 |
Chr02 | NC_080388.1:24476677-24476684promoter 内 1294-1301 bp |
+ | 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 24470867-24473977(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr01G004302 |
Chr01 | NC_080387.1:61193833-61193840promoter 内 1293-1300 bp |
+ | 2701 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 61196541-61197712(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr01G000097 |
Chr01 | NC_080387.1:1707581-1707588promoter 内 1289-1296 bp |
- | 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 1710293-1712140(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr07G003379 |
Chr07 | NC_080393.1:36549616-36549623promoter 内 1289-1296 bp |
+ | 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 36552328-36556762(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr07G003328 |
Chr07 | NC_080393.1:35529733-35529740promoter 内 1286-1293 bp |
- | 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 35532448-35535334(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr02G000121 |
Chr02 | NC_080388.1:1638159-1638166promoter 内 1285-1292 bp |
- | 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 1631201-1635450(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr04G000251 |
Chr04 | NC_080390.1:2285781-2285788promoter 内 1283-1290 bp |
- | 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 2288499-2291230(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr08G004884 |
Chr08 | NC_080394.1:57920866-57920873promoter 内 1283-1290 bp |
+ | 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 57913975-57918155(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr01G005476 |
Chr01 | NC_080387.1:71752308-71752315promoter 内 1282-1289 bp |
- | 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 71741721-71749596(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr03G004356 |
Chr03 | NC_080389.1:61770278-61770285promoter 内 1282-1289 bp |
- | 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 61772997-61773938(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr04G002860 |
Chr04 | NC_080390.1:44690846-44690853promoter 内 1281-1288 bp |
- | 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 44686587-44688133(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr07G000315 |
Chr07 | NC_080393.1:2109923-2109930promoter 内 1280-1287 bp |
- | 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 2104289-2107209(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr07G000556 |
Chr07 | NC_080393.1:3840946-3840953promoter 内 1280-1287 bp |
- | 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 3836456-3838232(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr05G000658 |
Chr05 | NC_080391.1:4956245-4956252promoter 内 1278-1285 bp |
- | 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 4951831-4953529(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr08G002092 |
Chr08 | NC_080394.1:18812380-18812387promoter 内 1275-1282 bp |
- | 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 18815106-18997620(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr02G001703 |
Chr02 | NC_080388.1:31333430-31333437promoter 内 1274-1281 bp |
- | 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 31328881-31330710(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr01G005573 |
Chr01 | NC_080387.1:72482769-72482776promoter 内 1273-1280 bp |
+ | 2721 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 72485497-72488218(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr08G002310 |
Chr08 | NC_080394.1:21772592-21772599promoter 内 1273-1280 bp |
- | 2721 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 21775320-21776098(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr01G000703 |
Chr01 | NC_080387.1:15825376-15825383promoter 内 1272-1279 bp |
+ | 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 15821262-15822654(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr01G002876 |
Chr01 | NC_080387.1:47343575-47343582promoter 内 1272-1279 bp |
+ | 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 47346304-47347005(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr01G001516 |
Chr01 | NC_080387.1:29009996-29010003promoter 内 1269-1276 bp |
- | 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 29002455-29007271(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr03G004252 |
Chr03 | NC_080389.1:60992601-60992608promoter 内 1267-1274 bp |
- | 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 60995335-61000124(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr05G001568 |
Chr05 | NC_080391.1:14338943-14338950promoter 内 1262-1269 bp |
- | 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 14335564-14336211(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr08G001951 |
Chr08 | NC_080394.1:17167378-17167385promoter 内 1260-1267 bp |
- | 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 17170119-17176994(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr01G004633 |
Chr01 | NC_080387.1:64354769-64354776promoter 内 1257-1264 bp |
+ | 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 64357513-64358550(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr02G001053 |
Chr02 | NC_080388.1:18777928-18777935promoter 内 1257-1264 bp |
- | 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 18780672-18786763(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr02G004994 |
Chr02 | NC_080388.1:71790968-71790975promoter 内 1257-1264 bp |
+ | 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 71784979-71788231(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr01G001224 |
Chr01 | NC_080387.1:24528287-24528294promoter 内 1255-1262 bp |
- | 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 24524688-24525548(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr01G004919 |
Chr01 | NC_080387.1:67274248-67274255promoter 内 1254-1261 bp |
+ | 2740 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 67276995-67278442(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr04G002227 |
Chr04 | NC_080390.1:35985981-35985988promoter 内 1254-1261 bp |
+ | 2740 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 35988728-35991869(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr02G001837 |
Chr02 | NC_080388.1:33476222-33476229promoter 内 1253-1260 bp |
+ | 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 33471214-33473481(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
SmilChr04G002749 |
Chr04 | NC_080390.1:43169802-43169809promoter 内 1251-1258 bp |
+ | 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 43164900-43167059(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
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- | 2751 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 16175692-16178560(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr05G003716 |
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- | 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 50284104-50285354(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
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- | 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 3357796-3359056(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
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- | 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 19622822-19627835(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
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+ | 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 3490491-3491770(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |
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SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
TCACGTGT |
SmilChr07G000977 |
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+ | 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 7109618-7113968(-) |
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MP00082 |
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SmilChr03G000994 |
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+ | 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.9/ 100 | 1 | 11306232-11307724(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
ACACGTGA |