转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 13 / 162 下载 TSV

上一页 13 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001174 Chr03 NC_080389.1:13497736-13497745promoter 内 3962-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 13497775-13500713(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr07G003080 Chr07 NC_080393.1:32440649-32440658promoter 内 3958-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 32437804-32440615(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr03G001172 Chr03 NC_080389.1:13477115-13477124promoter 内 3951-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 13477165-13480092(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr03G001173 Chr03 NC_080389.1:13487422-13487431promoter 内 3951-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 13487472-13490429(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr05G003428 Chr05 NC_080391.1:45517393-45517402promoter 内 3940-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 45514433-45517341(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr07G004162 Chr07 NC_080393.1:53498157-53498166promoter 内 3929-3938 bp + 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 53498229-53499318(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr06G003167 Chr06 NC_080392.1:44620257-44620266promoter 内 3892-3901 bp - 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 44618699-44620157(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr06G002630 Chr06 NC_080392.1:37868586-37868595promoter 内 3889-3898 bp + 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 37868698-37871611(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr06G002629 Chr06 NC_080392.1:37858834-37858843promoter 内 3887-3896 bp + 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 37858948-37861803(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr04G002469 Chr04 NC_080390.1:39508426-39508435promoter 内 3561-3570 bp + 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 39506184-39507995(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr02G004595 Chr02 NC_080388.1:68466441-68466450promoter 内 3534-3543 bp - 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 68466908-68473833(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr01G006111 Chr01 NC_080387.1:76650096-76650105promoter 内 3498-3507 bp - 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 76650599-76651828(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr02G004193 Chr02 NC_080388.1:64251342-64251351promoter 内 3478-3487 bp - 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 64251865-64253084(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr05G003363 Chr05 NC_080391.1:44439790-44439799promoter 内 3453-3462 bp + 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 44433085-44439251(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr03G001223 Chr03 NC_080389.1:14097177-14097186promoter 内 3299-3308 bp - 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 14097879-14100533(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr06G002792 Chr06 NC_080392.1:40619044-40619053promoter 内 3102-3111 bp + 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 40616940-40618154(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr02G001704 Chr02 NC_080388.1:31341996-31342005promoter 内 3038-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 31342959-31346201(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr01G001835 Chr01 NC_080387.1:33288174-33288183promoter 内 3007-3016 bp + 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 33283408-33287189(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr06G001543 Chr06 NC_080392.1:16706433-16706442promoter 内 2745-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 16703286-16705186(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr02G001654 Chr02 NC_080388.1:30694959-30694968promoter 内 2512-2521 bp - 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 30689682-30693479(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr06G001247 Chr06 NC_080392.1:12960979-12960988promoter 内 2495-2504 bp + 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 12962485-12967212(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr07G001917 Chr07 NC_080393.1:16578328-16578337promoter 内 2310-2319 bp - 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 16580019-16580101(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr06G003110 Chr06 NC_080392.1:43949479-43949488promoter 内 2234-2243 bp + 1758 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 43951246-43952777(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr05G001136 Chr05 NC_080391.1:9497010-9497019promoter 内 2205-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 9498806-9501684(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr07G004405 Chr07 NC_080393.1:56672707-56672716promoter 内 2005-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 56669744-56670720(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr05G002393 Chr05 NC_080391.1:26423153-26423162promoter 内 1783-1792 bp + 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 26425371-26428150(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr04G003890 Chr04 NC_080390.1:54709788-54709797promoter 内 1763-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 54704682-54707559(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr02G004192 Chr02 NC_080388.1:64251342-64251351promoter 内 1760-1769 bp - 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 64246042-64249110(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr06G002354 Chr06 NC_080392.1:34268192-34268201promoter 内 1542-1551 bp - 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 34262745-34265742(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr02G001860 Chr02 NC_080388.1:33829195-33829204promoter 内 1535-1544 bp + 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 33825683-33826738(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr02G000094 Chr02 NC_080388.1:1236756-1236765promoter 内 1499-1508 bp - 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 1230404-1234263(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr04G003667 Chr04 NC_080390.1:53121545-53121554promoter 内 1409-1418 bp - 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 53114874-53118962(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr06G002793 Chr06 NC_080392.1:40619044-40619053promoter 内 1375-1384 bp + 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 40621670-40623770(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr07G002399 Chr07 NC_080393.1:22342667-22342676promoter 内 1177-1186 bp - 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 22337319-22339852(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr07G003310 Chr07 NC_080393.1:35113406-35113415promoter 内 1168-1177 bp + 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 35107084-35110582(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr05G002605 Chr05 NC_080391.1:29247497-29247506promoter 内 1055-1064 bp + 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 29250443-29250949(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr03G000479 Chr03 NC_080389.1:5091096-5091105promoter 内 847-856 bp - 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 5085337-5087951(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr02G000124 Chr02 NC_080388.1:1692176-1692185promoter 内 839-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 1695338-1700632(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr07G004663 Chr07 NC_080393.1:59537501-59537510promoter 内 803-812 bp - 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 59531428-59534312(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr03G002656 Chr03 NC_080389.1:42233979-42233988promoter 内 718-727 bp - 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 42237262-42237342(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr04G002276 Chr04 NC_080390.1:36978266-36978275promoter 内 502-511 bp - 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 36973110-36974776(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr03G002825 Chr03 NC_080389.1:44735005-44735014promoter 内 341-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 44738665-44743638(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACCC
SmilChr02G004543 Chr02 NC_080388.1:67986047-67986056promoter 内 65-74 bp - 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 67989983-67994776(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr06G003109 Chr06 NC_080392.1:43949479-43949488promoter 内 51-60 bp + 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 43944025-43945538(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTAG
SmilChr01G003566 Chr01 NC_080387.1:54243903-54243912promoter 内 3813-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 54242166-54243724(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTAT
SmilChr07G004657 Chr07 NC_080393.1:59496285-59496294promoter 内 2924-2933 bp - 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 59493645-59495217(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCT
SmilChr03G000183 Chr03 NC_080389.1:1958617-1958626promoter 内 1944-1953 bp - 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 1946613-1956569(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCT
SmilChr04G003713 Chr04 NC_080390.1:53432206-53432215promoter 内 1195-1204 bp + 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 53424719-53429409(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTAT
SmilChr01G005069 Chr01 NC_080387.1:68577722-68577731promoter 内 899-908 bp + 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 68580824-68582934(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCT
SmilChr01G006050 Chr01 NC_080387.1:76014677-76014686promoter 内 759-768 bp + 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 76010308-76011444(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTAT