转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002335; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025053-RA_Salv SmilChr03G002335 bZIP XP_057801256.1 MP00647 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9953 个结合位点 7133 个候选靶基因 第 129 / 143 下载 TSV

上一页 129 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G003167 Chr06 NC_080392.1:44621179-44621186promoter 内 2972-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44618699-44620157(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr07G001100 Chr07 NC_080393.1:8120437-8120444promoter 内 2965-2972 bp - 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8116164-8119408(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr06G001097 Chr06 NC_080392.1:10976243-10976250promoter 内 2963-2970 bp - 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10977281-10980415(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr05G004089 Chr05 NC_080391.1:54743834-54743841promoter 内 2952-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54739566-54742792(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr05G001885 Chr05 NC_080391.1:19133031-19133038promoter 内 2945-2952 bp - 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19134087-19136375(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr01G003512 Chr01 NC_080387.1:53738196-53738203promoter 内 2928-2935 bp + 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53734992-53737130(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr01G002535 Chr01 NC_080387.1:43373300-43373307promoter 内 2919-2926 bp + 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43374382-43379875(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr01G005448 Chr01 NC_080387.1:71550965-71550972promoter 内 2915-2922 bp - 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71552051-71552827(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr04G000671 Chr04 NC_080390.1:7606926-7606933promoter 内 2913-2920 bp + 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7603724-7605845(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr03G000318 Chr03 NC_080389.1:3637602-3637609promoter 内 2905-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3638698-3641891(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr03G000851 Chr03 NC_080389.1:9707340-9707347promoter 内 2903-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9708438-9711293(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr05G002893 Chr05 NC_080391.1:34712482-34712489promoter 内 2896-2903 bp - 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34707061-34711384(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr03G002973 Chr03 NC_080389.1:46527477-46527484promoter 内 2894-2901 bp - 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46524990-46526377(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr07G002002 Chr07 NC_080393.1:17758840-17758847promoter 内 2894-2901 bp - 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17759947-17760903(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr04G002179 Chr04 NC_080390.1:35196641-35196648promoter 内 2889-2896 bp - 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35197753-35199992(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr06G000366 Chr06 NC_080392.1:2800963-2800970promoter 内 2888-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2797088-2799857(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr01G000350 Chr01 NC_080387.1:7298916-7298923promoter 内 2886-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7300031-7302750(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr03G003738 Chr03 NC_080389.1:56397702-56397709promoter 内 2886-2893 bp - 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56389572-56396594(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr06G003289 Chr06 NC_080392.1:45448479-45448486promoter 内 2871-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45449609-45453974(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr03G000130 Chr03 NC_080389.1:1420404-1420411promoter 内 2860-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1418005-1419270(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr07G001099 Chr07 NC_080393.1:8117175-8117182promoter 内 2859-2866 bp - 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8114418-8116040(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr03G000286 Chr03 NC_080389.1:3260012-3260019promoter 内 2843-2850 bp + 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3256730-3258861(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr04G002997 Chr04 NC_080390.1:46371121-46371128promoter 内 2839-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46372283-46373410(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr05G004012 Chr05 NC_080391.1:54060407-54060414promoter 内 2838-2845 bp + 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54057630-54059251(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr05G001477 Chr05 NC_080391.1:13551168-13551175promoter 内 2834-2841 bp - 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13540999-13550008(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr02G002607 Chr02 NC_080388.1:45238670-45238677promoter 内 2830-2837 bp + 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45236292-45237506(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr05G004392 Chr05 NC_080391.1:57365850-57365857promoter 内 2822-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57363760-57364678(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr04G000360 Chr04 NC_080390.1:3562772-3562779promoter 内 2815-2822 bp - 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3563958-3566851(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr02G004228 Chr02 NC_080388.1:64490995-64491002promoter 内 2814-2821 bp + 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64489743-64489815(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr06G001469 Chr06 NC_080392.1:15586831-15586838promoter 内 2814-2821 bp - 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 15588018-15590236(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr01G000366 Chr01 NC_080387.1:7571720-7571727promoter 内 2813-2820 bp + 1181 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7572908-7575735(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr04G000009 Chr04 NC_080390.1:148248-148255promoter 内 2812-2819 bp + 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 149437-150968(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 GCACGTGG
SmilChr03G002962 Chr03 NC_080389.1:46387195-46387202promoter 内 2807-2814 bp + 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46385171-46386008(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr01G005423 Chr01 NC_080387.1:71419629-71419636promoter 内 2801-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71415456-71418436(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr01G003423 Chr01 NC_080387.1:52884399-52884406promoter 内 2794-2801 bp - 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52885606-52887889(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
SmilChr01G003492 Chr01 NC_080387.1:53491555-53491562promoter 内 2786-2793 bp - 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53492770-53495252(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGC
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