转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002039; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014715-RA_Salv SmilChr01G002039 bHLH XP_057808459.1 MP00660 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 132 / 134 下载 TSV

上一页 132 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002111 Chr05 NC_080391.1:22127623-22127630promoter 内 241-248 bp + 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 22120479-22123870(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr02G004500 Chr02 NC_080388.1:67500474-67500481promoter 内 239-246 bp - 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 67504236-67504990(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr03G002758 Chr03 NC_080389.1:43843946-43843953promoter 内 239-246 bp - 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 43821928-43840191(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr03G003569 Chr03 NC_080389.1:54344729-54344736promoter 内 239-246 bp - 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54340606-54340974(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr03G001571 Chr03 NC_080389.1:19838202-19838209promoter 内 237-244 bp + 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 19841966-19849617(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr03G004428 Chr03 NC_080389.1:62427538-62427545promoter 内 237-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62420524-62423781(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr05G002626 Chr05 NC_080391.1:29602909-29602916promoter 内 234-241 bp - 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 29606676-29609330(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr05G003183 Chr05 NC_080391.1:40737083-40737090promoter 内 230-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 40740854-40741900(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr02G005411 Chr02 NC_080388.1:74594992-74594999promoter 内 228-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 74598765-74599655(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr01G001264 Chr01 NC_080387.1:25342856-25342863promoter 内 227-234 bp - 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 25338009-25339089(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr05G001386 Chr05 NC_080391.1:12439647-12439654promoter 内 224-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 12426322-12435877(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr01G001201 Chr01 NC_080387.1:24210351-24210358promoter 内 221-228 bp + 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 24214131-24217214(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr03G004618 Chr03 NC_080389.1:63884614-63884621promoter 内 221-228 bp + 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 63880094-63880841(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr02G001113 Chr02 NC_080388.1:20095638-20095645promoter 内 220-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 20099419-20102046(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr02G003703 Chr02 NC_080388.1:58494653-58494660promoter 内 217-224 bp + 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 58498437-58502230(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr04G000589 Chr04 NC_080390.1:6555802-6555809promoter 内 217-224 bp - 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 6559586-6578686(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr05G001049 Chr05 NC_080391.1:8696664-8696671promoter 内 214-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 8691529-8692884(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr03G001091 Chr03 NC_080389.1:12609011-12609018promoter 内 213-220 bp + 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 12612799-12615022(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr02G000557 Chr02 NC_080388.1:7869166-7869173promoter 内 212-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 7862719-7865384(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr04G001645 Chr04 NC_080390.1:27360648-27360655promoter 内 212-219 bp - 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 27354562-27356866(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr02G000632 Chr02 NC_080388.1:9508627-9508634promoter 内 210-217 bp - 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 9512418-9513257(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr02G001813 Chr02 NC_080388.1:32967183-32967190promoter 内 209-216 bp + 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 32970975-32982329(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr01G002874 Chr01 NC_080387.1:47339170-47339177promoter 内 206-213 bp - 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 47334007-47335382(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr02G003224 Chr02 NC_080388.1:53489787-53489794promoter 内 206-213 bp - 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 53480965-53485999(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr01G000859 Chr01 NC_080387.1:18504099-18504106promoter 内 201-208 bp - 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 18507899-18512555(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr01G003670 Chr01 NC_080387.1:55131544-55131551promoter 内 201-208 bp + 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 55135344-55138558(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr01G000355 Chr01 NC_080387.1:7356702-7356709promoter 内 197-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 7344787-7352905(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr03G001942 Chr03 NC_080389.1:27670197-27670204promoter 内 197-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 27664212-27666400(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr02G002357 Chr02 NC_080388.1:41358114-41358121promoter 内 192-199 bp - 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 41361923-41365429(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr05G004294 Chr05 NC_080391.1:56686685-56686692promoter 内 192-199 bp + 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56680717-56682883(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr05G002247 Chr05 NC_080391.1:24149655-24149662promoter 内 188-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 24144159-24145849(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr02G002201 Chr02 NC_080388.1:39238822-39238829promoter 内 184-191 bp + 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 39230773-39235012(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr02G004114 Chr02 NC_080388.1:63436526-63436533promoter 内 182-189 bp - 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 63440345-63441890(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr02G003073 Chr02 NC_080388.1:51588297-51588304promoter 内 177-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 51579520-51584480(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr05G002967 Chr05 NC_080391.1:36021809-36021816promoter 内 177-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 36016492-36017992(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr03G001417 Chr03 NC_080389.1:16817029-16817036promoter 内 174-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 16810959-16813209(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
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