转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 129 / 148 下载 TSV

上一页 129 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002878 Chr06 NC_080392.1:41599385-41599398promoter 内 723-736 bp - 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41589278-41596120(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGATTTTCACGTGA
SmilChr04G004115 Chr04 NC_080390.1:56060537-56060550promoter 内 670-683 bp - 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56052787-56057219(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGGAAATCACGTGT
SmilChr06G001801 Chr06 NC_080392.1:21179706-21179719promoter 内 652-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 21183055-21184582(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGTGTTTCACGTGT
SmilChr02G005341 Chr02 NC_080388.1:74245067-74245080promoter 内 648-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 74248420-74250670(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACTGAAT
SmilChr05G002682 Chr05 NC_080391.1:30365347-30365360promoter 内 592-605 bp - 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 30360350-30361951(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTGAGATCACGTGA
SmilChr08G000448 Chr08 NC_080394.1:3187110-3187123promoter 内 570-583 bp + 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3190541-3191670(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TATATTTCACGTGG
SmilChr07G000818 Chr07 NC_080393.1:5773155-5773168promoter 内 534-547 bp - 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5776622-5777873(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTAAACAT
SmilChr01G001789 Chr01 NC_080387.1:32748442-32748455promoter 内 458-471 bp + 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32751985-32754320(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGACTTTCACGTGC
SmilChr06G000145 Chr06 NC_080392.1:1016895-1016908promoter 内 449-462 bp - 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1012751-1013356(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAAAACTCACGTGA
SmilChr02G004126 Chr02 NC_080388.1:63505726-63505739promoter 内 405-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 63509322-63511553(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACCAAACACGTGG
SmilChr03G003014 Chr03 NC_080389.1:47034541-47034554promoter 内 358-371 bp + 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47029132-47030911(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTCGAAC
SmilChr05G002536 Chr05 NC_080391.1:28313946-28313959promoter 内 322-335 bp + 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 28304812-28310280(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTTCTTG
SmilChr02G004682 Chr02 NC_080388.1:69142688-69142701promoter 内 280-293 bp + 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 69138544-69138980(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGATACTAC
SmilChr03G001455 Chr03 NC_080389.1:17383826-17383839promoter 内 222-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 17377904-17380060(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGTGTTTCACGTGT
SmilChr01G000355 Chr01 NC_080387.1:7356702-7356715promoter 内 191-204 bp - 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7344787-7352905(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACCAAACACGTGG
SmilChr08G000605 Chr08 NC_080394.1:4476684-4476697promoter 内 180-193 bp - 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 4480505-4485556(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATCCATA
SmilChr06G002122 Chr06 NC_080392.1:28468263-28468276promoter 内 173-186 bp - 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 28472091-28472936(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAAAAAAC
SmilChr05G004168 Chr05 NC_080391.1:55594250-55594263promoter 内 162-175 bp + 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55587514-55590424(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCGTATAT
SmilChr04G003060 Chr04 NC_080390.1:47181440-47181453promoter 内 146-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47175323-47177598(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTCAGAT
SmilChr01G001752 Chr01 NC_080387.1:32245645-32245658promoter 内 69-82 bp + 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32249577-32251817(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGGTAATCACGTGC
SmilChr02G002812 Chr02 NC_080388.1:48174395-48174408promoter 内 31-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 48178365-48180165(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGTGTTTCACGTGT
SmilChr02G003671 Chr02 NC_080388.1:58099520-58099533promoter 内 3531-3544 bp + 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 3 58099990-58102023(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAGCTTCACGTGA
SmilChr03G004318 Chr03 NC_080389.1:61542953-61542966promoter 内 2200-2213 bp - 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 61531805-61541165(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAATATCACGTGA
SmilChr01G000246 Chr01 NC_080387.1:4586273-4586286promoter 内 3961-3974 bp + 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4586313-4590263(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAGTCTACACGTGG
SmilChr05G001281 Chr05 NC_080391.1:10966731-10966744promoter 内 3916-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 10966167-10966659(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCATGCAT
SmilChr03G004231 Chr03 NC_080389.1:60850336-60850349promoter 内 3888-3901 bp - 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60850449-60852672(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGATCAGCT
SmilChr01G005878 Chr01 NC_080387.1:74724369-74724382promoter 内 3867-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74721717-74724248(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTATGCAA
SmilChr03G000597 Chr03 NC_080389.1:6622190-6622203promoter 内 3827-3840 bp + 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6620388-6622029(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAAATTTC
SmilChr05G002195 Chr05 NC_080391.1:23430328-23430341promoter 内 3820-3833 bp + 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23428365-23430160(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAGACAAA
SmilChr07G000341 Chr07 NC_080393.1:2314919-2314932promoter 内 3706-3719 bp + 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 2312536-2314637(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATGGACT
SmilChr03G004542 Chr03 NC_080389.1:63429522-63429535promoter 内 3703-3716 bp + 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 63429820-63431178(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTAAGTTCACGTGT
SmilChr02G002428 Chr02 NC_080388.1:42267964-42267977promoter 内 3673-3686 bp - 315 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 42268292-42268364(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGATCCTAG
SmilChr05G000839 Chr05 NC_080391.1:6636221-6636234promoter 内 3590-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6634128-6635823(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTGACAA
SmilChr02G003979 Chr02 NC_080388.1:62055097-62055110promoter 内 3581-3594 bp + 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 62055517-62057055(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATACTTTCACGTGG
SmilChr04G000621 Chr04 NC_080390.1:7038535-7038548promoter 内 3502-3515 bp - 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7037654-7038049(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TACACTTCACGTGT
SmilChr07G000215 Chr07 NC_080393.1:1381187-1381200promoter 内 3500-3513 bp - 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1377815-1380699(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTAAAACACGTGG
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SmilChr01G001739 Chr01 NC_080387.1:32020146-32020159promoter 内 3412-3425 bp + 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32015658-32019570(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTCAGTT
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