转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 13 / 141 下载 TSV

上一页 13 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001741 Chr04 NC_080390.1:28657433-28657447promoter 内 1789-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 28659645-28662241(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGCTGTCGGTGGGCT
SmilChr08G000097 Chr08 NC_080394.1:588799-588813promoter 内 1578-1592 bp + 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 591222-605169(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCCGTCGGTGGCGA
SmilChr02G002751 Chr02 NC_080388.1:47534525-47534539promoter 内 1562-1576 bp - 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 47536964-47538247(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGCCACCGACGCGC
SmilChr01G002043 Chr01 NC_080387.1:36129488-36129502promoter 内 1557-1571 bp - 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 36131932-36134712(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCCCACCGACGCAT
SmilChr04G000218 Chr04 NC_080390.1:1904163-1904177promoter 内 1409-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 1906755-1907337(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGTCGGTGAGGG
SmilChr06G000926 Chr06 NC_080392.1:8786082-8786096promoter 内 1391-1405 bp + 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 8788692-8797229(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGTCGGTGCCCC
SmilChr02G004602 Chr02 NC_080388.1:68540943-68540957promoter 内 1365-1379 bp - 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 68537309-68538321(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCTGTCGGTGACGT
SmilChr01G001865 Chr01 NC_080387.1:33594768-33594782promoter 内 1200-1214 bp - 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33597569-33598788(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATACCACCGACACTT
SmilChr01G004507 Chr01 NC_080387.1:63165789-63165803promoter 内 1183-1197 bp - 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 63168607-63170690(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACAGCACCGACAACG
SmilChr02G002096 Chr02 NC_080388.1:37610653-37610667promoter 内 1074-1088 bp - 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 37613580-37615449(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCACCACCGACGCTA
SmilChr06G000198 Chr06 NC_080392.1:1361443-1361457promoter 内 910-924 bp - 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 1364534-1366896(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGGCACCGACGAAG
SmilChr01G005619 Chr01 NC_080387.1:72680823-72680837promoter 内 909-923 bp + 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 72683915-72688856(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGATGA
SmilChr02G005581 Chr02 NC_080388.1:75646032-75646046promoter 内 829-843 bp + 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 75637200-75642874(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTCCACCGACACAA
SmilChr04G000921 Chr04 NC_080390.1:12015892-12015906promoter 内 746-760 bp + 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 12009710-12012651(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCCACCGACAAGA
SmilChr06G002923 Chr06 NC_080392.1:42092561-42092575promoter 内 727-741 bp + 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 42088723-42089301(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCACCGCCGACAACA
SmilChr07G002273 Chr07 NC_080393.1:20950853-20950867promoter 内 680-694 bp - 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 20954174-20956333(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGGCACCGACGCTG
SmilChr08G000402 Chr08 NC_080394.1:2826759-2826773promoter 内 605-619 bp - 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2821520-2823377(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATCGTCGGTGCCGG
SmilChr01G005044 Chr01 NC_080387.1:68378249-68378263promoter 内 76-90 bp + 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 68372151-68374338(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCGTCACCGACGCTG
SmilChr06G002483 Chr06 NC_080392.1:35677127-35677141promoter 内 3549-3563 bp + 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 35674146-35676689(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCCTCACCGACACCA
SmilChr04G000460 Chr04 NC_080390.1:4905262-4905276promoter 内 141-155 bp + 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 4896849-4901416(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAACCACCGACGCCA
SmilChr02G002320 Chr02 NC_080388.1:40870524-40870538promoter 内 3692-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 40870833-40873277(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGAGGC
SmilChr08G003175 Chr08 NC_080394.1:32494295-32494309promoter 内 3231-3245 bp + 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 32487196-32493539(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGACACCGACGCCG
SmilChr01G000354 Chr01 NC_080387.1:7340116-7340130promoter 内 3016-3030 bp + 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 7338112-7339145(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGCCACCG
SmilChr02G000320 Chr02 NC_080388.1:4006367-4006381promoter 内 1977-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 4008391-4009094(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGCCACCGACAATT
SmilChr08G001963 Chr08 NC_080394.1:17288208-17288222promoter 内 1966-1980 bp + 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 17286115-17286187(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGCCACCG
SmilChr01G002803 Chr01 NC_080387.1:46568477-46568491promoter 内 1732-1746 bp - 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 46570746-46573227(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACTCCT
SmilChr05G002783 Chr05 NC_080391.1:32539399-32539413promoter 内 1575-1589 bp - 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 32535133-32536987(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGTCGGTGTCGG
SmilChr07G003680 Chr07 NC_080393.1:44273284-44273298promoter 内 972-986 bp + 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 44267831-44270269(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCCTCACCGACACCA
SmilChr01G000398 Chr01 NC_080387.1:8163124-8163138promoter 内 299-313 bp - 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 8166826-8167535(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGACACCGACGCCG
SmilChr01G001618 Chr01 NC_080387.1:30286608-30286622promoter 内 3638-3652 bp + 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 30286971-30294955(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGAGTCGGTGGCGG
SmilChr07G004491 Chr07 NC_080393.1:57498897-57498911promoter 内 3629-3643 bp - 358 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 57499269-57503192(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTCCACCGACAATG
SmilChr08G001894 Chr08 NC_080394.1:16421650-16421664promoter 内 3389-3403 bp + 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 16415926-16421052(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCACCACCGACGAAG
SmilChr07G000863 Chr07 NC_080393.1:6159491-6159505promoter 内 3192-3206 bp + 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 6160300-6163893(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGGGCA
SmilChr08G000917 Chr08 NC_080394.1:6786148-6786162promoter 内 2841-2855 bp + 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 6787308-6789453(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTTGTCGGTGGCTC
SmilChr03G002554 Chr03 NC_080389.1:40721538-40721552promoter 内 2757-2771 bp + 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 40717137-40720308(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTCCACCGACGACA
SmilChr02G004927 Chr02 NC_080388.1:71286285-71286299promoter 内 2453-2467 bp - 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 71287833-71291720(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGACACCGACGCCG
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