转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 130 / 167 下载 TSV

上一页 130 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001184 Chr08 NC_080394.1:9493115-9493124promoter 内 544-553 bp - 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 9486601-9489667(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TTAGATACGA
SmilChr02G002958 Chr02 NC_080388.1:50109283-50109292promoter 内 534-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50112750-50121996(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAGGATACGG
SmilChr01G004984 Chr01 NC_080387.1:67893422-67893431promoter 内 502-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 67888541-67889932(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAA
SmilChr04G003468 Chr04 NC_080390.1:51163253-51163262promoter 内 498-507 bp + 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51166756-51167854(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAGGATACGG
SmilChr03G003982 Chr03 NC_080389.1:58823882-58823891promoter 内 481-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 58827402-58829961(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TTAGATACGA
SmilChr04G003997 Chr04 NC_080390.1:55339337-55339346promoter 内 469-478 bp + 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55342869-55345759(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TTAGATACGA
SmilChr02G000803 Chr02 NC_080388.1:13406421-13406430promoter 内 461-470 bp + 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13402053-13402890(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAA
SmilChr04G000006 Chr04 NC_080390.1:88252-88261promoter 内 434-443 bp - 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 91819-110192(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAA
SmilChr04G003659 Chr04 NC_080390.1:53073327-53073336promoter 内 430-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53066733-53069765(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAGGATACGG
SmilChr05G002603 Chr05 NC_080391.1:29238567-29238576promoter 内 411-420 bp - 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 29234187-29234986(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TGAGATACGC
SmilChr06G000079 Chr06 NC_080392.1:597001-597010promoter 内 376-385 bp - 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 590206-593385(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TTAGATACGA
SmilChr01G003476 Chr01 NC_080387.1:53311799-53311808promoter 内 302-311 bp - 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53305459-53308109(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TTAGATACGA
SmilChr02G000766 Chr02 NC_080388.1:12552590-12552599promoter 内 274-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12545363-12548872(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCTG
SmilChr01G001263 Chr01 NC_080387.1:25319956-25319965promoter 内 269-278 bp + 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 25323688-25327501(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAGGATACGG
SmilChr03G002119 Chr03 NC_080389.1:32940245-32940254promoter 内 268-277 bp - 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 32933148-32936521(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TGAGATACGC
SmilChr01G003410 Chr01 NC_080387.1:52761513-52761522promoter 内 265-274 bp - 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52755441-52757786(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TTAGATACGA
SmilChr03G004322 Chr03 NC_080389.1:61580652-61580661promoter 内 265-274 bp - 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 61584388-61587551(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAA
SmilChr06G000754 Chr06 NC_080392.1:6985386-6985395promoter 内 243-252 bp + 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6989144-6989678(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TGAGATACGC
SmilChr02G004434 Chr02 NC_080388.1:66735905-66735914promoter 内 240-249 bp + 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 66729661-66732153(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAA
SmilChr08G003180 Chr08 NC_080394.1:32524411-32524420promoter 内 230-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 32514703-32520649(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCTG
SmilChr05G001372 Chr05 NC_080391.1:12240302-12240311promoter 内 221-230 bp + 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12244082-12254511(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAGGATACGG
SmilChr07G001576 Chr07 NC_080393.1:13000559-13000568promoter 内 196-205 bp + 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12991271-12996763(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTCA
SmilChr04G000694 Chr04 NC_080390.1:8127899-8127908promoter 内 188-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8123065-8124095(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAA
SmilChr01G004944 Chr01 NC_080387.1:67551987-67551996promoter 内 185-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 67546952-67548180(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCTG
SmilChr05G002641 Chr05 NC_080391.1:29825881-29825890promoter 内 185-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 29819624-29822074(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TGAGATACGC
SmilChr07G001917 Chr07 NC_080393.1:16576187-16576196promoter 内 169-178 bp + 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 16580019-16580101(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TTAGATACGA
SmilChr02G005584 Chr02 NC_080388.1:75663445-75663454promoter 内 161-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 75651935-75659614(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCTG
SmilChr04G003367 Chr04 NC_080390.1:50247550-50247559promoter 内 149-158 bp - 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50251402-50253987(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAA
SmilChr02G002301 Chr02 NC_080388.1:40609070-40609079promoter 内 128-137 bp + 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 40603598-40605206(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAA
SmilChr02G001840 Chr02 NC_080388.1:33547030-33547039promoter 内 124-133 bp - 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 33550907-33554160(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAA
SmilChr02G004712 Chr02 NC_080388.1:69378972-69378981promoter 内 117-126 bp + 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69374494-69375097(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAA
SmilChr05G003642 Chr05 NC_080391.1:48833393-48833402promoter 内 93-102 bp - 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 48837301-48838857(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAA
SmilChr01G003600 Chr01 NC_080387.1:54559961-54559970promoter 内 51-60 bp + 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 54563911-54565456(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAGGATACGG
SmilChr03G003679 Chr03 NC_080389.1:55630586-55630595promoter 内 14-23 bp - 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55634573-55638163(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAA
SmilChr05G001238 Chr05 NC_080391.1:10490623-10490632promoter 内 3-12 bp + 3989 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10482279-10486634(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAA
SmilChr05G003745 Chr05 NC_080391.1:50566305-50566314promoter 内 2864-2873 bp + 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 50567442-50568365(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GGAGATACGA
SmilChr01G001172 Chr01 NC_080387.1:23774986-23774995promoter 内 2761-2770 bp + 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 23776226-23778155(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACAGATACGA
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SmilChr04G000563 Chr04 NC_080390.1:6288386-6288395promoter 内 1203-1212 bp - 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 6278320-6285597(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GGAGATACGA
SmilChr06G002641 Chr06 NC_080392.1:38165253-38165262promoter 内 401-410 bp + 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 38168853-38173397(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GGAGATACGA