转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00015812-RA_Salv SmilChr04G000094 YABBY XP_057807365.1 MP00620 CAATCATAAT

可能结合的靶基因

9844 个结合位点 6504 个候选靶基因 第 127 / 131 下载 TSV

上一页 127 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002626 Chr02 NC_080388.1:45602328-45602337promoter 内 3829-3838 bp + 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45602500-45611229(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATATC
SmilChr01G003124 Chr01 NC_080387.1:50068991-50069000promoter 内 3823-3832 bp + 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50067561-50068822(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTGATGATTG
SmilChr03G000882 Chr03 NC_080389.1:10016282-10016291promoter 内 3760-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10011657-10016050(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr01G000883 Chr01 NC_080387.1:18799073-18799082promoter 内 3756-3765 bp + 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18799318-18799794(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr02G004936 Chr02 NC_080388.1:71338279-71338288promoter 内 3754-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71335126-71338041(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GAATCATAAG
SmilChr01G000869 Chr01 NC_080387.1:18552339-18552348promoter 内 3753-3762 bp - 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18551636-18552100(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr01G000871 Chr01 NC_080387.1:18588711-18588720promoter 内 3753-3762 bp - 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18588008-18588472(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr02G004699 Chr02 NC_080388.1:69310994-69311003promoter 内 3748-3757 bp + 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69305938-69310750(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GATATGATTG
SmilChr01G000577 Chr01 NC_080387.1:11991688-11991697promoter 内 3742-3751 bp + 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11991947-11992411(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr02G001130 Chr02 NC_080388.1:20437389-20437398promoter 内 3741-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 20436674-20437138(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr03G001195 Chr03 NC_080389.1:13774445-13774454promoter 内 3741-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13773730-13774194(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr01G000816 Chr01 NC_080387.1:17602928-17602937promoter 内 3740-3749 bp - 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17602212-17602676(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr02G000856 Chr02 NC_080388.1:14605075-14605084promoter 内 3734-3743 bp + 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14605342-14605797(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr02G000862 Chr02 NC_080388.1:14805867-14805876promoter 内 3734-3743 bp + 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14806134-14806589(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr02G005590 Chr02 NC_080388.1:75688723-75688732promoter 内 3663-3672 bp - 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 75687281-75688394(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATATC
SmilChr01G002986 Chr01 NC_080387.1:48792689-48792698promoter 内 3662-3671 bp + 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48792039-48792359(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTC
SmilChr01G005058 Chr01 NC_080387.1:68496884-68496893promoter 内 3630-3639 bp - 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68497255-68498694(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GATATGATTG
SmilChr02G001290 Chr02 NC_080388.1:23726324-23726333promoter 内 3605-3614 bp - 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 23724213-23725937(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr02G003348 Chr02 NC_080388.1:54684954-54684963promoter 内 3595-3604 bp + 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54685360-54688297(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr03G001190 Chr03 NC_080389.1:13702399-13702408promoter 内 3555-3564 bp + 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13699601-13701962(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GATATGATTG
SmilChr02G004944 Chr02 NC_080388.1:71401017-71401026promoter 内 3554-3563 bp - 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71396097-71400579(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GAATCATAAG
SmilChr01G002585 Chr01 NC_080387.1:43994357-43994366promoter 内 3536-3545 bp - 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43985532-43993901(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr02G004372 Chr02 NC_080388.1:66072833-66072842promoter 内 3524-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 66071276-66072365(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GATATGATTG
SmilChr01G004254 Chr01 NC_080387.1:60826960-60826969promoter 内 3523-3532 bp + 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60827438-60828265(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GAATCATAAG
SmilChr03G001189 Chr03 NC_080389.1:13691613-13691622promoter 内 3494-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13688763-13691115(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GATATGATTG
SmilChr01G004365 Chr01 NC_080387.1:61838949-61838958promoter 内 3472-3481 bp - 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61839478-61842573(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTC
SmilChr02G004685 Chr02 NC_080388.1:69151887-69151896promoter 内 3439-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69152449-69154089(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATATC
SmilChr01G002888 Chr01 NC_080387.1:47543892-47543901promoter 内 3411-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47538029-47543311(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATATC
SmilChr01G001624 Chr01 NC_080387.1:30329643-30329652promoter 内 3404-3413 bp + 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 30328983-30329055(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GATATGATTG
SmilChr01G005165 Chr01 NC_080387.1:69428344-69428353promoter 内 3385-3394 bp + 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69428960-69430316(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATATC
SmilChr01G004661 Chr01 NC_080387.1:64718288-64718297promoter 内 3348-3357 bp + 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64718941-64721423(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr03G000149 Chr03 NC_080389.1:1630130-1630139promoter 内 3335-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1630796-1633138(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GAATCATAAG
SmilChr01G000967 Chr01 NC_080387.1:20514058-20514067promoter 内 3323-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 20514736-20517654(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATCAG
SmilChr01G002170 Chr01 NC_080387.1:37802860-37802869promoter 内 3315-3324 bp + 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37799636-37802183(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GATATGATTG
SmilChr02G002762 Chr02 NC_080388.1:47686215-47686224promoter 内 3313-3322 bp + 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47680166-47685536(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GATATGATTG
SmilChr03G000773 Chr03 NC_080389.1:8812064-8812073promoter 内 3290-3299 bp - 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8812775-8814487(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTC
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