转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008316-RA_Salv SmilChr04G003117 C2H2 XP_057809539.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 135 / 171 下载 TSV

上一页 135 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001851 Chr07 NC_080393.1:16036461-16036477promoter 内 1542-1558 bp - 2443 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 16032483-16034018(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATGATGAAGACAAAACT
SmilChr02G004246 Chr02 NC_080388.1:64653215-64653231promoter 内 1498-1514 bp + 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 64655718-64657732(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCTCAAAAGACAAAACA
SmilChr08G001750 Chr08 NC_080394.1:14724552-14724568promoter 内 1474-1490 bp - 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14719934-14722041(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCGAAGGCGACAAACAA
SmilChr06G002895 Chr06 NC_080392.1:41788975-41788991promoter 内 1454-1470 bp - 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41780845-41786444(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CGATATACGACAAATGC
SmilChr02G004047 Chr02 NC_080388.1:62799186-62799202promoter 内 1415-1431 bp + 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 62793216-62796616(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGGCTATTT
SmilChr06G000139 Chr06 NC_080392.1:991124-991140promoter 内 1364-1380 bp - 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 988162-988503(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GTAAAAACGACAAATGG
SmilChr01G005694 Chr01 NC_080387.1:73224595-73224611promoter 内 1344-1360 bp + 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73216336-73221954(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCGTCAAAGC
SmilChr08G004442 Chr08 NC_080394.1:54141975-54141991promoter 内 1330-1346 bp - 2655 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54135920-54139320(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAGAAAACGACGACAAA
SmilChr03G001589 Chr03 NC_080389.1:20161977-20161993promoter 内 1322-1338 bp - 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 20157875-20159314(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AACTAAACAACAAAAAA
SmilChr02G001247 Chr02 NC_080388.1:22925599-22925615promoter 内 1291-1307 bp + 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22919554-22922905(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCGTATGTTT
SmilChr08G004166 Chr08 NC_080394.1:50966451-50966467promoter 内 1284-1300 bp - 2701 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 50969168-50969625(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCCTCACTTG
SmilChr01G003130 Chr01 NC_080387.1:50134261-50134277promoter 内 1283-1299 bp - 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 50127737-50131559(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATAATCCGACAAAATT
SmilChr07G000676 Chr07 NC_080393.1:4608782-4608798promoter 内 1283-1299 bp + 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4605649-4606080(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGATTTGTCGGTATGTT
SmilChr01G005432 Chr01 NC_080387.1:71480858-71480874promoter 内 1251-1267 bp - 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 71474331-71478124(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGTTTAAAGACAAAAAC
SmilChr02G002422 Chr02 NC_080388.1:42188832-42188848promoter 内 1242-1258 bp - 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 42191591-42196056(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCTTTTGCAT
SmilChr01G001674 Chr01 NC_080387.1:30887799-30887815promoter 内 1217-1233 bp + 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 30882641-30885031(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCTTTACTCA
SmilChr07G003325 Chr07 NC_080393.1:35489480-35489496promoter 内 1192-1208 bp + 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35492289-35494714(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGTAAACGACAACGGA
SmilChr03G003953 Chr03 NC_080389.1:58586252-58586268promoter 内 1188-1204 bp + 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 58589065-58591030(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCAAAAATGACAAAAGA
SmilChr02G001997 Chr02 NC_080388.1:36123342-36123358promoter 内 1125-1141 bp + 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36105911-36120482(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTCTAAAT
SmilChr07G002150 Chr07 NC_080393.1:19667131-19667147promoter 内 1068-1084 bp + 2917 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19670064-19670483(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTTACCGACAAAAAA
SmilChr06G002733 Chr06 NC_080392.1:39484085-39484101promoter 内 1039-1055 bp + 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39472934-39481139(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCATTTAATT
SmilChr03G002584 Chr03 NC_080389.1:41102511-41102527promoter 内 1016-1032 bp + 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41105496-41109137(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAAAAATAGACAAAAAT
SmilChr03G003095 Chr03 NC_080389.1:47985334-47985350promoter 内 1006-1022 bp - 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47980541-47982355(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAATAAACGACAAGCAA
SmilChr01G004226 Chr01 NC_080387.1:60636991-60637007promoter 内 997-1013 bp + 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60631906-60634003(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCGAATTTCG
SmilChr07G004621 Chr07 NC_080393.1:59016318-59016334promoter 内 993-1009 bp + 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 59019326-59026140(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAATAAACGACAAGCAA
SmilChr03G001425 Chr03 NC_080389.1:16902569-16902585promoter 内 981-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 16898811-16899565(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCATTTTGGA
SmilChr05G002332 Chr05 NC_080391.1:25179918-25179934promoter 内 959-975 bp + 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 25175640-25176892(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTTTTTTTGCG
SmilChr05G001510 Chr05 NC_080391.1:13857540-13857556promoter 内 957-973 bp - 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13852314-13854512(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GCCAACACGACAAGAAT
SmilChr02G001507 Chr02 NC_080388.1:28096293-28096309promoter 内 947-963 bp - 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28091874-28093255(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAGAAATCGACAAACAA
SmilChr01G004709 Chr01 NC_080387.1:65220238-65220254promoter 内 944-960 bp - 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 65223295-65227170(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTTGTGTTCTG
SmilChr07G003806 Chr07 NC_080393.1:46912813-46912829promoter 内 910-926 bp + 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 46906777-46909738(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCTCTTTCAA
SmilChr08G001505 Chr08 NC_080394.1:12197438-12197454promoter 内 902-918 bp - 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12192044-12194355(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTGAAAAGACAAAAGT
SmilChr06G000140 Chr06 NC_080392.1:987656-987672promoter 内 886-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 990771-994092(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCTCTTTTTT
SmilChr08G001713 Chr08 NC_080394.1:14349232-14349248promoter 内 861-877 bp - 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14344862-14346108(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATGGAGAAGACAAAAGT
SmilChr05G004393 Chr05 NC_080391.1:57365251-57365267promoter 内 827-843 bp - 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57368425-57372651(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GATTTTGTCGTATCACC
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