转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 128 / 138 下载 TSV

上一页 128 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003263 Chr04 NC_080390.1:49363095-49363109promoter 内 699-713 bp - 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49359417-49359807(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCTCATAGACCGTTG
SmilChr07G000808 Chr07 NC_080393.1:5697954-5697968promoter 内 619-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5692776-5694586(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCTTTAATG
SmilChr06G001010 Chr06 NC_080392.1:9996382-9996396promoter 内 575-589 bp + 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 9989408-9992970(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTAGATC
SmilChr07G000186 Chr07 NC_080393.1:1175490-1175504promoter 内 540-554 bp - 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1178951-1180616(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTAGAAAA
SmilChr05G003905 Chr05 NC_080391.1:52791193-52791207promoter 内 523-537 bp + 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 52794671-52794754(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACACCCAAACCGTTG
SmilChr05G003180 Chr05 NC_080391.1:40717883-40717897promoter 内 497-511 bp - 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 40721387-40725838(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTCGTTA
SmilChr06G000880 Chr06 NC_080392.1:8344285-8344299promoter 内 492-506 bp - 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 8347794-8350675(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGGCCTAG
SmilChr03G000390 Chr03 NC_080389.1:4303462-4303476promoter 内 424-438 bp + 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4307039-4308805(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTGCACTACCGTTG
SmilChr02G002325 Chr02 NC_080388.1:40921785-40921799promoter 内 423-437 bp + 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 40925363-40926307(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGCAGTCTACCGTTG
SmilChr01G005506 Chr01 NC_080387.1:71916585-71916599promoter 内 377-391 bp + 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 71920209-71927452(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTTATGACCGTAA
SmilChr08G003747 Chr08 NC_080394.1:42490903-42490917promoter 内 362-376 bp - 3625 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 42486397-42487278(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCTACAAACCGTTG
SmilChr01G000574 Chr01 NC_080387.1:11912629-11912643promoter 内 260-274 bp + 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 11916370-11919874(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGCTTGACCGTTT
SmilChr07G000184 Chr07 NC_080393.1:1175490-1175504promoter 内 237-251 bp - 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1169473-1171740(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTCTAGACCGTTA
SmilChr08G004444 Chr08 NC_080394.1:54157584-54157598promoter 内 183-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54151691-54153780(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGCCCCCA
SmilChr01G000652 Chr01 NC_080387.1:14506306-14506320promoter 内 132-146 bp + 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14501665-14502451(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGGATCAA
SmilChr05G002424 Chr05 NC_080391.1:26737908-26737922promoter 内 126-140 bp + 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 26730260-26734047(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGAAGGTA
SmilChr04G000989 Chr04 NC_080390.1:13429715-13429729promoter 内 51-65 bp + 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13425042-13425779(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTCGTTA
SmilChr04G000144 Chr04 NC_080390.1:1244871-1244885promoter 内 27-41 bp + 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1248845-1259176(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTAACGACCGTTT
SmilChr07G001053 Chr07 NC_080393.1:7687702-7687716promoter 内 1854-1868 bp + 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 7689849-7689933(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCACACAAACCGTTG
SmilChr01G002761 Chr01 NC_080387.1:46015898-46015912promoter 内 1077-1091 bp + 2910 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 46007200-46012988(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTAACACT
SmilChr02G002362 Chr02 NC_080388.1:41400367-41400381promoter 内 3971-3985 bp - 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 41400397-41402231(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTTCCTGA
SmilChr03G003760 Chr03 NC_080389.1:56727543-56727557promoter 内 3945-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56727599-56729690(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTAACACT
SmilChr03G002501 Chr03 NC_080389.1:39841782-39841796promoter 内 3880-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 39841903-39857654(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCTCATACA
SmilChr03G000909 Chr03 NC_080389.1:10417006-10417020promoter 内 3705-3719 bp + 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 10414546-10416724(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGGGTGAA
SmilChr07G002835 Chr07 NC_080393.1:28393173-28393187promoter 内 3699-3713 bp + 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 28393475-28394035(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGTCCACTACCGTTG
SmilChr06G002785 Chr06 NC_080392.1:40522682-40522696promoter 内 3652-3666 bp + 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 40523031-40524495(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTTCGGACCGTTT
SmilChr04G004138 Chr04 NC_080390.1:56177326-56177340promoter 内 3651-3665 bp + 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56174932-56176990(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGGTGAAA
SmilChr07G001944 Chr07 NC_080393.1:16856513-16856527promoter 内 3633-3647 bp - 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 16853695-16856159(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTTTGGACCGTTT
SmilChr08G002574 Chr08 NC_080394.1:25084898-25084912promoter 内 3628-3642 bp + 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 25085271-25085928(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTTTGGACCGTTT
SmilChr05G001153 Chr05 NC_080391.1:9681649-9681663promoter 内 3505-3519 bp + 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9679754-9681167(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGTACATATTTT
SmilChr01G004032 Chr01 NC_080387.1:58740491-58740505promoter 内 3444-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 58741048-58757991(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTACGTGTACCGTTG
SmilChr08G001819 Chr08 NC_080394.1:15354980-15354994promoter 内 3366-3380 bp + 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 15355615-15358122(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACTCAAAGACCGTTA
SmilChr02G004472 Chr02 NC_080388.1:67106445-67106459promoter 内 3284-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 67107162-67112851(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAAACAGACCGTTT
SmilChr07G001822 Chr07 NC_080393.1:15723763-15723777promoter 内 3190-3204 bp - 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 15718989-15722966(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGCAACAAACCGTTG
SmilChr08G002573 Chr08 NC_080394.1:25084898-25084912promoter 内 3184-3198 bp + 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 25083388-25084095(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCCAAAAAA
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