转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 130 / 142 下载 TSV

上一页 130 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr01G001896 Chr01 NC_080387.1:34089621-34089635promoter 内 841-855 bp - 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 4 34081061-34086475(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCCCCCACCACCAC
SmilChr01G001898 Chr01 NC_080387.1:34089621-34089635promoter 内 3646-3660 bp - 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 34089976-34090299(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGAA
SmilChr03G002325 Chr03 NC_080389.1:36602299-36602313promoter 内 3447-3461 bp - 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 36602853-36603350(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGAA
SmilChr01G005287 Chr01 NC_080387.1:70220298-70220312promoter 内 3212-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 70221087-70222094(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACCTACCATATT
SmilChr07G002698 Chr07 NC_080393.1:26325175-26325189promoter 内 3018-3032 bp + 969 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 26318946-26324206(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTCTGTAGGTGGG
SmilChr06G001296 Chr06 NC_080392.1:13505518-13505532promoter 内 2085-2099 bp + 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 13500500-13503616(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCCGGGTAGGTGAT
SmilChr01G004831 Chr01 NC_080387.1:66451663-66451677promoter 内 1906-1920 bp + 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 66440004-66449582(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGAA
SmilChr01G005288 Chr01 NC_080387.1:70220298-70220312promoter 内 1600-1614 bp + 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 70222699-70224075(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACCTACCATATT
SmilChr08G001540 Chr08 NC_080394.1:12566597-12566611promoter 内 1249-1263 bp + 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 12560335-12563859(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGAA
SmilChr07G003917 Chr07 NC_080393.1:49433143-49433157promoter 内 717-731 bp - 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 49436427-49438601(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGAA
SmilChr01G001897 Chr01 NC_080387.1:34089621-34089635promoter 内 481-495 bp - 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 34085428-34086115(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCCCCCACCACCAC
SmilChr07G003632 Chr07 NC_080393.1:42952055-42952069promoter 内 3985-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 42945079-42952053(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACACCCTC
SmilChr04G002622 Chr04 NC_080390.1:41638163-41638177promoter 内 3981-3995 bp + 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41636145-41638157(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATAATGGTAGGTAAC
SmilChr02G005321 Chr02 NC_080388.1:74134865-74134879promoter 内 3963-3977 bp + 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 74096698-74134841(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCAGGTTAGGTGGA
SmilChr05G004075 Chr05 NC_080391.1:54641999-54642013promoter 内 3917-3931 bp - 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54640245-54641929(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAATACCCG
SmilChr04G002666 Chr04 NC_080390.1:42063377-42063391promoter 内 3901-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 42061272-42063291(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATAATGGTAGGTAAC
SmilChr02G005282 Chr02 NC_080388.1:73862161-73862175promoter 内 3778-3792 bp - 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 73859527-73861952(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTACTTT
SmilChr02G002086 Chr02 NC_080388.1:37436750-37436764promoter 内 3679-3693 bp - 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37437072-37456117(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGACAGTAGGTGTC
SmilChr01G001067 Chr01 NC_080387.1:22019133-22019147promoter 内 3593-3607 bp - 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 22019541-22023684(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATATGGTAGGTAAT
SmilChr07G000138 Chr07 NC_080393.1:822434-822448promoter 内 3589-3603 bp - 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 820621-822036(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCTTAAT
SmilChr07G001502 Chr07 NC_080393.1:11984827-11984841promoter 内 3471-3485 bp - 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 11985357-11986176(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAACTGTTAGGTGGT
SmilChr08G000925 Chr08 NC_080394.1:6830433-6830447promoter 内 3417-3431 bp - 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 6831017-6834446(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGAA
SmilChr07G001539 Chr07 NC_080393.1:12517333-12517347promoter 内 3328-3342 bp - 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 12518006-12518419(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAACTGTTAGGTGGT
SmilChr08G004793 Chr08 NC_080394.1:57236870-57236884promoter 内 3266-3280 bp - 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 57237605-57239631(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGAAGTAGGTGTC
SmilChr04G000611 Chr04 NC_080390.1:6900063-6900077promoter 内 3217-3231 bp - 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 6897804-6899293(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTAATCA
SmilChr03G004685 Chr03 NC_080389.1:64254227-64254241promoter 内 3175-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64255053-64258501(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCTTTTA
SmilChr08G002357 Chr08 NC_080394.1:22312810-22312824promoter 内 3161-3175 bp - 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 22307539-22311984(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATAACTACCACACA
SmilChr03G002670 Chr03 NC_080389.1:42396861-42396875promoter 内 3133-3147 bp + 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 42397729-42404320(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACAAACCC
SmilChr03G002684 Chr03 NC_080389.1:42634325-42634339promoter 内 3123-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 42635203-42639344(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACAAACCC
SmilChr01G004691 Chr01 NC_080387.1:64968190-64968204promoter 内 3118-3132 bp - 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64965598-64967321(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACCCCCACCACCAC
SmilChr04G000780 Chr04 NC_080390.1:9553961-9553975promoter 内 3060-3074 bp - 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9554902-9556651(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGAA
SmilChr05G000323 Chr05 NC_080391.1:2427743-2427757promoter 内 3049-3063 bp + 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2425435-2426805(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACTAGTTAGGTGGT
SmilChr04G002029 Chr04 NC_080390.1:32996327-32996341promoter 内 2963-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 32992541-32995303(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTGAGTAGGTGTG
SmilChr02G001535 Chr02 NC_080388.1:28600268-28600282promoter 内 2889-2903 bp - 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 28601380-28601452(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAGTTGTAGGTGAG
SmilChr02G004770 Chr02 NC_080388.1:69875309-69875323promoter 内 2876-2890 bp + 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 69876434-69879104(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTACCTACCTTTGA
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SmilChr02G001533 Chr02 NC_080388.1:28600268-28600282promoter 内 2744-2758 bp - 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 28598548-28599025(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACAACTGC
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SmilChr02G001126 Chr02 NC_080388.1:20409903-20409917promoter 内 2653-2667 bp - 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 20403583-20408569(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACCTACCATATT
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