转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 130 / 148 下载 TSV

上一页 130 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002349 Chr05 NC_080391.1:25469063-25469076promoter 内 3038-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 25464829-25468113(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTAGATAA
SmilChr05G001015 Chr05 NC_080391.1:8316828-8316841promoter 内 3037-3050 bp - 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 8313665-8315877(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGCATGCACGTGG
SmilChr02G003873 Chr02 NC_080388.1:60774565-60774578promoter 内 2948-2961 bp - 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60771051-60773525(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATACTTTCACGTGG
SmilChr05G000067 Chr05 NC_080391.1:329129-329142promoter 内 2929-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 326910-328070(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAGAGAAG
SmilChr04G003730 Chr04 NC_080390.1:53626655-53626668promoter 内 2865-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 53621881-53625532(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTTCTTCACGTGG
SmilChr02G004228 Chr02 NC_080388.1:64490989-64491002promoter 内 2814-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 64489743-64489815(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCATCATA
SmilChr02G000352 Chr02 NC_080388.1:4530059-4530072promoter 内 2802-2815 bp - 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4531258-4532840(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGATTTCTC
SmilChr02G000287 Chr02 NC_080388.1:3672116-3672129promoter 内 2784-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3669304-3670912(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGATTTCTC
SmilChr02G001794 Chr02 NC_080388.1:32718962-32718975promoter 内 2777-2790 bp + 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32714814-32717751(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTTCAG
SmilChr02G001527 Chr02 NC_080388.1:28399610-28399623promoter 内 2712-2725 bp + 1276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28400899-28404000(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGAGGTCACGCGA
SmilChr02G000519 Chr02 NC_080388.1:7156102-7156115promoter 内 2667-2680 bp - 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7153767-7154781(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAGTGTCCACGTGG
SmilChr03G000694 Chr03 NC_080389.1:7743416-7743429promoter 内 2591-2604 bp + 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7744826-7748324(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTAAAACACGTGG
SmilChr01G000986 Chr01 NC_080387.1:20880719-20880732promoter 内 2573-2586 bp - 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 20874144-20879304(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGCATGCACGTGG
SmilChr01G001123 Chr01 NC_080387.1:22839421-22839434promoter 内 2568-2581 bp + 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22840854-22842220(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGCATGCACGTGG
SmilChr01G001476 Chr01 NC_080387.1:28554151-28554164promoter 内 2517-2530 bp + 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28551799-28552680(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTCAGTT
SmilChr02G000351 Chr02 NC_080388.1:4530059-4530072promoter 内 2477-2490 bp - 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4526416-4528548(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAGAAATCACGTGA
SmilChr02G000288 Chr02 NC_080388.1:3672116-3672129promoter 内 2438-2451 bp + 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3673679-3675762(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAGAAATCACGTGA
SmilChr05G001354 Chr05 NC_080391.1:12058755-12058768promoter 内 2420-2433 bp + 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12060336-12060986(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGGCAATCACGTGC
SmilChr05G002924 Chr05 NC_080391.1:35205552-35205565promoter 内 2372-2385 bp - 1616 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35207181-35223351(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAATCTTG
SmilChr01G000645 Chr01 NC_080387.1:14438241-14438254promoter 内 2303-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14439939-14443084(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAGTGATT
SmilChr06G002304 Chr06 NC_080392.1:33282970-33282983promoter 内 2296-2309 bp + 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 33274980-33281278(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTTACAC
SmilChr02G000400 Chr02 NC_080388.1:4943078-4943091promoter 内 2167-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4944912-4948191(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAAAATTCACGTGA
SmilChr03G004664 Chr03 NC_080389.1:64114578-64114591promoter 内 2167-2180 bp - 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 64108932-64112757(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CATAACTCACGTGC
SmilChr06G002598 Chr06 NC_080392.1:37334637-37334650promoter 内 2142-2155 bp - 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37336496-37356014(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCATGCAT
SmilChr06G002279 Chr06 NC_080392.1:32732552-32732565promoter 内 2080-2093 bp + 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32734473-32737936(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTGAAATCACGTGC
SmilChr06G002239 Chr06 NC_080392.1:31704238-31704251promoter 内 2075-2088 bp - 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 31698820-31702325(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTGAAATCACGTGC
SmilChr03G001961 Chr03 NC_080389.1:28107653-28107666promoter 内 1955-1968 bp + 2033 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28109699-28110847(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAAGTATCACGTGC
SmilChr03G004541 Chr03 NC_080389.1:63429522-63429535promoter 内 1949-1962 bp + 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 63423894-63427483(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAACTTAA
SmilChr02G003857 Chr02 NC_080388.1:60365534-60365547promoter 内 1947-1960 bp - 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60367588-60369177(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAATTTTC
SmilChr05G000231 Chr05 NC_080391.1:1797234-1797247promoter 内 1941-1954 bp - 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1799294-1801668(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAACTGTG
SmilChr05G002196 Chr05 NC_080391.1:23430328-23430341promoter 内 1910-1923 bp + 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23432419-23433422(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTTGTCTCACGTGT
SmilChr05G000720 Chr05 NC_080391.1:5507850-5507863promoter 内 1842-1855 bp + 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5503347-5505704(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTTCTT
SmilChr05G001644 Chr05 NC_080391.1:15398194-15398207promoter 内 1840-1853 bp + 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15400355-15403228(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTATAACACGTGG
SmilChr05G000876 Chr05 NC_080391.1:6948263-6948276promoter 内 1818-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6942134-6946093(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTGTAAGCACGTGG
SmilChr06G000683 Chr06 NC_080392.1:6052614-6052627promoter 内 1809-1822 bp + 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6045857-6050435(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAGCTATA
SmilChr07G003775 Chr07 NC_080393.1:46224753-46224766promoter 内 1774-1787 bp - 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 46226980-46227456(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCATGCAT
SmilChr07G003682 Chr07 NC_080393.1:44278025-44278038promoter 内 1750-1763 bp + 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 44280276-44280381(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGCATGCACGTGG
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SmilChr06G000299 Chr06 NC_080392.1:2132540-2132553promoter 内 1706-1719 bp + 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 2128271-2130258(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAGAATCT
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SmilChr03G001703 Chr03 NC_080389.1:22626732-22626745promoter 内 1626-1639 bp - 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22629107-22629454(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCATGCAT
SmilChr03G002608 Chr03 NC_080389.1:41483141-41483154promoter 内 1589-1602 bp + 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41485553-41488274(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTGAAATCACGTGC
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SmilChr07G000340 Chr07 NC_080393.1:2314919-2314932promoter 内 1491-1504 bp + 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 2310107-2312422(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATGGACT
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SmilChr05G000657 Chr05 NC_080391.1:4946905-4946918promoter 内 1479-1492 bp - 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4949427-4951871(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTTCTT
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