转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 129 / 152 下载 TSV

上一页 129 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001724 Chr03 NC_080389.1:23133762-23133780promoter 内 2632-2650 bp + 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 23135131-23141677(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCCAACAACCACCACAAT
SmilChr03G001545 Chr03 NC_080389.1:19386558-19386576promoter 内 2627-2645 bp - 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 19383634-19385202(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCAA
SmilChr01G003680 Chr01 NC_080387.1:55210379-55210397promoter 内 2589-2607 bp + 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55211791-55214783(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATTATCAACCACTGAAGC
SmilChr02G002234 Chr02 NC_080388.1:39676110-39676128promoter 内 2559-2577 bp - 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 39677552-39681626(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGGGGGTGGTTAGGGGTA
SmilChr03G000141 Chr03 NC_080389.1:1547365-1547383promoter 内 2526-2544 bp + 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1537730-1545908(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCAAGATGGTTGGTGGAA
SmilChr04G002288 Chr04 NC_080390.1:37168430-37168448promoter 内 2495-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37169936-37171128(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTTTGGTGGTTGATCATA
SmilChr04G002496 Chr04 NC_080390.1:39885370-39885388promoter 内 2458-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 39880469-39883845(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGCCACCACCACCTCCCC
SmilChr01G001338 Chr01 NC_080387.1:26606886-26606904promoter 内 2430-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26608457-26614485(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGAAAGTGGTTGTCCTTG
SmilChr02G003414 Chr02 NC_080388.1:55335571-55335589promoter 内 2425-2443 bp + 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55337147-55338223(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTATGACAACCACTCCCCT
SmilChr03G002610 Chr03 NC_080389.1:41522437-41522455promoter 内 2418-2436 bp + 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41520767-41520872(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCTGGGTGGTTGTGGAAC
SmilChr02G004906 Chr02 NC_080388.1:71051039-71051057promoter 内 2375-2393 bp + 1608 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 71045183-71049431(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGGATTTGGTTGGGCTCG
SmilChr02G002024 Chr02 NC_080388.1:36458975-36458993promoter 内 2358-2376 bp - 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 36460618-36461580(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGGGGGTGGTTAGGGGTA
SmilChr03G002612 Chr03 NC_080389.1:41522437-41522455promoter 内 2268-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41524170-41524241(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTCCACAACCACCCAGAG
SmilChr01G006142 Chr01 NC_080387.1:76924076-76924094promoter 内 2256-2274 bp + 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 76918324-76922349(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCAAGATGGTTGGTGGAA
SmilChr02G004340 Chr02 NC_080388.1:65643104-65643122promoter 内 2248-2266 bp - 1735 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 65644857-65647214(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGCTAGTGGTTGTGAATG
SmilChr01G002445 Chr01 NC_080387.1:42039298-42039316promoter 内 2243-2261 bp + 1740 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 42041056-42044875(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCTTTCAACCACAGAGGC
SmilChr01G002487 Chr01 NC_080387.1:42599475-42599493promoter 内 2240-2258 bp + 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 42601236-42602303(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATCCACAACCACATACAA
SmilChr04G000276 Chr04 NC_080390.1:2533238-2533256promoter 内 2210-2228 bp - 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2535029-2539124(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATAAAGTGGTTGTAAGTT
SmilChr02G001498 Chr02 NC_080388.1:27938309-27938327promoter 内 2187-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27933258-27936513(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTTTGTGGTTGACGTCA
SmilChr02G004719 Chr02 NC_080388.1:69450441-69450459promoter 内 2174-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 69448186-69448632(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATGAAGTGGTTGATTTTT
SmilChr04G001753 Chr04 NC_080390.1:28843754-28843772promoter 内 2165-2183 bp - 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 28845590-28848768(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGTGAGTGGTTGCCGGCT
SmilChr01G001904 Chr01 NC_080387.1:34140807-34140825promoter 内 2164-2182 bp - 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34142644-34143464(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTAACGGTGGTTGAATCAC
SmilChr01G003812 Chr01 NC_080387.1:56496129-56496147promoter 内 2145-2163 bp + 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56492209-56494291(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTTTGTGGTTGACGTCA
SmilChr02G003082 Chr02 NC_080388.1:51743883-51743901promoter 内 2145-2163 bp + 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 51741973-51742045(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATAAGGTGGTTAGGGTTT
SmilChr01G001866 Chr01 NC_080387.1:33641563-33641581promoter 内 2136-2154 bp - 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 33643428-33644575(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTTTGTGGTTGACGTCA
SmilChr04G000361 Chr04 NC_080390.1:3593081-3593099promoter 内 2103-2121 bp + 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3594979-3596101(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCAA
SmilChr03G000480 Chr03 NC_080389.1:5100038-5100056promoter 内 2079-2097 bp - 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5096765-5098134(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCTACCAACCAACAAAAC
SmilChr02G002222 Chr02 NC_080388.1:39489827-39489845promoter 内 2057-2075 bp + 1926 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 39491771-39498915(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGATTCAACCACCGTTAG
SmilChr04G004052 Chr04 NC_080390.1:55698018-55698036promoter 内 2052-2070 bp + 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55699967-55702845(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCATACCAACCAACAATAC
SmilChr02G000098 Chr02 NC_080388.1:1275629-1275647promoter 内 2043-2061 bp - 1940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1271452-1273689(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTATCCCACCACCTTCCT
SmilChr02G001931 Chr02 NC_080388.1:34714972-34714990promoter 内 2027-2045 bp + 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34716946-34717989(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCAA
SmilChr05G000189 Chr05 NC_080391.1:1502557-1502575promoter 内 2011-2029 bp + 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1504547-1509463(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCTTCCAACCATCTTTGA
SmilChr03G002040 Chr03 NC_080389.1:30813975-30813993promoter 内 2009-2027 bp - 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 30815967-30837413(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGAAGGCTGTTGGAATTG
SmilChr01G006072 Chr01 NC_080387.1:76160690-76160708promoter 内 2002-2020 bp - 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 76157690-76158709(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCAA
SmilChr03G003045 Chr03 NC_080389.1:47342069-47342087promoter 内 1989-2007 bp - 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 47344081-47345076(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGTAGTGGTTGTACACC
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