转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 130 / 133 下载 TSV

上一页 130 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004241 Chr02 NC_080388.1:64605812-64605821promoter 内 562-571 bp + 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64609251-64610499(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAT
SmilChr02G000515 Chr02 NC_080388.1:7114252-7114261promoter 内 560-569 bp + 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7117693-7119003(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAT
SmilChr01G000281 Chr01 NC_080387.1:5525468-5525477promoter 内 551-560 bp + 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5521374-5522027(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTC
SmilChr02G000115 Chr02 NC_080388.1:1456758-1456767promoter 内 550-559 bp + 3442 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1460209-1463014(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAT
SmilChr01G004449 Chr01 NC_080387.1:62601754-62601763promoter 内 547-556 bp - 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62597685-62598309(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGCA
SmilChr01G003246 Chr01 NC_080387.1:51193763-51193772promoter 内 506-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 51197258-51198600(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAG
SmilChr02G003440 Chr02 NC_080388.1:55681880-55681889promoter 内 505-514 bp + 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55674626-55678393(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTC
SmilChr02G005449 Chr02 NC_080388.1:74850125-74850134promoter 内 502-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 74843521-74846635(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGCTTATCTC
SmilChr01G000370 Chr01 NC_080387.1:7638679-7638688promoter 内 462-471 bp - 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7635043-7635149(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTG
SmilChr02G002467 Chr02 NC_080388.1:43047823-43047832promoter 内 433-442 bp + 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 43051391-43054449(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAT
SmilChr01G004211 Chr01 NC_080387.1:60549248-60549257promoter 内 386-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60544261-60545642(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAG
SmilChr02G000723 Chr02 NC_080388.1:11667766-11667775promoter 内 384-393 bp + 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11671383-11672192(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAT
SmilChr02G001656 Chr02 NC_080388.1:30732534-30732543promoter 内 381-390 bp + 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 30728396-30728923(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTC
SmilChr03G000407 Chr03 NC_080389.1:4434876-4434885promoter 内 353-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4420914-4431237(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAG
SmilChr01G001414 Chr01 NC_080387.1:27734252-27734261promoter 内 341-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27727711-27730601(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTC
SmilChr02G001405 Chr02 NC_080388.1:26651588-26651597promoter 内 338-347 bp - 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26644737-26647934(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAG
SmilChr02G003655 Chr02 NC_080388.1:57935038-57935047promoter 内 328-337 bp - 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57938711-57941795(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTC
SmilChr01G003365 Chr01 NC_080387.1:52400821-52400830promoter 内 312-321 bp + 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52389794-52397141(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTC
SmilChr01G000016 Chr01 NC_080387.1:342499-342508promoter 内 311-320 bp + 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 346189-354787(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAT
SmilChr02G004174 Chr02 NC_080388.1:64031561-64031570promoter 内 300-309 bp + 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64035262-64036151(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTT
SmilChr01G004246 Chr01 NC_080387.1:60771570-60771579promoter 内 289-298 bp + 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60765462-60767867(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTC
SmilChr01G004213 Chr01 NC_080387.1:60543418-60543427promoter 内 286-295 bp + 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60547133-60549473(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGCA
SmilChr02G002598 Chr02 NC_080388.1:45116380-45116389promoter 内 269-278 bp - 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45120112-45120184(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTC
SmilChr01G002954 Chr01 NC_080387.1:48422247-48422256promoter 内 268-277 bp + 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48417424-48418523(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGCTTATCTC
SmilChr02G004864 Chr02 NC_080388.1:70766831-70766840promoter 内 245-254 bp + 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70761104-70763084(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTC
SmilChr03G000189 Chr03 NC_080389.1:2102491-2102500promoter 内 243-252 bp + 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2106249-2109378(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAG
SmilChr01G004398 Chr01 NC_080387.1:62115172-62115181promoter 内 236-245 bp + 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62118937-62120651(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGCG
SmilChr02G001936 Chr02 NC_080388.1:34772012-34772021promoter 内 235-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34767058-34768255(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGCT
SmilChr01G000770 Chr01 NC_080387.1:16838702-16838711promoter 内 225-234 bp + 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 16832299-16834935(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTC
SmilChr02G004161 Chr02 NC_080388.1:63931780-63931789promoter 内 216-225 bp - 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63935565-63940700(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTC
SmilChr02G003775 Chr02 NC_080388.1:59433886-59433895promoter 内 202-211 bp + 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 59437685-59441145(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTG
SmilChr01G002057 Chr01 NC_080387.1:36370845-36370854promoter 内 189-198 bp + 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 36374657-36378001(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAT
SmilChr02G003474 Chr02 NC_080388.1:56052432-56052441promoter 内 184-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56047805-56048624(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTC
SmilChr01G004704 Chr01 NC_080387.1:65141980-65141989promoter 内 177-186 bp - 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 65145804-65147888(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTC
SmilChr01G005205 Chr01 NC_080387.1:69709500-69709509promoter 内 177-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 69713324-69713804(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGCA
SmilChr02G000286 Chr02 NC_080388.1:3667344-3667353promoter 内 154-163 bp + 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3656537-3663506(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CACTTATCTC
SmilChr01G004032 Chr01 NC_080387.1:58737188-58737197promoter 内 141-150 bp + 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58741048-58757991(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTG
SmilChr02G000635 Chr02 NC_080388.1:9612318-9612327promoter 内 122-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9606645-9608448(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTT
SmilChr01G004798 Chr01 NC_080387.1:66193290-66193299promoter 内 115-124 bp + 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 66197176-66199139(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGCT
SmilChr02G002694 Chr02 NC_080388.1:46669700-46669709promoter 内 108-117 bp + 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46673593-46680047(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTG
SmilChr02G003545 Chr02 NC_080388.1:56613239-56613248promoter 内 98-107 bp - 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56607424-56609345(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAT
SmilChr01G004868 Chr01 NC_080387.1:66803461-66803470promoter 内 83-92 bp - 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 66794216-66799552(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAT
SmilChr02G001116 Chr02 NC_080388.1:20121225-20121234promoter 内 68-77 bp - 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20114751-20117301(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAT
SmilChr02G000015 Chr02 NC_080388.1:110015-110024promoter 内 67-76 bp + 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 113949-117234(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAG
SmilChr01G001807 Chr01 NC_080387.1:33007138-33007147promoter 内 64-73 bp - 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 32999788-33003210(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAT
SmilChr02G003557 Chr02 NC_080388.1:56739508-56739517promoter 内 48-57 bp + 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56743461-56746354(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGCA
SmilChr01G004271 Chr01 NC_080387.1:60962696-60962705promoter 内 42-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60955056-60958746(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTT
SmilChr01G003075 Chr01 NC_080387.1:49588286-49588295promoter 内 28-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49592259-49597744(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAT
SmilChr02G001175 Chr02 NC_080388.1:21585961-21585970promoter 内 28-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21579250-21581997(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTC
SmilChr01G002335 Chr01 NC_080387.1:40509455-40509464promoter 内 24-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40504640-40505487(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTC